Выпускники

Выпускники 2017/2018 года обучения
Биоинформатика для биологов
Алгоритмическая биоинформатика
Все выпускники этого направления прослушали курсы:
- Дискретная математика (28 часов)
- Программирование на Python (56 часов)
- Программирование на R (28 часов)
- Статистика (28 часов)
- Семинар по биоинформатике (28 часов)
- Практикум по биоинформатике (28 часов)
- Молекулярная филогенетика (28 часов)
- Анализ данных NGS (28 часов)
- Введение в машинное обучение (28 часов)

Обязательной частью обучения было выполнение научно-исследовательских проектов в каждом семестре. Летняя стажировка проводилась по желанию.
Все выпускники этого направления прослушали курсы:
- Алгоритмы в биоинформатике (28 часов)
- Молекулярная биология (28 часов)
- Статистика (112 часов)
- Семинар по биоинформатике (28 часов)
- Практикум по биоинформатике (28 часов)
- Молекулярная эволюция и филогенетика (28 часов)
- Анализ данных NGS (28 часов)


Обязательной частью обучения было выполнение научно-исследовательских проектов в каждом семестре. Летняя стажировка проводилась по желанию.

Евгений Зорин
СПбГУ, кафедра генетики и биотехнологии
Сферой интересов является генетика растительно-микробных взаимодействий. В частности, альтернативный сплайсинг мРНК генов, принимающих участие в установлении и поддержании симбиоза, поиск клубенёк-специфичных изоформ у гороха посевного (Pisum sativum).

Проект осеннего семестра:
Ti plasmid evolution and horizontal gene transfer
Руководители - Александр Ткаченко (СПбГУ), Михаил Райко (СПбГУ ЦАБ)

Проект весеннего семестра:
Поиск мобильных элементов в транскриптоме трематоды Himasthla elongata
Руководители - Анна Соловьева, Николай Панюшев (ЦИН РАН)

Анастасия Данчурова
СПбГУ, кафедра генетики и биотехнологии
Учится в магистратуре биологического факультета СПбГУ на кафедре генетики и биотехнологии. Выполняет научную работу в Ресурсном центре молекулярных и клеточных технологий Научного парка СПбГУ по изучению влияния теломерных последовательностей на стабильность генома и структуру хроматина. Научные интересы: системная биология, функциональная геномика, эволюция, анализ данных. Параллельно изучает программирование на Python и Haskell. Помимо всего этого, любит рисовать, играть на синтезаторе и кататься на лонгборде.

Проект осеннего семестра:
Моделирование регуляторных сетей на основе эпигенетических данных из раковых образцов
Руководитель - Боева Валентина (Inserm, France)

Проект весеннего семестра:
Статистический анализ полных аннотированных геномов
Руководитель - Татьяна Татаринова (University of La Verne)

Юлия Корниенко
СПбПУ, кафедра биофизики
Магистрантка СПбПУ, кафедра биофизики. Выполняет исследовательскую работу в отделе внутриклеточной сигнализации и транспорта Института цитологии РАН. Научная работа посвящена изучению ответа мезенхимных стволовых клеток человека на различные стрессовые воздействия, в частности связанные со сдвигом внутриклеточного редокс-баланса. Научные интересы: биология стволовых клеток, редокс-биология, внутриклеточная сигнализация, поддержание стабильности генома.

Проект осеннего семестра:
Сравнительный анализ силы естественного отбора в человеческих популяциях
Руководитель - Юрий Барбитов (Институт биоинформатики)

Проект весеннего семестра:
Медиация эффектов стойких химических токсикантов на эпигеном сперматозоидов человека
Руководители - Олег Сергеев, Юлия Медведева (НИИ ФХБ им. А.Н.Белозерского МГУ, Центр "Биоинженерия" РАН)

Наталья Родина
СПбПУ, ИФНиТ, кафедра биофизики
Магистрантка СПбПУ Петра Великого на кафедре биофизики. Выпускница ФТШ (2012б). С 2011 по 2013 год проходила научную практику в лаборатории Нанобиотехнологий Академического университета по моделированию структуры антимикробных пептидов методом молекулярной динамики. С 2013 года работаю в Лаборатории структурной динамики, стабильности и фолдинга белков Института цитологии РАН. Научная работа посвящена исследованию структуры, свойств, механизмов и причин образования амилоидных фибрилл - упорядоченных белковых агрегатов, ассоциированных с многими заболеваниями. Научные интересы: молекулярная биология, фолдинг белков, амилоидогенные белки, амилоидозы, амилоидные фибриллы, болезнь Альцгеймера, Паркинсона. https://www.linkedin.com/in/наталья-родина-543a58125/

Проект осеннего семестра:
Protein digestion patterns
Руководитель - Nikolay Dokholyan (University of North Carolina at Chapel Hill, USA)

Проект весеннего семестра:
Изучение и разработка метаболической модели макрофагов
Руководители - Анастасия Гайнуллина, Алексей Сергушичев (Университет ИТМО)

Ростислав Скитченко
СПХФА, Промышленная технология лекарственных препаратов
Профессиональный опыт: молекулярная биология, газовая хроматография, высокоэффективная жидкостная хроматография, капиллярный электрофорез.

Проект осеннего семестра:
Анализ данных геномных секвенирований
Руководитель - Геннадий Захаров (EPAM Systems, Lifesciencs department)

Проект весеннего семестра:
Evolution analysis of genes accosiated with apomixis in Brassicaceae family
Руководитель - Михаил Райко (СПбГУ ЦАБ)

Летняя стажировка:
Поиск молекулярных основ дифференциальной окраски хромосом
Руководитель - Юрий Барбитов (Институт биоинформатики)

Антон Шиков
СПбГУ, кафедра физиологии и биохимии растений
Занимается изучением влияния аноксии и постаноксической реаэрации на повреждения белков и липидов в проростках пшеницы и риса. Проводит анализ перекисного окисления липидов, карбонилирования белков, также уровня низкомолекулярных антиоксидантов в указанных условиях. На данный момент изучает редокс-протеома риса. Научные интересы - физиология и биохимия растений, протеомика. В свободное время проходит курсы на платформах Stepic и Coursera.

Проект осеннего семестра:
Ti plasmid evolution and horizontal gene transfer
Руководители - Александр Ткаченко (СПбГУ), Михаил Райко (СПбГУ ЦАБ)

Проект весеннего семестра:
Поиск множественных ассоциаций в данных GWAS
Руководитель - Юрий Барбитов (Институт биоинформатики)

Летняя стажировка:
Полнофеномный анализ данных GWAS
Руководитель - Юрий Барбитов (Институт биоинформатики)

Елена Паженкова
СПбГУ
Окончила магистратуру СПбГУ (кафедра энтомологии), осуществляю исследовательскую деятельность в Зоологическом институте РАН.

Проект осеннего семестра:
Сравнение филогенетических сетей
Руководитель - Никита Алексеев (Университет ИТМО)

Проект весеннего семестра:
Model of the N1 zone formation in human antibodies' gene sequences
Руководители - Оксана Станевич (ПСПбГМУ им. акад. И.П. Павлова), Евгений Бакин (Институт биоинформатики)

Юрий Маловичко
СПбГУ, кафедра генетики и биотехнологии
В данный момент выполняет работу, посвященную локализации клеточных рецепторов к пептидным гормонам семейства CLE в меристематических тканях растений. Задействованный инструментарий включает в себя создание репортерных конструкций с использованием гена бета-глюкуронидазы и генов флуоресцентных белков, рекомбинационное клонирование по методу Gateway, гистохимию растений, флуоресцентную микроскопию. Сфера научных интересов: генетика, генная инженерия и биотехнология, клеточная и молекулярная биология, физиология и биохимия растений (биология развития, регуляция активности стволовых клеток, фитогормоны и сигнальные системы). Играет в спортивное «Что? Где? Когда?», изучает испанский язык, любит путешествия.

Проект осеннего семестра:
Эволюционная геномика симбиотических микроорганизмов
Руководитель - Евгений Андронов (ФГБНУ ВНИИСХМ)

Проект весеннего семестра:
Идентификация всех типов РНК с использованием технологии секвенирования Illumina и Nanopore
Руководитель - Андрей Глотов (СПбГУ)

Юрий Орлов
Университет ИТМО
Принимаю участие в двух исследованиях, одно их которых посвящено метаболизму меди, а другое наночастицам серебра. В рамках первого изучаю клонированный в E. coli N-концевой домен белка hCTR1, занимаюсь его выделением. Работа по второму направлению посвящена механизму действия наночастиц серебра на бактерии. В область научных интересов в первую очередь входят метаболизм микроэлементов, молекулярные основы нейродегенеративных заболеваний и подходы для направленной генетической терапии.

Проект осеннего семестра:
Хазарский след в геномах народов России
Руководитель - Татьяна Татаринова (Университет Ла Верне, Калифорния, США)

Проект весеннего семестра:
Role of protein dimerization
Руководитель - Николай Дохалян (University of North Carolina at Chapel Hill)

Елизавета Скалон
СПбГУ, кафедра зоологии беспозвоночных
На кафедре зоологии беспозвоночных выполняет научную работу по изучению паразитического плазмодия ортонектид. Научные интересы: паразитология, морские беспозвоночные, молекулярная биология, биотехнология. В свободное время катается на сноуборде и занимается танцами.

Проект осеннего семестра:
Расширение функциональности инструмента для построения функции выравниваемости генома
Руководитель - Евгений Бакин (Институт биоинформатики)

Проект весеннего семестра:
Поиск дифференциально экспрессирующихся транспозонов на разных стадиях жизненного цикла Fasciola hepatica
Руководители - Анна Соловьева, Николай Панюшев (ЦИН РАН)

Александр Чеблоков
СПбПУ, Медицинская физика
Создание гиалуронан-синтезирующего штамма B. subtilis

Проект осеннего семестра:
Создание веб-бота для автоматизации формирования запросов к порталу IMGT/ V-quest
Руководитель - Евгений Бакин (Институт биоинформатики)

Проект весеннего семестра:
Изучение и разработка метаболической модели макрофагов
Руководители - Анастасия Гайнуллина, Алексей Сергушичев (Университет ИТМО)

Александр Ильин
СПбГУ
Магистрант Биологического факультета СПБГУ. Научная работа посвящена исследованию метаболома водоросли F. vesiculosus при различных условиях окружающей среды. Научные интересы: генотерапия, синтетическая биология, системная биология. Проходит различные онлайн-курсы и учится программировать. Также увлекается чтением научной фантастики и плаванием.

Проект осеннего семестра:
Construction of RNA fragment database
Руководитель - Nikolay Dokhalyan (University of North Carolina at Chapel Hill, USA)

Проект весеннего семестра:
Finding novel variations of germline immunoglobulin genes using WGS data
Руководитель - Юлия Сафонова (UCSD, USA)

Андрей Золотарев
СПбГУ, кафедра зоологии беспозвоночных
Обнаружение и исследование геномов РНК-вирусов в транскриптомах беспозвоночных животных.

Проект осеннего семестра:
Создание веб-бота для автоматизации формирования запросов к порталу IMGT/ V-quest
Руководитель - Евгений Бакин (Институт биоинформатики)

Проект весеннего семестра:
Поиск активных модулей в сетях белок-белковых взаимодействий
Руководители - Никита Алексеев, Алексей Сергушичев (Университет ИТМО)

Летняя стажировка:
Сравнение стратегий гибридной сборки высоко-гетерозиготного генома Boechera Divaricarpa
Руководитель - Евгений Бакин (Институт биоинформатики)

Ольга Полещук
ИнноваБио
Закончила бакалавриат и магистратуру биологического факультета СПбГУ, училась на кафедрах цитологии и генетики. Работа была посвящена получению направленных мутаций в гене SUP35 дрожжевого фактора терминации трансляции.

Проект осеннего семестра:
REX: Phase 1
Руководитель - Юрий Барбитов (Институт биоинформатики)

Проект весеннего семестра:
Статистический анализ полных аннотированных геномов
Руководитель - Татьяна Татаринова (University of La Verne)

Адель Газизова
СПбГУ
Лаборант-исследователь лаборатории сравнительной термофизиологии ИЭФБ РАН. Научная работа посвящена разработке технологии ранней диагностики и терапии болезни Паркинсона. В круг научных интересов входит молекулярная биология, нейробиология, генная инженерия.

Проект осеннего семестра:
Analysis of VH replacement and gene conversion-like events in the joint diversity of IgH
Руководители - Оксана Айзсилниекс (ПСПбГМУ им. И.П. Павлова) , Андрей Слабодкин (СПбГУ ЦАБ), Мария Черниговская (СПбПУ)

Проект весеннего семестра:
Поиск активных модулей в сетях белок-белковых взаимодействий
Руководители - Никита Алексеев, Алексей Сергушичев (Университет ИТМО)

Александр Бебяков
СПбГУ, ПМ-ПУ
Участвует в научном исследовании в лаборатории иммунологии и вирусологии ВИЧ-инфекции Санкт-Петербургского НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера. Работа посвящена разработке алгоритма анализа метагеномных данных, позволяющего выявлять в сложных образцах присутствие возбудителей особо опасных инфекций. Научные интересы: анализ данных, машинное обучение. Имеется опыт разработки клиентов баз данных и приложений параллельного вычисления. Базовое знание LaTeX, знание С++, MATLAB, C#, C, Python. SPIN-код: 3885-1158.

Проект осеннего семестра:
Aналитические инструменты для базы данных геномных вариаций Mycobacterium tuberculosis
Руководитель - Екатерина Черняева (СПбГУ, Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г. Добржанского)

Проект весеннего семестра:
Разработка системы идентификации нуклеотидных последовательностей патогенных вирусов и бактерий в смесях на основе данных NGS
Руководитель - Александр Семенов (НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера)

Вячеслав Боровицкий
ПОМИ РАН
Интересы: математика и программирование.

Проект осеннего семестра:
Ускорение процедуры пик-колинга методом приближенных вычислений
Руководитель - Евгений Бакин (Институт биоинформатики)

Проект весеннего семестра:
Applying state-of-the-art neural network architectures for predicting proteinbinding sites
Руководитель - Татьяна Малыгина (Университет ИТМО)

Летняя стажировка:
Ускорение процедуры пик-колинга с помощью приближенных вычислений
Руководитель - Евгений Бакин (Институт биоинформатики)

Кристина Кривоносова
СПбАУ РАН, кафедра математических и информационных технологий
Закончила МатМех СПбГУ по специальности математическое обеспечение и администрирование информационных систем. Защитила диплом на тему улучшения чувствительности поиска синтенных блоков. Участвует в биоинформатическом проекте Sibelia.

Проект осеннего семестра:
De novo cdr3 annotation in VDJ rna sequences
Руководители - Андрей Слабодкин (СПбГУ ЦАБ), Мария Черниговская (СПбПУ)

Проект весеннего семестра:
Биогеография арабидопсиса
Руководитель - Татьяна Татаринова (University of La Verne)

Летняя стажировка:
Estimating differential abundance profiles for metagenomic series binning
Руководители - Юрий Горшков, Сергей Нурк (СПбГУ ЦАб)

Анастасия Виноградова
СПбАУ РАН, кафедра математических и информационных технологий
Выпускница СПбГУ, математико-механический факультет, кафедра информационно-аналитических систем.

Проект осеннего семестра:
Analysis of VH replacement and gene conversion-like events in the joint diversity of IgH
Руководители - Оксана Айзсилниекс (ПСПбГМУ им. И.П. Павлова) , Андрей Слабодкин (СПбГУ ЦАБ), Мария Черниговская (СПбПУ)

Проект весеннего семестра:
Developing method for filtering false positive CNVkit results of CNV presence in tumor tissue samples
Руководитель - Артем Касьянов (Онкодиагностика Атлас)

Летняя стажировка:
Analysis of large insertions in rearranged IG genes
Руководители - Андрей Слабодкин (СПбГУ ЦАБ), Мария Черниговская (СПбПУ)

Евгений Полевиков
СПБАУ РАН, МиИТ
Закончил бакалавриат СПбГЭТУ "ЛЭТИ" по направлению "Системный анализ и управление". Участвовал в летней школе по биоинформатике в 2016 году, а также в научном проекте летней школы "Поиск и классификация эндогенных ретровирусов". Последние два года активно проходил курсы по математике и программированию на Stepik, а также изучал биоинформатику на Rosalind. Во время обучения в бакалавриате в течение семестра работал на кафедре Высшей математики, а именно: проводил практические занятия по дисциплине "Линейная алгебра" для студентов 1-го курса. На данный момент продолжаю обучение в магистратуре СПБАУ РАН по направлению "Алгоритмы и анализ данных в биоинформатике".


Проект осеннего семестра:
Speed-efficient data structures for cloudSPAdes
Руководители - Антон Банкевич, Иван Толстоганов (СПбГУ ЦАБ)

Проект весеннего семестра:
Long read mapping improvements for Flye assembler
Руководитель - Михаил Колмогоров (UCSD, USA)

Летняя стажировка:
Assembly of plasmids and viruses in metagenomic long reads datasets
Руководители - Михаил Колмогоров (UCSD, USA), Михаил Райко (СПбГУ ЦАБ)

Антон Елисеев
СПбАУ, МиИТ
Проект осеннего семестра:
Сравнение филогенетических сетей
Руководитель - Никита Алексеев (Университет ИТМО)

Проект весеннего семестра:
Биогеография арабидопсиса
Руководитель - Татьяна Татаринова (University of La Verne)

Екатерина Небожатко
СПбГУ, кафедра статистического моделирования
Учится в магистратуре мат-меха СПбГУ. Научная работа связана с оценкой вероятностей редких событий. В свободное время занимается музыкой.

Проект осеннего семестра:
Формирование панели маркеров для молекулярно-генетической диагностики врожденных нарушений обмена веществ
Руководители - Тамара Симакова, Антон Брагин (Parseq Lab)

Проект весеннего семестра:
Оценка статистической значимости «схожести» пептидных спектров
Руководитель - Антон Коробейников (СПбГУ ЦАБ)