Текущее место работы: JetBrains

Студент третьего курса бакалавриата биологического факультета СПБГУ. С начала учебы работает в лаборатории физиологической генетики на кафедре генетики и биотехнологии над проектом "Взаимосвязь между структурой амилоидных фибрилл и свойствами прионов у дрожжей Saccharomyces cerevisiae", тематика исследований - влияние шаперонов и других факторов на прионы дрожжей. Основные научные интересы Юрия - биофизическая химия, биоинформатика, а также математическая и системная биология.

Проект осеннего семестра:
GeneQuery: веб-сервер для генерации биологических гипотез на базе транскрипции
Руководитель - Александр Предеус (Институт биоинформатики)

Проект весеннего семестра:
Анализ данных полноэкзомного секвенирования
Руководитель - Андрей Глотов (РЦ "Биобанк" Научного Парка СПбГУ), Александр Предеус (Институт биоинформатики)

Летняя стажировка:
Drug synergy prediction based on transcriptomic signatures
Руководитель - Максим Артемов (Washington University in St. Louis School of Medicine)

Текущее место работы: Stockholm Resilience Centre

Студент 3 курса бакалавриата СПбГУ на кафедре генетики и биотехнологии. Лаборант-исследователь лаборатории биохимической генетики СПбГУ. Научная работа посвящена изучению роли TOR-киназного комплекса, а также других путей азотной регуляции метаболизма метанола у дрожжей Pichia pastoris. Научные интересы: молекулярная биология, генная инженерия, транскриптомика, экстремофилы. Любимая наука - некзиализм, любимая компания - DARPA.

Проект осеннего семестра:
Finding the optimal cell basis for transcriptome assembling
Руководитель - Александр Предеус (Институт биоинформатики)

Проект весеннего семестра:
Системный анализ эпигенетического ландшафта в нейробластоме: cопоставление метилирования ДНК и гистоновых меток
Руководитель - Юлия Медведева (Центр Биоинженерии РАН), Валентина Боева (Curie Institute, Paris)

Студентка 1 курса магистратуры Биологического факультета СПбГУ, кафедра Генетики и Биотехнологии. Дипломная работа в бакалавриате была посвящена характеристике амилоидов в штамме S. cerevisiae, несущем прионный фактор [NSI⁺]. Научные интересы: молекулярная биология, программирование, биоинформатика, филогенетика, геномика, компьютерные технологии. Другие интересы: чтение художественной литературы, соционика, компьютерные игры, анимация.

Проект осеннего семестра:
Поиск генов относящихся к MHC региону
Руководитель - Добрынин Павел (Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г. Добржанского)

Проект весеннего семестра:
Автоматизация тестирования инструментов множественного выравнивания последовательностей в среде KNIME
Руководитель - Яснев Олег (KNIME)

Студент второго курса магистратуры СПбГУ, кафедра цитологии и гистологии; младший научный сотрудник отдела молекулярной генетики Института Экспериментальной Медицины (ИЭМ РАМН), где выполняет научную работу, посвященную влиянию белка острой фазы воспаления церулоплазмина на функции клеток крови при воспалении. Помимо общего интереса к достижениям молекулярной и клеточной биологии, увлечен болезнью Альцгеймера, механизмами ее развития и способами влияния на ее ход; воспалительными процессами, состоянием окислительного стресса. В свободное время спит (и читает книги, в основном -- Пратчетта).

Проект осеннего семестра:
Поиск партнеров по взаимодействию Абета пептида
Руководитель - Галзитская Оксана (Институт Белка РАН)

Проект весеннего семестра:
Сравнительный анализ программ, восcтанавливающих предковые геномы
Руководитель - Павел Авдеев (The George Washington University)

Текущее место работы: Integrative Genomics

Бакалаврская работа выполнена в институте экспериментальной медицины под руководством Ефремова А.М. Научные интересы: стабильность матричной РНК, её транспорт и локализация, регуляция транскрипции и трансляции. С 2015 года изучает физиологические методы в институте эволюционной физиологии и биохимии. Увлекается велоспортом. Помогает школьникам готовиться к экзаменам по биологии, химии, математике.

Проект осеннего семестра:
Деконволюция типов клеток по данным экспрессии с помощью R-пакета ClusDec
Руководитель - Александр Предеус (Институт биоинформатики)

Проект весеннего семестра:
Гомологическое моделирование канала ASIC3
Руководитель - Коркош Вячеслав (Институт эволюционной физиологии и биохимии имени И. М. Сеченова РАН)

Студентка 2 курса магистратуры кафедры Биохимии СПбГУ. Предыдущие полгода училась в университете Турку, Финляндия. Научно-исследовательская работа посвящена поиску новых биомаркеров, маркеров ответа на лечение, а также терапевтических мишеней для заболевания множественная миелома человека, выполняется в лаборатории регуляции экспрессии генов Института Цитологии РАН. Круг научных интересов: протеомика, метаболомика, масс-спектрометрия, структурно-функциональные взаимосвязи в белках, белок-белковые взаимодействия. Самостоятельно учится писать научно-популярные статьи, интересуется вопросом популяризации науки. Увлекается сыроварением и пивоварением.

Проект осеннего семестра:
Поиск партнеров по взаимодействию Абета пептида
Руководитель - Галзитская Оксана (Институт Белка РАН)

Проект весеннего семестра:
Поиск сайтов, связанных с рибонуклеазной активностью альфа-субъединиц протеасомного кора
Руководитель - Светлана Терновская (Политехнический университет)

Текущее место работы: JetBrains Academy

В 2014 году окончила магистратуру на кафедре молекулярной биотехнологии СПбГТИ (ТУ). С 2013 года работает в лаборатории молекулярной генетики человека ФГБУ ПИЯФ им. Б.П. Константинова. Исследовательская работа посвящена изучению регуляции экспрессии генов липидного обмена в организме человека. Научные интересы: молекулярная биология, медицинская генетика. Любит путешествовать и ходить в горные походы.

Проект осеннего семестра:
Поиск генов относящихся к MHC региону
Руководитель - Добрынин Павел (Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г. Добржанского)

Проект весеннего семестра:
Автоматизация тестирования инструментов множественного выравнивания последовательностей в среде KNIME
Руководитель - Яснев Олег (KNIME)

Текущее место работы: Elsevier

Закончил бакалавриат (2009 - 2013) и магистратуру (2013 - 2015) биологического факультета Санкт-Петербургского Государственного Университета (кафедра цитологии и гистологии). Сейчас учусь в аспирантуре СПбГУ, работаю в Институте Цитологии над проектом, связанным с ролью белков цитоскелета в регуляции транскрипции.

Проект осеннего семестра:
Сравнительный анализ качественных характеристик экзомных библиотек
Руководитель - Андрей Глотов (СПбГУ, РЦ «Биобанк»)

Проект весеннего семестра:
Мета-анализ ChIP-seq для NF-kB в клеточных линиях человека
Руководитель - Александр Предеус (Институт биоинформатики)

Текущее место работы: The Technical University of Munich

Студентка 2 курса магистратуры кафедры молекулярной биофизики физического факультета СПбГУ. Научную работу выполняет в институте особо чистых биопрепаратов. Магистерская работа связана с магнитными наночастицами и их применением для лечения и диагностики онкологических заболеваний. Кроме этого интересуется математическим моделированием биологических процессов и систем, системной биологией.

Проект осеннего семестра:
Сравнительный анализ качественных характеристик экзомных библиотек
Руководитель - Андрей Глотов (СПбГУ, РЦ «Биобанк»)

Проект весеннего семестра:
Сравнение ортологов субстратов GroE E.coli в организмах с и без GroE
Руководитель - Дмитрий Фришман (TUM)

Выпускница Санкт-Петербургского государственного университета, биологического факультета, кафедры генетики и биотехнологий. Аспирантка института физиологии им. И.П. Павлова РАН.
Бакалаврская квалификационная работа была посвящена исследованию кариотипа зеленой водоросли Chlamydomonas reinhardtii методами геномики и пульс-электрофореза. В магистратуре исследовала влияние стрессорных воздействий на метилирование ДНК у крыс с различным уровнем возбудимости нервной системы. Данной темой продолжает заниматься в аспирантуре в лаборатории генетики высшей нервной деятельности.
Научные интересы: молекулярная биология, нейробиохимия, эпигенетика.
Помимо науки занимается боевыми искусствами — дзёдо и иайдо.

Проект осеннего семестра:
Изучение изменения экспрессии генов при дифференцировке нейронов
Руководитель - Медведева Юлия (Центр Биоинженерии РАН)

Проект весеннего семестра:
Поиск консервативных аминокислотных остатков для белков группы I шаперонинов Hsp60 и кофакторов Hsp10
Руководитель - Галзитская Оксана (Институт Белка РАН)

Студентка 4 курса биологического факультета СПбГУ, кафедра цитологии и гистологии. Работает в лаборатории Молекулярной микробиологии (НИК "Нанобио", СПбПУ), где изучает транскрипцию и неканонические мультисубъединичные ДНК-зависимые РНК-полимеразы бактериофага AR9. В область научных интересов входят молекулярная нейробиология, механизмы транскрипции, синтетическая биология и геномика. В свободное время занимается плаванием, чтением научно-популярной и художественной литературы, изучением иностранных языков и прохождением различных онлайн курсов.

Проект осеннего семестра:
Деконволюция клеточных типов по данным экспрессии
Руководитель - Александр Предеус (Институт биоинформатики)

Проект весеннего семестра:
Исследование паттерна фрагментации циркулирующей свободной ДНК и ее использования для анализа профилей экспрессии генов
Руководители - Максим Иванов, Владислав Милейко (Биомедицинский холдинг "АТЛАС)

Студент 5 курса магистратуры СПбПУ отделения Медицинской физики. Выполняет исследовательскую работу в Институте молекулярной биологии и генетики Северо-Западного федерального медицинского исследовательского центра. Научная работа посвящена исследованию роли деацетилаз гистонов HDAC и метилирования ДНК в дифференцировке адипоцитов. Научные интересы: эпигенетика, молекулярная биология, спортивная медицина.

Проект осеннего семестра:
Изучение изменения экспрессии генов при дифференцировке нейронов
Руководитель - Медведева Юлия (Центр Биоинженерии РАН)

Проект весеннего семестра:
Мета-анализ экспрессии генов в адипозной ткани человека
Руководители - Александр Предеус (Институт биоинформатики), Дмитриева Рената (СЗФМИЦ Алмазова)

Летняя стажировка:
Epigenetic regulation of adipocyte differentiation
Руководитель - Дмитриева Рената (СЗФМИЦ Алмазова)

Студент 2 курса магистратуры СПБГУ на кафедре молекулярной биофизики и физики полимеров. Научная работа посвящена исследованию способов металлизации молекулы ДНК и изучение свойств металлизированной ДНК. Основной метод - сканирующая электронная микроскопия.
Интересуется техникой, в свободное время занимается созданием БПЛА.

Проект осеннего семестра:
Скаффолдинг контигов на основе транскриптома
Руководитель - Павел Добрынин (лаборатория геномной биоинформатики им. Добржанского)

Проект весеннего семестра:
Эволюция вируса бешенства на азиатской территории России и сопредельных стран
Руководители - Ренат Адельшин (Иркутский научно-исследовательский противочумный Институт Сибири и Дальнего Востока

Закончила школу в небольшом закрытом городе Мурманской области. С 11 класса начала получать образование в СПбГУ, поступив на курсы химии и биологии в Мурманске. Закончила бакалавриат и магистратуру биологического факультета СПбГУ. В магистратуре увлеклась программированием. В настоящее время учусь в аспирантуре. С 2011 года работаю в Лаборатории физиологической генетики. Научная деятельность связана с изучением процесса терминации трансляции и прионов у дрожжей.

Проект осеннего семестра:
Изучение распределения ДНК древних людей в современных геномах
Руководитель - Александр Ракитько (Genotek)

Проект весеннего семестра:
Моделирование межвидового барьера для передачи приона с точки зрения структуры соответствующих белковых агрегатов
Руководитель - Бондарев Станислав (СПбГУ)

Текущее место работы: Carl von Ossietzky Universität Oldenburg

Выпускница Биологического факультета СПбГУ, в настоящее время там же выполняет исследовательскую работу в лаборатории Зоологии позвоночных. Исследования посвящены изучению механизмов, ответственных за миграционное поведение птиц. Научные интересы - генетика миграции, поиск генетических механизмов, лежащих в основе миграционного поведения птиц.

Проект осеннего семестра:
Поиск и характеристика районов локализации тандемного повтора (GGAAA)n в геноме курицы
Руководители - Сайфитдинова Алсу (СПбГУ), Комиссаров Алексей (Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского)

Проект весеннего семестра:
Поиск генов, ответственных за адаптацию к подземному образу жизни у грызунов
Руководитель - Ольга Бондарева (ЗИН РАН)

Текущее место работы: Universität Greifswald

Окончил бакалавриат и магистратуру биологического факультета СПбГУ на кафедре цитологии и гистологии. Работает в лаборатории систематики и географии грибов БИН РАН и ботаническом институте г. Грайфсвальд (Германия). Участвует в проектах по исследованию филогеографии и репродуктивных стратегий нивальных миксомицетов и выявлению скрытого разнообразия высших грибов и миксомицетов в почвах с применением NGS. Периодически участвует в экспедициях в различные заповедники для выявления видового состава биоты миксомицетов. Научные интересы: эволюционная биология, молекулярная биология.

Проект осеннего семестра:
Оценка «скрытого разнообразия» высших грибов и миксомицетов в почвах уязвимых природных экосистем
Руководители - Райко Михаил (Центр биоинформатики им. Ф. Г. Добржанского), Малышева Вера, Малышева Екатерина (Ботанический институт им. В.Л. Комарова РАН)

Проект весеннего семестра:
Анализ репродуктивной структуры популяций двух видов нивальных миксомицетов
Руководитель - Родионов Александр (Ботанический институт им. В.Л. Комарова РАН)

Текущее место работы: СберМаркет

Студентка 1 курса магистратуры СПбГУ, кафедра статистического моделирования. Магистерская работа посвящена оценке малых вероятностей с помощью МСМС в задаче идентификации пептидов. Подрабатывает в математическом кружке при 366 школе. В свободное время танцует сальсу и читает Достоевского.

Проект осеннего семестра:
Определение родственных свзязей по данным генотипирования
Руководитель - Александр Ракитько (Генотек)

Проект весеннего семестра:
Assessing Significance of Peptide Spectrum Match Scores
Руководитель - Антон Коробейников (СПбГУ ЦАБ)

Окончил бакалавриат СПбГМТУ в 2014 году по направлению «Математика». Углубившись в машинное обучение, защитил диплом по теме распознавания образов. Заинтересовавшись биоинформатикой, поступил в магистратуру СПбПУ. В свободное время занимается разработкой веб-приложений, фотографирует, учится летать на дельтаплане.

Проект осеннего семестра:
Скаффолдинг контигов на основе транскриптома
Руководитель - Павел Добрынин (лаборатория геномной биоинформатики им.Добржанского)

Проект весеннего семестра:
Transposable Elements Atlas
Руководитель - Son Pham (SALK)

Летняя стажировка:
SICER (?) 2
Руководитель - Александр Предеус (Институт биоинформатики)

В 2014-2015 годах работал в EPAM Systems разработчиком ПО.

Проект осеннего семестра:
Улучшение бининга контигов в метагеномных сборках с использованием графа сборки
Руководитель - Сергей Нурк (ЦАБ СПБГУ)

Проект весеннего семестра:
GPS-L: Estimation of local ancestry
Руководитель - Татьяна Татаринова (Университет Ла Верне)

Летняя стажировка:
Implementation of GPS-L as Python package
Руководитель - Татьяна Татаринова (Университет Ла Верне)

Текущее место работы: Revolut

Студентка 1 курса магистратуры СПБГУ на кафедре статистического моделирования. Любит музыкальные фестивали и путешествия.

Проект осеннего семестра:
Предсказание вторичной структуры белка на основе методов Deep Learning
Руководитель - Иван Дрокин (BIOICAD)

Проект весеннего семестра:
Поиск новых мутаций и неаннотированных V, D, J генных сегментов в репертуаре антител
Руководитель - Сафонова Яна (UCSD)

Текущее место работы: JetBrains

Закончил Санкт-Петербургский государственный университет факультет Прикладной математики - Процессов управления. Учится в Академическом университете на направлении биоинформатика. Во время учебы в институте занимался проектами связанными с иммунологией и хемоинформатикой.

Проект осеннего семестра:
Анализ ошибок амплификации
Руководители - Яна Сафонова (UCSD), Александр Шлемов (ЦАБ СПбГУ)

Проект весеннего семестра:
Finding Common Structural Motifs in Natural Products
Руководители - Алексей Гуревич (ЦАБ СПбГУ), Hosein Mohimani (UCSD)

Текущее место работы: University Hospital Düsseldorf / Heinrich Heine University Düsseldorf

Студент 1 курса магистратуры СПбАУ на направлении Алгоритмы и анализ данных в биоинформатике. Бакалаврская работа была посвящена выделению сообществ в сложных сетях. Интересуется настольными играми, футболом, современным искусством.

Проект осеннего семестра:
Прямое вычисление сигналов селекции человека за последние 6 тысяч лет
Руководитель - Антон Афанасьев (yRisk)

Проект весеннего семестра:
Primer Trimming for Targeted Resequencing
Руководители - Максим Иванов, Владислав Милейко (Атлас)

Летняя стажировка:
De novo detection of Ig germline segments using Rep-seq data
Руководители - Яна Сафонова (UCSD)

Выпускник Московского государственного технического университета имени Н. Э. Баумана. В настоящее время студент магистратуры 1 курса СПбАУ по направлению "Алгоритмическая биоинформатика".

Проект осеннего семестра:
Исследование алгоритма полулокального выравнивания Seaweed
Руководитель - Александр Тискин (University of Warwick)

Проект весеннего семестра:
Быстрая индексация метагеномов
Руководители - Илья Корвиго, Евгений Андронов (ГНУ ВНИИСХМ РАСХН)

Летняя стажировка:
Оптимизация программного кода алгоритма быстрого поиска похожих образцов в метагеномных базах данных
Руководители - Илья Корвиго, Евгений Андронов (ГНУ ВНИИСХМ РАСХН)

Текущее место работы: Jura Bio

Закончил (бакалавриат) кафедру матанализа матмеха СПбГУ. Сбежал в биоинформатику от неумения доказывать теоремы и только в процессе понял, что ничего плохого в этом нет, а так даже интереснее. В процессе обучения в ИБ занимался улучшением алгоритма исправления ошибок иммуносеквенирования (хотя это был скорее учебный проект) и автоматической оптимизацией параметров спектральных сетей. В настоящее время занимаюсь разработкой подхода для анализа динамики иммунного ответа под руководством Яны Сафоновой в Центре алгоритмической биотехнологии СПбГУ.

Проект осеннего семестра:
Построение репертуара антител
Руководитель - Яна Сафонова (UCSD), Александр Шлемов (ЦАБ СПбГУ)

Проект весеннего семестра:
Optimization of spectral network parameters
Руководители - Алексей Гуревич (ЦАБ СПбГУ)

Летняя стажировка:
Analysis of immune response dynamics using Rep-seq data
Руководители - Яна Сафонова (UCSD)

Текущее место работы: SciLifeLab

Выпускник бакалавриата кафедры теории вероятностей и математической статистики МатМеха СПбГУ. Студент первого курса магистратуры Санкт-Петербургского Академического университета по направлению "теоретическая информатика", выпускник Computer Science Center по тому же направлению.

Проект осеннего семестра:
Сегментация результатов MALDI-спектрометрии
Руководитель - Сергей Николенко (СПбАУ, ПОМИ РАН, ВШЭ)

Проект весеннего семестра:
10xGenomics data
Руководители - Антон Банкевич (ЦАБ СПбГУ)

Летняя стажировка:
Algorithms for TSLR assembly
Руководители - Антон Банкевич (ЦАБ СПбГУ)

Закончил бакалавриат по направлению "Прикладная математика и информатика" на кафедре биоинформатики ВМК ННГУ. На данный момент является студентом второго курса магистратуры Санкт-Петербургского Академического университета по направлению "Алгоритмы в биоинформатике". В круг научных интересов Сергея входят такие области как машинное обучение и компьютерное зрение. Любит активный отдых и путешествия.

Проект осеннего семестра:
Упрощение графа Де Брёйна с помощью идеального хэширования
Руководитель - Антон Банкевич (ЦАБ СПбГУ)

Проект весеннего семестра:
Differential peak calling in Chip-Seq experiments. Developing a comprehensive test set
Руководители - Олег Шпынов (JetBrains Research)

Летняя стажировка:
Application of SILAC data in antibiotic discovery
Руководители - Алексей Гуревич (ЦАБ СПбГУ)

Текущее место работы: Washington University in St. Louis

Студентка 2 курса магистратуры СПбАУ. Окончила факультет Прикладной математики и процессов управления в СПбГУ. В школе и на младших курсах университета участвовала в исследованиях Института молекулярной биологии и генетики центра им. В.А. Алмазова. В 2015 году работала в Центре геномной биоинформатики им. Ф.Г. Добржанского.

Проект осеннего семестра:
RNA-Sequencing Analysis
Руководитель - Son Pham (SALK)

Проект весеннего семестра:
Сравнительный анализ методов предсказания сайтов редактирования РНК в транскриптоме
Руководители - Александр Канапин, Анастасия Самсонова (University of Oxford)

Летняя стажировка:
Сравнительный анализ методов предсказания сайтов редактирования РНК в транскриптоме
Руководители - Александр Канапин, Анастасия Самсонова (University of Oxford)