Выпускники

2016/17 год обучения
Все выпускники этого направления прослушали курсы:
- Дискретная математика (28 часов)
- Программирование на Python (56 часов)
- Программирование на R (28 часов)
- Статистика (28 часов)
- Семинар по биоинформатике (28 часов)
- Молекулярная филогенетика (28 часов)
- Библиотеки данных в R (28 часов)

Обязательной частью обучения было выполнение научно-исследовательских проектов в каждом семестре. Летняя стажировка проводилась по желанию.

Оксана Айзсилниекс
ПСПбГМУ им. И.П. Павлова, инфекционные болезни и эпидемиология
Текущее место работы: GOSH

Выпускница интернатуры ПСПбГМУ им. И.П. Павлова по специальности Инфекционные болезни, в настоящее время занимает должность старшего лаборанта кафедры. За время интернатуры приобрела опыт врача-инфекциониста на базе Клинической городской больницы им. С.П. Боткина. За время обучения в университете участвовала в разных научных проектах: анализировала влияние режимов кондиционирования и химиотерапии на аминокислотный состав плазмы крови (как ранний показателя нутритивного статуса) пациентов гематологического профиля (2011); разбиралась с вопросом об информативности положительных ИФА и ПЦР на вирусы ВГЧ-6 и ВЭБ в крови и слюне и связи положительных результатов с клинической картиной (2015-2016); выявляла частоту развития инвазивных микозов и выживаемость у пациентов подросткового возраста и молодых взрослых после аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток (алло-ТГСК) (2016).

В настоящее время продолжает анализировать частоту развития инвазивных микозов и выживаемость в различных возрастных группах у пациентов после алло-ТГСК, а также разрабатывает проект, касающийся причин и предикторов частого развития онкогематологических заболеваний у ВИЧ-инфицированных лиц, что и привело ее в Институт биоинформатики.

Если появляется свободное время, то отдает предпочтение аудиолекциям по философии.

Проект осеннего семестра:
Enhancement of 5-mer based statistical model for SHMs
Руководители - Андрей Бзикадзе, Яна Сафонова (СПбГУ ЦАБ)

Проект весеннего семестра:
Разработка метода для анализа представленности в time-course данных
Руководитель - Алексей Сергушичев (Университет ИТМО)

Летняя стажировка:
Рассмотрение ВИЧ в контексте аутореактивности методом сравнительного анализа с СКВ
Руководитель - Дмитрий Лиознов (ПСПбГМУ)

Дарья Алешкина
СПбГУ, кафедра зоологии беспозвоночных
Обучаясь в магистратуре на кафедре зоологии беспозвоночных, выполнила исследовательскую работу, посвященную кариотипированию морского литорального моллюска Littorina saxatilis. Интересуюсь эволюционной и молекулярной биологией, цитогенетикой, филогенетикой и стараюсь развиваться в других направлениях. В свободное время много путешествую, фотографию и стремлюсь чаще бывать на природе.

Проект осеннего семестра:
Поиск генов в LTR повторах
Руководители - Добрынин Павел (Центр геномной биоинформатики им Ф.Г. Добржанского)

Проект весеннего семестра:
Определение промоторов РНК полимеразы II в геноме курицы, участвующих в транскрипции последовательностей латеральных петель хромосом ламповых щеток
Руководитель - Сайфитдинова Алсу (СПбГУ)

Анастасия Гайнуллина
СПбПУ, медицинская физика
Текущее место работы: Quantori

2012-2014 – бакалаврская работа на тему «Экспрессия циркулирующих и внутриклеточных микроРНК в ранней фазе ответа миокарда на ишемическое повреждение» в ФГБУ «СЗФМИЦ им. В. А. Алмазова» Минздрава России;

2014 – летняя школа в Cluster of Excellence "CellNetworks", Centre for Organismal Studies (Heidelberg University, Germany);

2014-2016 – магистерская работа на тему «Исследование роли сигма-1 рецептора в формировании синаптических контактов нейронов стриатума на модели болезни Хантингтона» в Лаборатории Молекулярной Нейродегенерации СПбПУ;

Академические интересы: машинное и естественное обучение, нейробиология, история науки.
Неакадемические интересы: кинология (сертифицированный инструктор-кинолог).
Работа: ООО «Люмэкс-маркетинг», инженер-исследователь ветеринарных проектов.

Проект осеннего семестра:
Классификация микрофотографий гистологических препаратов при помощи свёрточных нейронных сетей
Руководитель - Шпильман Алексей (JetBrains Research)

Проект весеннего семестра:
Анализ геномных вариаций человека - 2
Руководитель - Захаров Геннадий (EPAM Life Sciences)

Летняя стажировка:
Automatic visualization of metabolic modules
Руководитель - Алексей Сергушичев (Университет ИТМО)

Лаврентий Данилов
СПбГУ, кафедра генетики и биотехнологии
Текущее место работы: СПбГУ / Сербалаб

На кафедре генетики и биотехнологий выполняю проект по анализу влияния мутации в гене Sup35 Saccharomyces cerevisiae на влияния приона PSI+. Также участвую в проверке амилоидогенности человеческого белка HNRNPD, выявленного в результате скринига.

Биологические интересы - молекулярная биология, эпигенетика и экспрессия генов, структурная и функциональная эволюция белков.

Другие интересы - культура Японии и Древней Греции, классическая музыка, игра в "Что? Где? Когда?"

Проект осеннего семестра:
Анализ геномных вариаций человека
Руководитель - Захаров Геннадий (EPAM Life Sciences)

Проект весеннего семестра:
Создание пайплайна для добавления результатов RNAseq в программу GeneQuery
Руководитель - Александр Предеус (Институт биоинформатики)

Наталья Зорина
СПбГУ, кафедра зоологии беспозвоночных
Текущее место работы: Институт биоинформатики / University of Haifa

Студентка 3 курса бакалавриата СПбГУ на кафедре зоологии беспозвоночных. Научная работа посвящена изучению сигнального пути Wnt у сцифоидной медузы Aurelia Aurita. Научные интересы: молекулярная биология, морская биология. О себе: мои источники силы и вдохновения- это путешествия, люди, подводная жизнь и возможность попробовать себя в разных сферах деятельности.

Проект осеннего семестра:
Оценка потенциала библиотеки парноконцевых ридов, полученных на платформе Illumina, для полногеномной и локальной сборки
Руководитель - Кулакова Милана (СПбГУ)

Проект весеннего семестра:
Инструмент для оценки функции выравниваемости генома
Руководитель - Александр Предеус (Институт биоинформатики)

Петр Козырев
СПбГУ, кафедра цитологии и гистологии
Текущий научный проект: "Получение и характеристика антител, блокирующих взаимодействие PD-1 и PD-L1". Научные интересы: иммунология, онкология.

Проект осеннего семестра:
Анализ геномных вариаций человека
Руководитель - Захаров Геннадий (EPAM Life Sciences)

Проект весеннего семестра:
Изучение микробиоты кишечника в норме и при патологиях
Руководитель - Алла Лапидус (СПбГУ ЦАБ)

Полина Козюлина
СПбГУ, кафедра цитологии и гистологии
Текущее место работы: German Cancer Research Center (DKFZ)

Меня всегда интриговало, что наш мир полон скрытых закономерностей, а любопытная натура толкала эти закономерности находить и пытаться объяснить. Так я пришла в науку: сначала полевую, исследуя донную фауну озер и рек. С экспедициями успела побывать на Алтае, Байкале и даже в Саянах. Однако меня все больше и больше привлекали детали и механизмы, и магистерскую диссертацию я защищала уже по молекулярным механизмам и внутриклеточным сигнальным путям опухолевых клеток. В качестве стажировки работала в университете Западной Вирджинии, освоила современные биохимические методики и техники конфокальной микроскопии в реальном времени (такие как FRAP и TIRF), опубликовала несколько статей в журналах, и поняла, что за красивыми деталями потеряла общую картину мира. Это осознание опять потянуло меня учиться, и я пришла в Институт биоинформатики. Мои научные интересы лежат в области опухолевой биологии и рецептор-опосредованных систем внутриклеточной сигнализации, однако общая любознательность натуры заставляет слушать курсы по космической биологии, астрофизике и философии науки на таких онлайн платформах как Coursera.

Проект осеннего семестра:
Выделение профилей экспрессии иммунных клеток в нормальных тканях и опухолях
Руководитель - Александр Предеус (Институт биоинформатики)

Проект весеннего семестра:
Разработка метода поиска клинически значимых соматических мутаций в данных NGS
Руководитель - Максим Иванов (Биомедицинский холдинг Атлас, МФТИ)

Летняя стажировка:
Development of Non-Invasive Prenatal Testing (NIPT) analysis pipeline
Руководитель - Андрей Глотов (НИИ акушерства, гинекологии и репродуктологии им. Д. О. Отта)


Диана Кондинская
СПбГУ, кафедра молекулярной биофизики и физики полимеров
Текущее место работы: Cambridge Crystallographic Data Centre

Студентка кафедры молекулярной биофизики и физики полимеров 2 курса магистратуры физического факультета СПбГУ. Научная работа посвящена механизмам комплексообразования ДНК и поликатионов. В область научных интересов входят молекулярная биология и физические основы биологических процессов.
Интересуется историей Северной Америки и Европы, американской и английской литературой.

Проект осеннего семестра:
Вариация в свете функции
Руководитель - Илья Корвиго (МФТИ, Лаборатория функционального анализа генома)

Проект весеннего семестра:
Анализ геномных вариаций человека
Руководитель - Захаров Геннадий (EPAM Life Sciences)

Юлия Кондратенко
МГУ, биологический факультет, кафедра молекулярной биологии
Выпускница кафедры молекулярной биологии биофака МГУ. Работаю научным журналистом, регулярно пишу новости для сайтов elementy.ru и biomolecula.ru, иногда пишу о науке и для бумажных журналов ("Популярная механика", "Кот Шредингера", "Вокруг света"). Область научных интересов - эволюция, биоинженерия, нейробиология сна и памяти. В свободное время играю в го и чгк.

Проект осеннего семестра:
Finding ancestry informative markers
Руководитель - Татьяна Татаринова (Университет Ла Верне)

Проект весеннего семестра:
Text-mining based retrieving of omics pipelines
Руководители - Magnus Palmblad, Valeriia Kuzyk (Center for Proteomics and Metabolomics, Leiden University Medical Center

Летняя стажировка:
Pipeline for automated choice of microbiome recovery method
Руководитель - Антон Коробейников (СПбГУ ЦАБ)


Екатерина Купряшова
СПбГУ, кафедра эмбриологии
Окончила бакалавриат и магистратуру в СПбГУ, специализировалась на кафедре эмбриологии. Выполняет исследовательскую работу в лаборатории кафедры эмбриологии. Научная работа посвящена изучению механизмов бесполого размножения и регенерации аннелид. Научные интересы: регуляция развития, эволюционная биология развития, паттернирование тела. Слушает онлайн-курсы и читает книги по разным областям знаний.
Любит общаться с людьми и науку. В свободное время гуляет, танцует и ходит в театр.

Проект осеннего семестра:
NGS в HLA-типировании
Руководители - Бархатов Ильдар (НИИ детской онкологии, гематологии и трансплантологии имени Р. М. Горбачёвой), Предеус Александр (Институт биоинформатики)

Проект весеннего семестра:
Анализ геномных вариаций человека - 2
Руководитель - Захаров Геннадий (EPAM Life Sciences)

Пётр Кусакин
ФГБНУ ВНИИСХМ
Выпускник биологического факультета СПбГУ, бакалавриат закончил на кафедре микробиологии, магистратуру - на кафедре физиологии и биохимии растений. Исследовательскую работу выполнял в лаборатории молекулярной и клеточной биологии ФГБНУ ВНИИСХМ, работа посвящена исследованию роли фитогормонов в развитии бобово-ризобиального симбиоза.

Проект осеннего семестра:
Поиск генов, кодирующих ферменты лигноцеллюлозo-деградирующего комплекса, в геноме гриба Scytalidium sp.
Руководитель - Кульминская Анна (Лаборатория энзимологии, ПИЯФ)

Проект весеннего семестра:
Оптимизация стратегий сборки транскриптомов de novo
Руководитель - Александр Предеус (Институт биоинформатики)

Полина Липаева
«Инновабио»
Текущее место работы: Helmholtz Centre for Environmental Research

Выпускник СПбГУ кафедры генетики и биотехнологии. Магистр биологии по направлению генетика, молекулярная генетика. На протяжении бакалавриата и магистратуры выполняла научно-исследовательскую работу в лаборатории физиологической генетики. Научная работа посвящена изучению протеинкиназы Sch9 у дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Научные интересы: генетика, молекулярная биология, иммунология, микробиология. Основами успешной научной жизни считает саморазвитие и критичность мышления. Слушает различные онлайн-курсы на платформах Coursera, Stepic и FutureLearn. Любит утренние и вечерние пробежки.

Проект осеннего семестра:
Анализ геномных вариаций человека
Руководитель - Захаров Геннадий (EPAM Life Sciences)

Проект весеннего семестра:
Response of the cells with suppressed chromatin repression system to osmotic stress
Руководитель - Юлия Медведева (Центр "Биоинженерия" РАН)

Максим Нестеренко
СПбГУ, кафедра зоологии беспозвоночных
Текущее место работы: UNIVERSITY OF HELSINKI

Студент 4 курса бакалавриата СПбГУ на кафедре Зоологии Беспозвоночных.
Научная работа посвящена исследованию регуляции сложных жизненных циклов беспозвоночных животных, сравнительному анализу транскриптомов разных стадий цикла. Научные интересы: молекулярная биология, биология развития, зоология беспозвоночных, дифференциальная экспрессия генов, регуляция активности генома, паразитирование, взаимоотношения паразит-хозяин. Убежден, что исследовать может не знать точного ответа на заданный вопрос, но обязан понимать, как ответ можно получить, как от общего можно прийти к частному.
Увлекается научной фантастикой.

Проект осеннего семестра:
Оптимизация стратегий сборки транскриптомов de novo
Руководители - Андрей Глотов (Ресурсный центр «Центр Биобанк», СПбГУ), Александр Предеус (Институт биоинформатики)

Проект весеннего семестра:
Оптимизация стратегий сборки транскриптомов de novo
Руководитель - Александр Предеус (Институт биоинформатики)

Иван Павлов
СПбПУ, кафедра медицинской физики
Выполняю исследовательскую работу в лаборатории энзимологии отделения молекулярной и радиационной биофизики Петербургского института ядерной физики. Работа посвящена исследованию целлюлитического ферментного комплекса штамма мицелярного гриба.
Научные интересы: технологии секвенирования, молекулярная филогенетика. Играю на барабанах, увлекаюсь микроэлектроникой и 3D печатью.

Проект осеннего семестра:
Поиск генов, кодирующих ферменты лигноцеллюлозo-деградирующего комплекса, в геноме гриба Scytalidium sp.
Руководитель - Кульминская Анна (Лаборатория энзимологии, ПИЯФ)

Проект весеннего семестра:
Графическое приложение для дизайна клинического исследования
Руководители - Владовская Мария, Моисеев Иван (СПбГМУ им. акад. И.П. Павлова, Институт детской гематологии и трансплантологии им. Р.М. Горбачевой)

Летняя стажировка:
Графическое приложение для дизайна клинического исследования
Руководители - Владовская Мария, Моисеев Иван (СПбГМУ им. акад. И.П. Павлова, Институт детской гематологии и трансплантологии им. Р.М. Горбачевой)

Михаил Папков
СПбПУ, кафедра медицинской физики
Выполняю научно-исследовательскую работу, посвященную возрастным аспектам ЭКГ детей в компании "МИКАРД-ЛАНА". В работе используются методы автоматической обработки сигналов, целью ее является оценка применимости алгоритмов анализа кардиограмм взрослых людей к кардиограммам детей и их последующая корректировка.
Потребность в самообразовании удовлетворяю с помощью открытых онлайн-курсов на таких платформах, как Stepic и Coursera. В сферу интересов входят практически любые приложения точных наук и информационных технологий к медицине.
Играю в интеллектуальные игры, руковожу студенческим клубом, занимающимся организацией чемпионатов по спортивной версии "Что? Где? Когда?".

Проект осеннего семестра:
MultiBioNet. Link prediction in multilayered biological networks
Руководитель - Елена Сюгиз (Университет Тарту)

Проект весеннего семестра:
Графическое приложение для дизайна клинического исследования
Руководители - Владовская Мария, Моисеев Иван (СПбГМУ им. акад. И.П. Павлова, Институт детской гематологии и трансплантологии им. Р.М. Горбачевой)

Летняя стажировка:
Графическое приложение для дизайна клинического исследования
Руководители - Владовская Мария, Моисеев Иван (СПбГМУ им. акад. И.П. Павлова, Институт детской гематологии и трансплантологии им. Р.М. Горбачевой)

Иван Ревегук
СПбГУ, кафедра биохимии
Студент 3 курса бакалавриата биологического факультета СПбГУ. На момент написания участвует в процессе получения и очистки рекомбинантных белков, имеющих фармокологическую ценность, в НИИ особо чистых биопрепаратов. На базе лаборатории нанобиотехнологий Академического Университета проводит кристаллизацию и изучение структуры белков при помощи рентгенструктурного анализа. Текущие научные интересы: структурная биология, структурная биоинформатика, биохимия и физика белка. Сторонник самообразования.

Проект осеннего семестра:
Вариация в свете функции
Руководитель - Илья Корвиго (МФТИ, Лаборатория функционального анализа генома)

Проект весеннего семестра:
Deep learning in protein anomalies
Руководитель - Андрей Афанасев (yRisk)

Летняя стажировка:
Predicting vital protein features
Руководитель - Андрей Афанасев (yRisk)

Родион Сахабеев
СПбПУ, кафедра биофизики
Студент 2 курса магистратуры СПбПУ, кафедра биофизики. Выполняет исследовательскую работу в Отделе молекулярной генетики человека Института экспериментальной медицины. Научная работа посвящена разработке метода лечения вирусных инфекций, основанного на взаимодействии вирусов с рецепторами. Научные интересы: молекулярная биология, биотехнология. Часто выступает на научных конференциях, участвует в конкурсах и грантах.
Интересуется фотографированием, современным кинематографом, фитнесом.

Проект осеннего семестра:
Сравнительный анализ штаммов вируса клещевого энцефалита, выделенных в 60-е годы прошлого века и в современный период на территории Прибайкалья и Забайкалья
Руководитель - Адельшин Ренат (Иркутский научно-исследовательский противочумный Институт Сибири и Дальнего Востока)

Проект весеннего семестра:
Создание пайплайна для добавления результатов RNAseq в программу GeneQuery
Руководитель - Александр Предеус (Институт биоинформатики)

Александр Слепченков
СПбГУ, кафедра генетики и биотехнологии
Текущее место работы: Evil Martians

Выполняю исследовательскую работу в лаборатории биохимической генетики. Работа посвящена модификации метода выявления мутаций в гене p53 человека с использованием гена PHO5 дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Научные интересы: Молекулярная биология, биотехнология, эпигенетика. Параллельно занимаюсь изучением программирования на C# и Python.

Проект осеннего семестра:
Анализ геномных вариаций человека
Руководитель - Захаров Геннадий (EPAM Life Sciences)

Проект весеннего семестра:
Пайплайн для анализа результатов таргетного секвенирования
Руководитель - Мозгов Сергей (Parseq Lab)

Максим Холматов
СПбГПМУ Минздрава России
Проект осеннего семестра:
Выделение профилей экспрессии иммунных клеток в нормальных тканях и опухолях
Руководитель - Александр Предеус (Институт биоинформатики)

Проект весеннего семестра:
Improving NLP in molecular biology
Руководитель - Илья Корвиго (МФТИ, Лаборатория функционального анализа генома

Летняя стажировка:
Developing automatic named entity recognition tools for text mining in biological and chemical corpora
Руководитель - Илья Корвиго (МФТИ, Лаборатория функционального анализа генома)
Все выпускники этого направления прослушали курсы:
- Алгоритмы в биоинформатике (28 часов)
- Молекулярная биология (28 часов)
- Статистика (112 часов)
- Семинар по биоинформатике (28 часов)
- Молекулярная эволюция и филогенетика (28 часов)
- Анализ данных NGS (28 часов)


Обязательной частью обучения было выполнение научно-исследовательских проектов в каждом семестре. Летняя стажировка проводилась по желанию.

Маргарита Аксешина
СПбАУ, МиИТ
Закончила бакалавриат Мат-Меха СПбГУ, кафедру Информационно-Аналитических систем, где защитила дипломную работу об обработке и кластеризации данных метагеномного секвенирования (в сотрудничестве с Лабораторией Алгоритмической Биоинформатики СПбАУ).
Научные интересы: машинное обучение и анализ данных, применение машинного обучения в биоинформатике, медицинская биоинформатика.
Любит фотографию и живопись, путешествия, бег на длинные дистанции.

Проект осеннего семестра:
MultiBioNet
Руководитель - Елена Сюгис (Университет Тарту)

Проект весеннего семестра:
Applying cancer subpopulations analysis methods to metagenomic series
Руководитель - Сергей Нурк (СПбГУ ЦАБ)

Летняя стажировка:
Analyzing strain mixtures in metagenomic series data
Руководитель - Сергей Нурк (СПбГУ ЦАБ)

Мария Атаманова
СПбГУ, мат-мех
Студентка 2 курса магистратуры.
Научные интересы: биоинформатика, алгебра.

Проект осеннего семестра:
Поиск генов в LTR повторах
Руководитель - Добрынин Павел (Центр геномной биоинформатики им Ф.Г. Добржанского)

Проект весеннего семестра:
TwoPaCo для фрагментированных геномов
Руководитель - Минкин Илья (Pennsylvania State University)

Летняя стажировка:
MetaCherchant ver 2.0
Руководитель - Ульянцев Владимир (Университет ИТМО)

Евгений Бакин
ФГАОУ ВО ГУАП
Текущее место работы: CytoReason

Закончил ГУАП по специальности "Автоматизированные системы обработки информации и управления". Работает исследователем в области статистического анализа и моделирования технических систем. Научные интересы: теория вероятностей и математическая статистика, прикладная теория случайных процессов, комбинаторные алгоритмы оптимизации, теория информации и кодирования. Ближайшее время планирует посвятить изучению естественных наук и, в частности, биоинформатики для того, чтобы применить свои навыки в этой области.
Увлекается классической музыкой и религиоведением.

Проект осеннего семестра:
MultiBioNet
Руководитель - Елена Сюгис (Университет Тарту)

Проект весеннего семестра:
Инструмент для оценки функции выравниваемости генома
Руководитель - Александр Предеус (Институт биоинформатики)

Летняя стажировка:
Средство для сравнительного анализа результатов экспериментов ChIP-seq
Руководитель - Олег Шпынов (JetBrains Research)

Валерия Богданова
СПбГУ, мат-мех
Закончила МатМех СПбГУ по специальности прикладная математика и информатика; защитила диплом на тему распознавания изображений. Последнее место работы: Yota (ИТ-департамент, департамент аналитики). Интересуется статистикой, анализом данных, машинным обучением, слушает различные онлайн курсы на данные темы. Прошла онлайн программу по основам программирования от СПбАУ РАН на платформе Stepik. Обожает творчество Терри Пратчетта и всем советует.

Проект осеннего семестра:
Разработка и улучшение поисковых стратегий в системе GeneQuery
Руководитель - Александр Предеус (Институт биоинформатики)

Проект весеннего семестра:
Разработка метода для анализа представленности в time-course данных
Руководитель - Сергушичев Алексей (Университет ИТМО)

Анатолий Зайковский
СПбГУ, мат-мех
Теория представлений алгебр, теория групп.

Проект осеннего семестра:
Integration Time Estimation of Endogenous Retroviruses
Руководитель -Добрынин Павел (Центр геномной биоинформатики им Ф.Г. Добржанского)

Проект весеннего семестра:
Improving NLP in molecular biology
Руководитель - Илья Корвиго (МФТИ, Лаборатория функционального анализа генома)

Владислав Мыров
СПбАУ, МиИТ
Увлекся вычислительной биологией и биоинформатикой после летней школы в Иннополисе в 2014 году. В сферу моих научных интересов входит системная биология, генетика, высокопроизводительные вычисления, параллельные алгоритмы и машинное обучение. Хотел поступать во ВГИК, но не успел подать документы. Успел поработать над разработкой геоинформационных алгоритмов для военных и поучаствовать в создании системы моделирования RISCV процессора.
Мои проекты можно увидеть на github.

Проект осеннего семестра:
Полулокальное выравнивание последовательностей с использованием параллелизма
Руководитель - Тискин Александр (University of Warwick)

Проект весеннего семестра:
Statistical analysis of neural spike trains for estimation of functional differences in subcortical structures of human brain
Руководитель - Седов Алексей (Институт химической физики им. Н.Н. Семенова РАН)

Летняя стажировка:
Рассмотрение ВИЧ в контексте аутореактивности методом сравнительного анализа с СКВ
Руководитель - Лиознов Дмитрий (ПСПбГМУ)

Георгий Новиков
СПбАУ, МиИТ
Студент СПбАУ.

Проект осеннего семестра:
Моделирование внутриклеточного броуновского движения
Руководитель - Шпильман Алексей (JetBrains Research)

Проект весеннего семестра:
Исследование поверхности потенциальной энергии молекул. Поиск переходных состояний
Руководитель - Рязанцев Михаил (СПбАУ РАН)

Летняя стажировка:
Исследование поверхности потенциальной энергии молекул. Поиск переходных состояний
Руководитель - Рязанцев Михаил (СПбАУ РАН)

Екатерина Носкова
СПбАУ, МиИТ
Текущее место работы: University of Fribourg

Студентка СПбАУ.

Проект осеннего семестра:
Joint analysis of Rep-seq and mass spectra data
Руководитель - Сафонова Яна (UCSD)

Проект весеннего семестра:
Поиск генов биопленкообразования и системы «quorum sensing» в геномах Vibrio cholerae El Tor, выделенных на территории Дальнего Востока России
Руководитель - Гладких Анна (Противочумный институт Сибири и Дальнего Востока)

Летняя стажировка:
Автоматизация процесса вывода совместной демографической истории нескольких популяций из сайт-частотного спектра
Руководитель - Владимир Ульянцев (Университет ИТМО)

Иван Сосин
СПбАУ, МиИТ
Учусь на первом курсе Магистратуры по направлению "Алгоритмы и анализ данных в биоинформатике" в Академическом Университете. В 2012 - 2013 годах проходил зарубежную стажировку в КНР в компании, разрабатывающей и производящей моноклональные антитела. Последние 3 года работал в должности инженера-биотехнолога в компании АО "Р-Фарм" и занимался производством моноклональных анатител. Сейчас сменил профиль на биоинформатику и нахожусь в поисках интересного научного направления.

Проект осеннего семестра:
Finding new V genes in genomic data
Руководители - Александр Шлемов, Тимофей Проданов (СПбГУ ЦАБ)

Проект весеннего семестра:
Protein variations. Effect prediction
Руководитель - Андрей Афанасьев (yRisk)

Летняя стажировка:
Распознавание жестов для бионического протеза кисти с помощью ЭМГ датчиков
Руководитель - Федор Кубышкин (Моторика)

Мария Черниговская
СПбАУ, МиИТ
Текущее место работы: The Karolinska Institute

Студентка Академического Университета.

Проект осеннего семестра:
Improving accuracy of antibody repertoire construction from barcoded Rep-seq data
Руководитель - Сергей Банкевич (СПбГУ ЦАБ)

Проект весеннего семестра:
Applying cancer subpopulations analysis methods to metagenomic series
Руководитель - Сергей Нурк (СПбГУ ЦАБ)

Летняя стажировка:
Reconstruction of clonal lineages for highly hypermutated repertoires
Руководители - Андрей Слободкин (СПбГУ ЦАБ), Яна Сафонова (UCSD)

Константин Чухарев
Университет ИТМО, систем управления и информатики
Студент 2 курса бакалавриата на кафедре систем управления и информатики университета ИТМО. Интересы: Computer Science, биоинформатика, робототехника, программирование. Люблю чистый код, обожаю функциональные языки.
В свободное время играю на гитаре, рисую и хожу в походы.

Проект осеннего семестра:
Integration Time Estimation of Endogenous Retroviruses
Руководитель - Добрынин Павел (Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г. Добржанского)

Проект весеннего семестра:
Antibody repertoire construction from Ion Torrent reads
Руководитель - Сергей Банкевич (СПбГУ ЦАБ)

Летняя стажировка:
PhyloSAT 2.0
Руководитель - Владимир Ульянцев (Университет ИТМО)