О себе: Работаю научным сотрудником в ЗАО "Биокад", моя область деятельности - ранняя разработка белковых препаратов на основе моноклональных антител. Научные интересы: молекулярная биология, single-cell подходы, белковая инженерия. Увлечения: горные походы, фигурное катание, общение с друзьями.
Проект весеннего семестра:
Prediction of pathogenicity of genetic variants in Kozak sequences
Руководители: Yury Barbitov (Bioinformatics Institute), Michail Skoblov (Research Center of Medical Genetics)

О себе: Провизор, выпускница Института подготовки научных кадров при Академии наук Беларуси по направлению химия. Работала в Лаборатории белковой инженерии ИБОХ НАНБ, занималась изучением ферментативного синтеза ДНК с помощью TdT, а также твердофазным синтезом олигонуклеотидов и сборкой генов. Научные интересы: анализ данных, медицинская генетика, молекулярная биология, молекулярная динамика и дизайн белков.
Проект весеннего семестра:
Age in gene regulatory networks
Руководитель: Erik Zhivkoplias (SciLifeLab, Stockholm University)

О себе: Студентка магистратуры Сколтеха, направление - науки о жизни. Занимаюсь определением функций цитохромов микробактерий. Научные интересы: биоинформатика, микробиология.
Проект весеннего семестра:
Systematics and classification of plasmids
Руководитель: Михаил Райко (СПбГУ)

О себе: Работаю стажером младшего научного сотрудника в НИЛ трансгенных растений кафедры молекулярной биологии биологического факультета БГУ. В настоящее время участвую в исследовании транскрипционной регуляции факторов вирулентности фитопатогенной бактерии Pectobacterium versatile и разработке программного конвейера для поиска потенциальных мишеней транскрипционных факторов в бактериальных геномах. Сфера научных интересов: молекулярная биология, биоинформатика.
Проект весеннего семестра:
Systematics and classification of plasmids
Руководитель: Михаил Райко (СПбГУ)

О себе: Занимаюсь научной работой в области микроРНК, в частности изучаю профиль экспрессии канонической формы и изоформ микроРНК при различных заболеваниях. В настоящий момент являюсь научным ассистентом в международной лаборатории микрофизиологических систем на базе НИИ ВШЭ. Научные интересы: микроРНК, copy number variation (CNV), молекулярная биология.
Проект весеннего семестра:
Analysis-of-5-isomiR-targeting
Руководители: Stepan Nersisyan (National Research University HSE, Moscow)

Текущее место работы: Plastilin

О себе: Студентка магистратуры Факультета Естественных Наук НГУ, направления синтетическая биология. Старший лаборант в лаборатории оптимизации выхода рекомбинантных белков в растительных системах экспрессии ИЦиГ СО РАН. Исследовательская работа связана со снижением агрегативности суспензионной клеточной культуры Arabidopsis thaliana методом геномного редактирования. Научные интересы: геномное редактирование растений, трансгенез, цитология, генетика, физиология растений.
Проект весеннего семестра:
Search for homologs of egg-cell specific genes, study of their expression patterns and regulatory elements for the creation of effective constructs for genetic engineering
Руководители: Maria Logacheva (Skolkovo Institute of Science and Technology), Artem Kasianov (Institute for Information Transmission Problems RAS)

О себе: Окончила бакалавриат в РГАУ-МСХА им. К.А. Тимирязева, магистратуру в СПБГУ. Работает во ВНИИСХМ. Научная работа связана с изучением роли симбиотической и секреторных генных систем в становлении мутуалистических отношений между реликтовыми и эндемичными видами бобовых растений и их микросимбионтами.
Проект весеннего семестра:
Molecular mechanisms behind the life cycle evolution and speciation in hydroids of the Arctic region
Руководители: Lavrenty Danilov (Bionformatic institute, Saint Petersburg State University), Stanislav Kremnyov (Moscow State University, N.K. Koltsov Institute of Developmental Biology)

О себе: Закончила бакалавриат на кафедре зоологии беспозвоночных МГУ. Стажировалась в лаборатории эволюционной геномики в IST Austria, участвовала в проектах по клеточной биологии, бактериальной геномике, эволюционной радиации рыб. В январе 2022 планирует начать обучение на PhD программе в OIST (Okinawa Institute of Science and Technology).
Хобби: дайвинг, фотография, танцы, верховая езда.
Проект весеннего семестра:
Borgs - new entities in archaeal genomes?
Руководители: Mikhail Rayko, Lavrentiy Danilov (Saint-Petersburg State University)

О себе: Выпускник Медицинского института СВФУ им. М.К. Аммосова по направлению Лечебное дело. Аспирант 2 года по направлению Генетика (фундаментальная медицина). Участвую в гос. задании Геномика Арктики. Кандидатская работа посвящена патофизиологии новых редких наследственных заболеваний (SOPH-syndrome). Научные интересы: генетика, молекулярная биология, космическая медицина, общая врачебная практика. Другие интересы: видеоигры.
Проект весеннего семестра:
Сlassification of β-arches based on their 3D structure
Руководитель: Stanislav Bondarev (Saint-Petersburg State University)

О себе: Студент магистрант БФУ им. И. Канта и лаборант в Центре Геномных Исследований при университете. Занимается исследованием, связанным с изучением темпов мутирования митохондриальной ДНК у млекопитающих, а также принимает участие в работе, посвященной мутационному спектру мтДНК. Научные интересы: структурная, функциональная и эволюционная геномика, системная биология.
Проект весеннего семестра:
Genome-wide association search (GWAS) and construction of polygene scales (PRS) for height and weight
Руководитель: Alexander Rakitko (Genotek)

Текущее место работы: Institute of Science and Technology Austria (ISTA)

О себе: Студентка кафедры биохимии биологического факультета МГУ. Научная работа в бакалавриате была посвящена различиям в экспрессии белков гликолиза между Х и Y сперматозоидами быков. В магистратуре планирую заниматься молекулярной иммунологией. Научные интересы: биохимия, иммунология, генетика и генная инженерия. Увлечения: укулеле, фотография, путешествия.
Проект весеннего семестра:
Analysis of differential expression of genes involved in NO-signaling in synucleinopathies
Руководитель: Stanislav Bondarev (Saint-Petersburg State University)

О себе: Выпускница СГУ имени Н. Г. Чернышевского, кафедра физиологии человека и животных. Дипломная работа посвящена изучению активности глутатион-S-трансферазы в эритроцитах самцов крыс в норме и при различных видах стресса. Последующая диссертационная работа была основана на результатах дипломной работы и цель ее состояла в изучении биологической активности лектина ЛII Paenibacillus polymyxa 1460 in vitro и в организме животных: его влияния на некоторые показатели метаболизма и кишечную микрофлору животных в норме и в условиях стресса; оценке токсических, бактерицидных, фунгицидных и ранозаживляющих свойств. Сфера научных интересов: построение молекулярных сигнальных путей, микробиом человека, изучение механизмов боли и старения, канцерогенез.
Проект весеннего семестра:
Potential cancer dependencies in the context of LKB1 loss in non-small cell lung cancer (NSCLC)
Руководитель: Aliaksei Holik (Clarivate)

О себе: Выпускник ТГУ кафедры генетики и клеточной биологии. Научная работа связана с изучением структурной организации хромосом малярийных комаров рода Anopheles.
Проект весеннего семестра:
Correlation between DNA sequence and chromatin structure
Руководитель: Gennadii Zakharov (EPAM)

О себе: Студентка магистратуры International Max Planck Research School в Университете Гёттингена по молекулярной биологии. Работаю в Quantitative and Computational Biology group в MPI-BPC. Пишу тексты на биомедицинские темы, например, для PCR.news.
Проект весеннего семестра:
Borgs - new entities in archaeal genomes?
Руководитель: Mikhail Rayko, Lavrentiy Danilov (Saint-Petersburg State University)

О себе: С 2019 по настоящее время работаю в лаборатории молекулярных биотехнологий ИЦиГ СО РАН, выполняю биоинформатическую обработку данных, анализ метагеномов, метаболических путей.
Проект весеннего семестра:
Generation of possible single-nucleotide variants with a given effect on protein-coding sequence
Руководитель: Yury Barbitoff (Bioinformatics Institute), Mikhail Skoblov (Research Center of Medical Genetics)

О себе: Учусь на 1 курсе магистратуры каф. Зоологии Беспозвоночных МГУ. Текущий проект посвящен изучению челюстного аппарата семейства Lumbrineridae (Annelida, Eunicida).
Проект весеннего семестра:
Transcriptome analysis of Platynereis dumerilii (Nereididae, Annelida) and Pygospio elegans (Spionidae, Annelida) at different stages of anterior and posterior regeneration
Руководитель: Elena Novikova (Zoological Institute of the RAS)

Текущее место работы: BostonGene

О себе: Студент СЗГМУ им. Мечникова. Сотрудник лаборатории молекулярной онкологии НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова. Основные научные интересы -- персонализированная медицина, а так же создание in vitro моделей для оценки индивидуальной чувствительности к химиотерапии.
Проект весеннего семестра:
Domain based burden analysis in PD genes.
Руководитель: Konstantin Senkevich, McGill

О себе: Студентка 4 курса кафедры биоинженерии Биологического факультета МГУ. В настоящее время занимаюсь реконструкцией структуры калиевого канала hERG в закрытом состоянии по данным Cryo-EM. Кроме того, в составе команды iGEM Moscow 2021 работаю над проектом "miPression", который посвящен диагностике депрессии. Научные интересы: структурная биология, синтетическая биология, биоинформатика
Проект весеннего семестра:
Analysis of the effects of combinations of single nucleotide polymorphisms within a single codon
Руководитель: Yury Barbitoff (Bioinformatics Institute), Mikhail Skoblov (Research Center of Medical Genetics)

О себе: Области интереса - иммунометаболизм, математическое и компьютерное моделирование иммунологических процессов. Выполняю научное исследование на базе ЦНИЛ ЮУГМУ, направленное на выявление взаимосвязи метаболических и функциональных особенностей лимфоцитов при различных состояниях.
Проект весеннего семестра:
Studying Salmonella gene expression dynamics in response to novobiocin
Руководитель: Aleksandr Tkachenko (ITMO University)

О себе: Выпускница International Master in Innovative Medicine, Аспирант Шведского Университета Сельскохозяйственных Наук. Работаю над проектом по метагеномике прокариот для изучения антибиотикорезистентности. Кроме биоинформатики имею опыт в image analysis и компьютерном моделировании биологических процессов. Помимо науки люблю путешествовать, играть на гитаре и рисовать акварелью. Имею профессиональное танцевальное образование.
Проект весеннего семестра:
Studying Salmonella gene expression dynamics in response to novobiocin
Руководитель: Aleksandr Tkachenko (ITMO University)

О себе: Магистр 2-ого года обучения кафедры эмбриологии биологического факультета МГУ. Выполняю научную работу на базе ИБР РАН, которая посвящена изучению регуляции имплантации эмбриона в стенку матки, а также особой роли стромальных клеток эндометрия в этом процессе. Параллельно участвую в Гранте РНФ «Субпопуляции стромы эндометрия мыши, их влияние на регенерацию и эпителий стромы эндометрия мыши». Научные интересы: эндокринология, межклеточная сигнализация, клеточные каскады. Увлечения: экономика, гидропоника, горные лыжи, дартс, стратегии.
Проект весеннего семестра:
Developing best practices for semi-automatic single-cell data annotation
Руководитель: Daniil Litvinov, Vasily Tsvetkov (ImmunoMind Inc.)

О себе: Лаборант кафедры гистологии, цитологии и эмбриологии, победитель универсиады «Анатом и я», наличие свидетельства о государственной регистрации программы для ЭВМ, научные интересы: морфология человека, математика, информатика, увлечения: иностранные языки, спорт, саморазвитие.
Проект весеннего семестра:
Structure-based modeling of cysteine and serine disease variants of human proteome
Руководитель: Petr Popov (Skoltech)

О себе: Научный сотрудник компании Биокад. Работа связана с разработкой лекарств на основе моноклональных антител.
Проект весеннего семестра:
Evaluation of the evolutionary conservation of uORFs
Руководители: Yury Barbitoff (Bioinformatics Institute), Mikhail Skoblov (Research Center of Medical Genetics)

О себе: Научные интересы: эпигеномика эукариотических организмов и симбиогенетика. Тема основной научной работы — "Изучение роли фактора сборки и ремоделирования хроматина CHD1 в регуляции экспрессии генов Х-хромосомы самцов Drosophila melanogaster". Увлечения: 2D и 3D дизайн, японский язык.
Проект весеннего семестра:
Role of Drosophila Chromatin Remodeling Factor CHD1 in regulation of gene expression
Руководитель: Alexander Konev (NRC "KI" - PNPI)

О себе: Выпускница кафедры генетики и биотехнологии СПбГУ. В настоящий момент занимаюсь генетической диагностикой в онкогематологии. Сфера научных интересов: молекулярная биология, цитогенетика, биоинформатика, канцерогенез, иммунология. Интересы: французский и португальский языки, бразильские танцы.
Проект весеннего семестра:
Research of signaling pathways and transcriptional factors (TF) activity alteration associated with acute myeloid leukemia (AML)
Руководитель: Eleonora Belykh (BostonGene)

О себе: Интересы: анализ данных NGS, изучение таксономического разнообразия и свойств микробных сообществ морской воды и губок Белого моря, микроскопия.
Проект весеннего семестра:
Metagenomic analysis of diversity and properties of bacterial communities of White Sea sponges
Руководители: Dmitry Sutormin (IGB RAS), Svetlana Dubiley (Skoltech)

Текущее место работы: BostonGene

О себе: Студент химического факультета МГУ. Работа посвящена созданию алгоритма поиска ассоциаций T и B клеточных рецепторов с различными онкологическими заболеваниями. Научные интересы: иммунология, хемоинформатика, машинное обучение. Увлечения: классическая музыка, палеонтология, спорт в различных его проявлениях, путешествия.
Проект весеннего семестра:
Developing best practices for semi-automatic single-cell data annotation
Руководители: Daniil Litvinov, Vasily Tsvetkov (ImmunoMind Inc.)

О себе: Выпускница факультета ветеринарной медицины СПбГУВМ. Научная работа посвящена ветеринарной интерпретации изображений для лучшей постановки диагноза вет. врачом (в частности, интерпретация уровня боли по мимике и позе и дифференциация болезней копытец у коров по фотографиям копытец), создание рекомендательных систем для ветеринарной практики. Научные интересы: ML, support decision systems, animal welfare.
Проект весеннего семестра:
Identification of genetic variants affecting branchpoints within human introns
Руководители: Yury Barbitoff (Bioinformatics Institute), Mikhail Skoblov (Research Center of Medical Genetics)

О себе: Сейчас занимаюсь исследованием протеома мочи человека по данным LC-MS/MS и попытками предсказать свойства белков/пептидов по их последовательности с помощью машинного обучения, в основном используя техники NLP. Выполнил небольшой проект по определению и сравнению коровьих геномов 4-х нозокомиальных патогенов на основе базы данных KEGG. Начинал в биохимии белка, исследовал влияние контекста парного EF-hand мотива на его структурно-функциональные свойства. 3 месяца занимался белковой инженерией в Японии. Интересна эволюционная биология, -омики и машиинное обучение, но пробую и ищу новое. Кроме работы люблю современное искусство, кино, лингвистику и беспорядочное чтение.
Проект весеннего семестра:
Dissecting the role of gene expression variability in complex traits
Руководитель: Yury Barbitoff (Bioinformatics Institute)

О себе: Студент 4 курса ПСПбГМУ им. акад. И.П. Павлова. Научные интересы - молекулярная биология, иммунология, генетика.
Проект весеннего семестра:
Integration of the ADASTRA database as a novel annotator module in the OpenCRAVAT pipeline
Руководитель: Artem Kasyanov (IITP RAS)

О себе: Выполнила ВКР по оценке эволюционного консерватизма амилоидных свойств нуклеопоринов с FG-повторами. В круг интересов входят омиксные науки (протеомика, геномика, транскриптомика), амилоиды, белок-молекулярные взаимодействия (РНК, ДНК, белковые), регуляция экспрессии, биофизика, филогенетика, биологическая статистика и алгоритмы выравниваний. Особенно интересно исследование механики фолдинга и биофизики белка.
Проект весеннего семестра:
Analysis and construction of SARS-CoV-2 neutralizing ligands with extensive Spike binding
Руководители: Olga Lebedenko, Nikolai Skrynnikov (Laboratory of Biomolecular NMR, Saint Petersburg State University)

О себе: Студентка 3-го курса бакалавриата биохимического факультета Рурского Университета Бохум. Работаю при университете преподавателем математики. Научные интересы: молекулярная биология, биохимия, биоинформатика.
Проект весеннего семестра:
Search for homologs of egg-cell specific genes, study of their expression patterns and regulatory elements for the creation of effective constructs for genetic engineering
Руководители: Maria Logacheva (Skolkovo), Artem Kasianov (Institute for Information Transmission Problems RAS)

О себе: Аспирант и сотрудник лаборатории нейрохимии в институте экспериментальной медицины. Изучаю последствия нарушений дофаминергической системы, а именно нокаута гена белка обратного захвата дофамина DAT, на модельных организмах (крысы)
Проект весеннего семестра:
Benchmark creation for drug-target interaction (DTI) prediction task
Руководитель: Ellen Kartysheva (JetBrains Research)

О себе: Аспирант. В настоящее время занимаюсь изучением последствий полногеномных дупликаций у позвоночных животных. Также, продолжаю исследования в области эволюции бактериальных вирусов или "тёмной материи" биосферы. Люблю научные турниры.
Проект весеннего семестра:
Integration of the ADASTRA database as a novel annotator module in the OpenCRAVAT pipeline
Руководитель: Artem Kasyanov (IITP RAS)

Текущее место работы: AstraZeneca

О себе: Сотрудница и выпускница Сколтеха (PhD, 2020). Занимается изучением молекулярных механизмов адаптации в системах CRISPR-Cas с применением методов NGS (секвенирование ампликонов CRISPR-кассет.
Проект весеннего семестра:
Analysis of RecQ involvement in primed adaptation in the type I-E CRISPR-Cas system of Escherichia coli
Руководитель: Konstantin Severinov (Skoltech)

О себе: Студент 3 курса факультета компьютерных наук НИУ ВШЭ. Стажёр-исследователь научно-учебной лаборатории моделирования и управления сложными системами НИУ ВШЭ. Научные интересы: биоинформатика, математическое моделирование, теория игр.
Проект весеннего семестра:
"Split" repeat resolution for long reads
Руководитель: Dmitry Antipov (Center for bioinformatics and algorithmic biotechnology, SPbSU)

О себе: Сейчас работаю в лаборатории генно-клеточной инженерии Института Молекулярной Биологии и Генетики (НМИЦ Алмазова) над фенотипированием внеклеточных везикул различного происхождения, а также в институте SCAMT (ИТМО) над поиском и характеристикой тандемных и интервальных повторов, связанных в том числе и с CRISPR-Cas системой, в геномах бактерий. Сфера интересов - машинное обучение, автоматизация процессов. Без ума от плавания, алгоритмов и возможности развиваться.
Проект весеннего семестра:
Clustering Hi-C contact graphs using Graph Neural Networks
Руководители: Ivan Tolstoganov, Anton Korobeynikov (Center for Bioinformatics and Algorithmic Biotechnology, SPbSU)

О себе: Студентка ФБМФ МФТИ, работаю в ИБХ. Научные интересы: молекулярное моделирование.
Проект весеннего семестра:
Identification of genetic variants affecting branchpoints within human introns
Руководители: Yury Barbitoff (Bioinformatics Institute), Mikhail Skoblov (Research Center of Medical Genetics)

О себе: Студентка 3 курса факультета Робототехники и комплексной автоматизации МГТУ им. Н.Э.Баумана, кафедры "Системы автоматизированного проектирования". Научные интересы: молекулярная и вычислительная биология, генетика, теория вероятностей, статистика, классическое машинное обучение и глубокое обучение, теория сложности вычислений.
Проект весеннего семестра:
Application of machine learning methods to approximate demographic history parameters from allele frequency spectrum
Руководитель: Ekaterina Noskova (ITMO)

О себе: Закончила МФТИ с красным дипломом, факультет инноваций и высоких технологий (бакалавриат - кафедра анализа данных, магистратура - кафедра дискретной математики). Преподает в МФТИ спецкурс по математической статистике, анализу данных и машинному обучению для студентов физического и биологического профилей; теорию вероятностей; математическую статистику. Научная работа лежит в области случайных графов. Интересы: иммунология, вирусология, онкология, анализ данных в биологии.
Проект весеннего семестра:
Studying complex structural variations in cancer using long reads
Руководитель: Mikhail Kolmogorov (NIH / NCI)

О себе: Студент 1-го курса корпоративной магистратуры Jetbrains ИТМО. Стажер в лаборатории ЦАБ СПбГУ, занимаюсь различными задачами, посвященными сборке генома. Научные интересы: дискретный анализ и теория вероятностей, машинное обучение, молекулярная биология.
Проект весеннего семестра:
Correlation between DNA sequence and chromatin structure
Руководитель: Gennadii Zakharov (EPAM Systems)

О себе: NLP engineer в BostonGene, участвую в проекте создания базы данных РНК-хроматиновых взаимодействий под руководством Миронова А.А. Интересуюсь ML, математикой, биологией. В свободное время хожу под парусом, катаюсь на лыжах, читаю фантастику.
Проект весеннего семестра:
Integration of the ADASTRA database as a novel annotator module in the OpenCRAVAT pipeline
Руководитель: Artem Kasyanov (IITP RAS)

О себе: Выпускница факультета «Биомедицинская техника» МГТУ им. Н.Э. Баумана. Сейчас обучаюсь на магистерской программе "Анализ данных в биологии и медицине" в НИУ ВШЭ. Интересует поиск генетических и эпигенетических маркеров заболеваний, персонализированный подход к лечению опухолей.
Проект весеннего семестра:
Research of signaling pathways and transcriptional factors (TF) activity alteration associated with acute myeloid leukemia (AML)
Руководитель: Eleonora Belykh (BostonGene)

О себе: Закончила бакалавриат Университета ИТМО кафедры систем управления и робототехники. Работала в нескольких научных проектах. Написала дипломную работу по моделированию сигналов мозга, хочу продолжить изучение биологических и, в частности, мозговых процессов и спасти человечество!
Проект весеннего семестра:
Search for human proteins capable to co-aggregate with SARS-CoV-2 proteins
Руководитель: Stanislav Bondarev (SPbSU)

О себе: Студентка третьего курса математического факультета НИУ ВШЭ. Преподаю олимпиадную математику школьникам.
Проект весеннего семестра:
Determining the effectiveness of momi2 for inferring demographic history in GADMA
Руководитель: Ekaterina Noskova (ITMO)

О себе: Студент 4-го курса СПбГУ, направление "Математика и компьютерные науки". Сфера интересов - теория вероятностей.
Проект весеннего семестра:
A transcriptome assembly from fragments of the annelids Pygospio elegans (Spionidae, Annelida) and Arenicola marina (Arenicolidae, Annelida)
Руководитель: Elena Novikova (Zoological Institute of the RAS)

О себе: Выпускник математико-механического факультета СПбГУ по направлению "Прикладная математика и информатика", кафедра статистического моделирования. Тема ВКР: Применение локальных модификаций метода анализа сингулярного спектра.
Проект весеннего семестра:
Предсказание структуры вариабельных участков антител
Руководитель: Наталья Зенкова (JetBrains Research)

О себе: Студент СибГМУ по специальности «Медицинская кибернетика». Текущий научный проект — «Реконструкция мутационных процессов у эмбрионов человека на преимплантационном этапе развития на основе цифрового кариотипирования единичных клеток бластоцист». Научные интересы: транскриптомика одиночных клеток, предсказание функции генов, математические методы в биологии и медицине. Увлечения: программирование, общение с людьми, путешествия.
Проект весеннего семестра:
Developing best practices for semi-automatic single-cell data annotation
Руководители: Daniil Litvinov, Vasily Tsvetkov (ImmunoMind Inc.)