Текущее место работы: Институт биоинформатики

Бакалавриат и магистратуру училась в Санкт-Петербургском государственном университете на кафедре генетики и биотехнологии. Бакалаврский диплом был посвящен генетике декоративного подсолнечника, а магистерская диссертация - экспрессии геном метаболизма метанола у дрожжей Pichia pastoris. После выпуска Ольга сменила тематику работы и начала активное изучение процессов инвазий в лаборатории молекулярной систематики Зоологического института РАН. На данный момент, помимо проекта ивазий, Ольга так же исследует механизмы адаптации грызунов к подземному образу жизни с помощью доступных данных NGS.

Проект осеннего семестра:
Оценка геномного ассемблера Platanus
Руководители - Райко Михаил, Комиссаров Алексей (Центр биоинформатики им. Ф. Г. Добржанского)

Проект весеннего семестра:
Эволюция бактерий рода Lactobacillus
Руководитель - Михаил Гельфанд (ИППИ РАН)

Летняя стажировка:
Эволюция бактерий рода Lactobacillus
Руководитель - Михаил Гельфанд (ИППИ РАН)

В 2012 закончила бакалавриат, а в 2014 году – магистратуру биологического факультета Санкт-Петербургского государственного университета на кафедре микробиологии, где работала инженером-исследователем. Бакалаврская квалификационная работа и магистерская диссертация были посвящены изучению цианобактерий - в частности, их экологии и биоразнообразию в таких водоемах как Ладожское и Онежское озера. При исследовании применялись метагеномные подходы. Также работала в Государственном НИИ особо чистых биопрепаратов над изучением пробиотических бактерий, их метаболизма и влияния на микрофлору хозяина. В настоящий момент работает в Лаборатории биоинформатики СПбПУ под руководством проф. Дмитрия Фришмана над изучением генетического разнообразия штаммов вируса ВИЧ-1, циркулирующих в России. Научные интересы: филогения и систематика прокариотов, метагеномика, эволюция вирусов, биоинформатика. Помимо науки увлекается фотографией и кинематографом.

Проект осеннего семестра:
De novo сборка бактериального генома и оценка скаффолдеров
Руководитель - Райко Михаил (Центр биоинформатики им. Ф. Г. Добржанского)

Проект весеннего семестра:
Мультигенная филогения микроспоридий
Руководитель - Токарев Юрий (ВИЗР)

Текущее место работы: НИИ ИГУ

Первые шаги в науке у Полины были связаны с Эколого-биологическим центром "Крестовский остров" и с генетикой наследственных заболеваний человека. Закончила бакалавриат, а затем магистратуру биологического факультета СПбГУ, сейчас учится в аспирантуре. Работает в лаборатории физиологической генетики над проектами, связанным с геномикой дрожжей Saccharomyces cerevisiae, дрожжевыми прионами и терминацией трансляции.

Проект осеннего семестра:
Влияние дисперсанта Корексит 9500 на экспрессию генов морских губок
Руководители - Райко Михаил, Комиссаров Алексей (Центр биоинформатики им. Ф. Г. Добржанского)

Проект весеннего семестра:
Объединение моделей аннотации генов и коррекция аннотации
Руководитель - Павел Добрынин (Центр биоинформатики им. Ф. Г. Добржанского)

Летняя стажировка:
Поиск альтернативы MaxQuant для анализа протеомных данных (масс-спектрометрия без использования метки)
Руководитель - Дарья Бедулина (НИИ биологии ИГУ)

С отличием окончил бакалавриат и магистратуру биологического факультета СПбГУ по направлению молекулярная биология. С отличием прошел курс "Биоинформатика для биологов" Института биоинформатики. Возглавляю проект, выполняемый студентом Николаем Ромащенко. Работаю научным сотрудником в лаборатории функционального анализа генома МФТИ, научным сотрудником в лаборатории микробиологического мониторинга и биоремедиации почв ГНУ ВНИИХМ и специалистом по машинному обучению в iBinom. Аспирант кафедры ИТГС университета ИТМО по направлению информатика и вычислительная техника. Участник 5 международных конференций, автор/соавтор ряда статей в международных журналах. Основные интересы: метагеномика, метатранскриптомика, структурная биология, вычислительная системная биология.

Проект осеннего семестра:
Свой RepeatMasker
Руководители - Райко Михаил, Комиссаров Алексей (Центр биоинформатики им. Ф. Г. Добржанского)

Проект весеннего семестра:
Поиск генов симбиотического комплекса фиксаторов азота
Руководитель - Евгений Андронов (ВНИИСХМ РАСХН)

Летняя стажировка:
Изучение работы скоров-предикторов патогенности мутаций
Руководитель - Василий Ситник (iBinom)

Текущее место работы: University of Twente

Окончил бакалавриат (2014) и магистратуру (2016) СПбГУ. Дипломная работа была посвящена изучению экспрессии генов, кодирующих ферменты антиоксидантной защиты растений риса при недостатке кислорода и окислительном стрессе. В работе использовался метод ПЦР в реальном времени, для обсчёта результатов которого пригодились знания R, полученные в институте биоинформатики.

Проект осеннего семестра:
Поиск адаптеров в собранных геномах
Руководители - Райко Михаил, Комиссаров Алексей (Центр биоинформатики им. Ф. Г. Добржанского)

Проект весеннего семестра:
Анализ встречаемости мутаций в гене ABCA4 на примере болезни Штаргардта в популяции РФ и СНГ
Руководитель - Иванова Марианна (центр ДНК диагностики зрения "Офтальмик")

Летняя стажировка:
BroadPeaks - ре-имплементация алгоритма SICER для определения пиков в соответствующих экспериментах ChIP-Seq
Руководитель - Александр Предеус (Институт биоинформатики)

Никита изучает биохимию и молекулярную биологию в магистратуре биолого-почвенного факультета СПбГУ, кафедра биохимии. Работает в отделе Молекулярной генетикии НИИ ИЭМ, учавствует в создании животной модели для изучения OXPHOS заболеваний. Научные интересы: геномика, филогенетика, генетика органелл, эпигенетика. Кроме того, занимается спортом и увлекается настольными играми.

Проект осеннего семестра:
Сборка оптических карт: доработка ассемблера и моделирование данных оптического картирования
Руководители - Святослав Сидоров (СПб АУ)

Проект весеннего семестра:
Поиск консервативных аминокислотных остатков для белка альфа-кристаллина позвоночных
Руководитель - Оксана Галзитская (Институт белка РАН)

Заканчивает магистратуру Физического факультета СПбГУ, кафедру вычислительной физики, участвует в проекте разработки виртуальной Java-лаборатории по физике. Биоинформатика — новый научный интерес.

Проект осеннего семестра:
Моделирование ПЦР с высокой степенью мультиплексности на основе анализа данных таргетного NGS
Руководители - Антон Брагин (JetBrains), Герман Демидов (СПбАУ)

Проект весеннего семестра:
Определение копийности контигов больших геномов
Руководители - Мелешко Дмитрий (Cornell University), Son Pham (UCSD)

Летняя стажировка:
Co-Assembly of Genomes from Multiple Single Cells
Руководитель - Антон Банкевич (ЦАБ СПбГУ)

Выпускница факультета Вычислительной математики и кибернетики МГУ им. Ломоносова. На данный момент работает в компании "Центр Речевых Технологий" над проектами, связанными с анализом распознанных речевых данных. В прошлом принимала участие в олимпиадах по программированию, является преподавателем Летней компьютерной школы. В свободное время любит путешествовать, занимается скалолазанием.

Проект осеннего семестра:
Анализ корреляции между биохимическими свойствами ампликонов и эффективностью амплификации в мультиплексной ПЦР
Руководители - Антон Брагин (JetBrains), Герман Демидов (СПбАУ)

Проект весеннего семестра:
Глубокий анализ ошибок сборки
Руководитель - Сергей Нурк (ЦАБ СПбГУ)

Окончил бакалавриат Томского политехнического университета по специальности Прикладная математика и информатика. В процессе обучения принимал участие в ряде всероссийских конференций, где занимал призовые места. На третьем курсе заинтересовался исследованиями в области биоинформатики. Успешно прошёл летнюю стажировку в биоинформатическом проекте UGENE в Новосибирском Академгородке, где занимался интеграционными задачами. Научные интересы: биоинформатика, lock-free алгоритмы и структуры данных. Хобби: научно-фантастическая литература, альтернативная рок-музыка, активные виды отдыха, open source.

Проект осеннего семестра:
Networks integration
Руководитель - Son Pham (UCSD)

Проект весеннего семестра:
Paleogenomes analysis project
Руководитель - Татьяна Татаринова (Университет Ла Верне)

Текущее место работы: BioNTech

Закончила математико-механический факультет СПбГУ, в течение последнего курса училась в Институте Биоинформатики. На настоящий момент занимаюсь системной биологией под руководством Максима Артемова в WashU / Университет ИТМО.

Проект осеннего семестра:
Assembly of Large Genomes with High Ploidy
Руководитель - Яна Сафонова (UCSD)

Проект весеннего семестра:
Анализ ошибок в чтениях, полученных в результате секвенирования технологией Ion Torrent
Руководитель - Антон Коробейников (ЦАБ СПбГУ)

Летняя стажировка:
Integrated analysis of high-throughput profiling of virus-host interactions
Руководитель - Максим Артемов (Washington University)