Текущее место работы: JetBrains

Учился в гимназии №9 г. Екатеринбурга. Высшее образование получил на биологическом отделении факультета естественных наук Новосибирского государственного университета (кафедра молекулярной биологии). В настоящее время работает над созданием комплексных диагностических решений, основанных на технологиях NGS, в компании Parseq Lab. Предыдущая деятельность связана с разработкой методов определения активности ферментов нуклеинового обмена, оптимизацией количественной ПЦР, автоматизацией лабораторных процессов и разработкой тест-систем для диагностики гемотрансмиссивных инфекций. Руководит группой биоинформатики в компании Parseq Lab.

Проект осеннего семестра:
CpG islands
Руководители - Николай Вяххи (Stepik)

Проект весеннего семестра:
Deep learning approach in genomics
Руководитель - Son K. Pham (UCSD)

Во время учёбы в СПбГУ специализировалась в области паразитологии на кафедре зоологии беспозвоночных. После получения степени магистра в 2012 году осталась работать на кафедре; с сентября 2013 года также является её аспиранткой. Научные интересы связаны с экологическими аспектами паразитологии, конкретные проекты -- с изучением реализации жизненных циклов трематод (паразитических плоских червей) в условиях экосистем морского побережья,а также вопросов филогении и систематики. Второе направление работы связано с определением молекулярных механизмов регуляции сложных жизненных циклов трематод с использованием NGS-данных. Проходила стажировки в Университете Отаго (Новая Зеландия) и Университете Реймса (Франция), выступала на всероссийских и международных конференциях. Администратор проекта "Биосеминары" -- приглашённых лекций по биологии в СПбГУ. Самое приятное в исследовательской деятельности -- сочетание работы в поле, в лаборатории и за компьютером. Помимо науки любит путешествия и иностранные языки (английский, немецкий); в 2013 году окончила музыкальную школу по классу фортепиано. Спортивные увлечения -- плавание, велосипед, мечты о беговых лыжах. Главное в жизни -- неравнодушие, и ещё всегда учиться.

Проект осеннего семестра:
Aurelia aurita: поиск новых генов
Руководители - Павлел Добрынин (Центр геномной биоинформатики им. Т. Г. Добржанского)

Проект весеннего семестра:
Поиск SNP штаммов Mycobacterium tuberculosis, распространенных в различных регионах мира
Руководитель - Екатерина Черняева (Мираторг Генетика)

Текущее место работы: Caribbean Genome Center, University of Puerto Rico at Mayaguez

Закончил Санкт-Петербургскую Классическую гимназию №610, затем получил образование в Химико-Фармацевтической академии. Параллельно с обучением в Институте биоинформатики работал в компании iBinom, затем в Центре геномной биоинформатики им. Ф.Г. Добржанского. После окончания Института продолжил работать в нем в роли куратора и занимался онлайн-курсами Института на платформе Stepik. Основные научные интересы -- сборка и аннотация геномов, сравнительная геномика, эпигенетика. На данный момент работает в Карибском геномном центре и иногда играет музыку.

Проект осеннего семестра:
The "Mother-Fetus" Project
Руководители - Anton Afanasiev (iBinom)

Проект весеннего семестра:
Поиск корреляции между метилированием и социальным статусом в геноме человека
Руководители - Алексей Комиссаров, Павел Добрынин (Центр геномной биоинформатики им. Т. Г. Добржанского)

Летняя стажировка:
Search for correlation of socioeconomic status and methylation profiles
Руководитель - Павел Добрынин (Центр геномной биоинформатики им. Т. Г. Добржанского)

Студент кафедры генетики Биолого-почвенного факультета СПбГУ. Лаборант-исследователь той же кафедры. Текущий научный проект: "Механизмы специализации транспортных рецепторов мРНК (NXF – nuclear export factor) у D.melanogaster". Научные интересы: геномика, филогенетика, эволюция генных семейств, генетика старения.

Проект осеннего семестра:
Практические занятия по пробоподготовке, секвенированию и первичному анализу данных NGS с последующим анализом рисков при их использовании в клинической генодиагностике
Руководители - Александр Павлов (Sequoia genetics)

Проект весеннего семестра:
Естественный отбор и нейтральная эволюция в митохондриальной ДНК различных групп животных
Руководитель - Андрей Юрченко (Центр геномной биоинформатики им. Т. Г. Добржанского)

Летняя стажировка:
Идентификация мутации csa у дрожжей Saccharomyces cerevisiae, необходимой для фенотипического проявления приона [NSI+] на основе имеющихся данных геномного секвенирования
Руководители - Рубель Александр, Сайфитдинова Алсу (СПбГУ)

Студентка Биолого-почвенного факультета СПбГУ, кафедры генетики и биотехнологии. Работает в Центре геномной биоинформатики им. Ф.Г. Добржанского, где под руководством Стивена Джеймса О'Брайена и Тараса Олексика в сотрудничестве с Университетом Пуэрто-Рико (PR, USA) занимается исследованиями в области сравнительной геномики карибских попугаев рода Amazona. Проект является частью глобального проекта по секвенированию и аннотации 10000 геномов позвоночных животных Genome 10K, запущенного несколько лет назад в США. Основная идея и общая цель -- получение и детальный анализ геномных данных для сохранения исчезающих видов. Кроме биологии, биохимии и биоинформатики очень интересуется иностранными языками, владеет английским, немецким и французским.

Проект осеннего семестра:
Dragonfly genome project
Руководители - Владимир Суворов (Центр геномной биоинформатики им. Т. Г. Добржанского)

Проект весеннего семестра:
Cuban-Amazon genome annota/on
Руководитель - Павел Добрынин (Центр геномной биоинформатики им. Т. Г. Добржанского)

Летняя стажировка:
Comparative Genomics of Caribbean Parrots Amazona sp.
Руководители - Павел Добрынин (Центр геномной биоинформатики им. Т. Г. Добржанского)

Текущее место работы: Mars Auto

Закончил бакалавриат биофака СПбГУ в 2013 году, кафедра цитологии и гистологии. С 2014 года учится в бакалавриате в Корейском ведущем научно-техническом институте (KAIST), Южная Корея, кафедра математических наук.

Профессиональный опыт:

• Лето 2012: Laboratory of Molecular and Cellular Biology of Alzheimer's Disease, Brain Mind Institute, EPFL, Швейцария;
• 2012-2013: Лаборатория ионных каналов клеточных мембран, Институт Цитологии РАН;
• Лето 2014: Division of Theoretical Bioinformatics, German Cancer Research Center, Германия.

Научные интересы: внутриклеточная сигнализация, биоинформатика, искусственный интеллект.

Проект осеннего семестра:
ROSALIND Quest
Руководитель - Михаил Райко (Центр геномной биоинформатики им. Т. Г. Добржанского)

Проект весеннего семестра:
Сборка района центромер
Руководитель - Алексей Комиссаров (Центр геномной биоинформатики им. Т. Г. Добржанского)

В 2013 году окончила магистратуру кафедры молекулярной биотехнологии СПбГТИ(ТУ), затем год училась в аспирантуре ГНУ ВИЗР Россельхозакадемии (специальность защита растений), работала в лаборатории микологии и фитопатологии. В настоящее время является научным сотрудником компании Parseq Lab, где активно применяет знания и навыки, полученные в результате обучения в Институте биоинформатики. Кроме того, Надежда интересуется физической химией, IT, научной журналистикой. В свободное время любит читать, ходить в походы, заниматься спортом (основной спорт - гребля, в 2013 году Надежда получила звание мастера спорта по морскому многоборью), мастерить что-либо своими руками.

Проект осеннего семестра:
Dragonfly genome project
Руководители - Владимир Суворов (Центр геномной биоинформатики им. Т. Г. Добржанского)

Проект весеннего семестра:
Assembly of МНС region of cheetah
Руководитель - Павел Добрынин (Центр геномной биоинформатики им. Т. Г. Добржанского)

Летняя стажировка:
Strategies for the Development of Panels of Genetic Markers for Human Identification
Руководители - Александр Павлов, Антон Брагин (Parseq Lab)

Текущее место работы: Tufts University

В 2008-м году окончила бакалавриат, в 2010-м году — магистратуру, а в 2013-м — аспирантуру на кафедре генетики и биотехнологии Санкт-Петербургского государственного университета. На настоящий момент работает инженером-исследователем на этой же кафедре. В январе 2015-го года планирует защищать кандидатскую диссертацию. Лаборатория физиологической генетики, в которой специализируется Элина, занимается исследованиями прионных заболеваний и процесса терминации трансляции на модельном объекте дрожжах Saccharomyces cerevisiae. Элина участвует в российских и международных конференциях и школах, является руководителем и исполнителем различных грантов. На данный момент у неё 5 опубликованных статей. По окончании Института биоинформатики продолжает развиваться в этой области, выполняя проект по секвенированию, сборке и аннотации дрожжей Петергофских генетических линий. Кроме этого, руководит журнальным клубом в Институте биоинформатики. Помимо науки, она занимается спортом и туризмом (спелеологией и скалолазанием), интересуется музыкой, книгами и всегда рада познать что-то новое и познакомиться с интересными людьми.

Проект осеннего семестра:
Сборка геномов различных штаммов дрожжей
Руководитель - Павел Добрынин (Центр геномной биоинформатики им. Т. Г. Добржанского)

Проект весеннего семестра:
Скаффолдинг бактериальных контигов с использованием нескольких референсов и дерева
Руководитель - Михаил Райко (Центр геномной биоинформатики им. Т. Г. Добржанского)

Летняя стажировка:
Секвенирование, сборка и аннотация SNP у штаммов Saccharomyces cerevisiae Петергофской Генетической Коллекции
Руководитель - Павел Добрынин (Центр геномной биоинформатики им. Т. Г. Добржанского)

Текущее место работы: Symphogen

В 2014 году закончила обучение в бакалавриате биологического факультета Санкт-Петербургского государственного университета на кафедре цитологии и гистологии, в 2016 году окончила магистратуру биологического факультета СПбГУ по программе «Биохимия и молекулярная биология». Бакалаврская и магистерская работа были выполнены в лаборатории иммунофармакологии НИИ Особо чистых биопрепаратов, исследования которой направлены на разработку и получение рекомбинантных цитокинов и антител, изучение их биологических свойств и возможности терапевтического применения (темы выполненных работ: "Получение и изучение биологической активности химерных молекул IFNα2b-Fc" и "Изучение гликозилирования рекомбинантного интерлейкина-7 человека"). С сентября 2016 года является PhD-студентом программы Copenhagen Bioscience PhD programme в Novo Nordisk Foundation Center for Biosustainability Датского технического университета.

Проект осеннего семестра:
Assessment of poly-guanine tracts content in Mus musculus genome
Руководитель - Павел Добрынин (Центр геномной биоинформатики им. Т. Г. Добржанского)

Проект весеннего семестра:
Molecular aspects of drug development
Руководитель - Елена Федорова (Санкт-Петербургская государственная химико-фармацевтическая академия)

Летняя стажировка:
Поиск иммуногенных фрагментов на белках
Руководитель - Павел Яковлев (BIOCAD)

Текущее место работы: Университет ИТМО

Обучается в аспирантуре кафедры генетики и биотехнологии Санкт-Петербургского государственного университета (СПбГУ), ведет "Журнальный клуб" в Институте биоинформатики с 2014 года. В 2014 году окончил магистратуру биолого-почвенного факультета СПбГУ. Начиная с бакалавриата, работает на кафедре генетики и биотехнологии в Лаборатории генной и клеточной инженерии растений над проектом по получению растений-продуцентов гамма-интерферона. Научные интересы: генетика развития растений, генная инженерия, молекулярное клонирование, филогенетика, иммунология, биостатистика. Кроме того, играет в спортивный "Что? Где? Когда?", изучает испанский и немецкий.

Проект осеннего семестра:
Аннотация SNP в экзомах пациентов с CML
Руководитель - Анна Горбунова (Центр геномной биоинформатики им. Т. Г. Добржанского)

Проект весеннего семестра:
Связь последовательностей с отклонениями в частотах аминокислот с белок-белковыми взаимодействиями
Руководители - Антон Нижников, Кирилл Антонец (СПбГУ)

Работает в Федеральном медицинском исследовательском центре им. В. А. Алмазова и учится в аспирантуре Института цитологии. Область научных интересов -- моделирование заболеваний человека при помощи пациент-специфичных индуцированных плюрипотентных стволовых клеток. Стажировался в университете г. Гёттингена (Германия) и университете г. Тампере (Финляндия). Занимается альпинизмом и скалолазанием.

Проект осеннего семестра:
Gene Expression Profiling of Colon Cancer Metastatic Cells by RNA-Sequencing
Руководитель - Ольга Баженова (Центр геномной биоинформатики им. Т. Г. Добржанского)

Проект весеннего семестра:
Virtual target screening for KY0211 inhibitor
Руководитель - Елена Фёдорова (Санкт-Петербургская государственная химико-фармацевтическая академия)

Текущее место работы: UT Southwestern Medical Center

Выпускник магистратуры СПб НИУ АУ по направлению "Алгоритмическая биоинформатика" и Института биоинформатики 2015 года. Ранее получил степень бакалавра в НИУ ИТМО по специальности "Прикладная математика и информатика" (кафедра Компьютерные Технологии), а также окончил Computer Science Center по направлению "Современная информатика". На данный момент получает степень PhD по математике в The George Washington University и занимает позицию научного сотрудника в Computional Biology Institute под руководством Максима Алексеева. Научные интересы в биоинформатике связаны со сравнительной геномикой, геномными перестройками и сборкой генома.

Проект осеннего семестра:
MGRA 2.0
Руководитель - Максим Алексеев (The George Washington University)

Проект весеннего семестра:
Ragout
Руководитель - Михаил Колмогоров (СПбАУ РАН)

Летняя стажировка:
MGRA 2.0
Руководитель - Максим Алексеев (The George Washington University)

Учится на 4 курсе бакалавриата Мат-Меха СПбГУ на кафедре Информационно-Аналитических систем, где пишет дипломную работу об обработке данных метагеномного секвенирования (в сотрудничестве с Лабораторией Алгоритмической Биоинформатики СПбАУ). Научные интересы: применение Data Mining в биоинформатике. Любит фотографию и живопись, путешествия, бег на длинные дистанции.

Проект осеннего семестра:
Gene Expression Profiling of Colon Cancer Metastatic Cells by RNA-Sequencing
Руководитель - Ольга Баженова (СПбГУ)

Проект весеннего семестра:
Immunoglobulin folding
Руководитель - Павел Яковлев (BIOICAD)

Летняя стажировка:
Mini-metagenomes assembled by SPAdes
Руководитель - Антон Коробейников (ЦАБ СПбГУ)

Проект осеннего семестра:
MultiBioNet. Link prediction in multilayered biological networks
Руководитель - Елена Сюгис (University of Tartu)

Текущее место работы: Sameday Health

Окончил специалитет СПб НИУ ИТМО по направлению «специалист в информационных системах» и магистратуру СПб АУ НОЦНТ РАН по направлению «Алгоритмы и анализ данных в биоинформатике». Работал в ЗАО «Транзас Морские технологии» младшим инженером программистом и в ЗАО «Биокад» специалистом по анализу данных. Сейчас работает в JetBrains, Inc. инженером программистом. Интересуется программированием на Python.

Проект осеннего семестра:
Rosalind Armory
Руководители - Михаил Райко (ЦАБ СПбГУ), Николай Вяххи (Stepic)

Проект весеннего семестра:
Скаффолдинг контигов с использованием генов
Руководитель - Павел Добрынин (Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г. Добржанского)

Летняя стажировка:
Автоматизация подготовки гомологического фолдинга
Руководитель - Павел Яковлев (BIOCAD)

Елена заканчивает магистратуру Физического факультета СПбГУ на кафедре вычислительной физики. Летом 2014 года проходила стажировку в Лаборатории алгоритмической биологии, где сейчас работает над проектом "rnaQUAST: Quality Assessment Tool for Transcriptome Assemblies". Научные интересы: Bioinformatics Algorithms, Transcriptomics, Numerical Methods, Methods of Computer Modeling. Рисует, увлекается театром и кино, любит путешествовать и волейбол. Целью являются продолжение образования и научная деятельность в сфере физики и биоинформатики.

Проект осеннего семестра:
Processing data of BLAST, clustering and ordering
Руководитель - Павел Добрынин (Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г. Добржанского)

Проект весеннего семестра:
Оценка качества транскриптомных сборок
Руководитель - Андрей Пржибельский (ЦАБ СПбГУ)

Летняя стажировка:
rnaQUAST: quality assessment tool for transcriptome assemblies
Руководитель - Андрей Пржибельский (ЦАБ СПбГУ)

Закончил Уральский Федеральный Университет имени первого Президента России Б. Н. Ельцина по специальности "информатика и вычислительная техника", кафедра - информационных технологий. Сейчас учится в магистратуре СПбАУ РАН. Интерсуется инновациями в различных сферах.

Проект осеннего семестра:
CpG Islands
Руководитель - Вяххи Николай (Stepic)

Проект весеннего семестра:
VCF file storage
Руководитель - Михеев Максим (Biodatomics)

Летняя стажировка:
Использование графов для работы с VCF-файлами
Руководитель - Михеев Максим (Biodatomics)

Текущее место работы: Tuebingen Universitaet Klinikum

Окончил специалитет мехмата МГУ имени М.В. Ломоносова, поступил в магистратуру СПб АУ НОЦНТ РАН, на кафедру математических и информационных технологий, специализацию "Алгоритмы и анализ данных в биоинформатике". Работал учебным мастером на кафедре английского языка мехмата МГУ и биоинформатиком в компании Parseq Lab. Увлекается эволюцией в общем и антропогенезом в частности, поведением животных, эпигенетикой, считает, что на социологических и психологических факультетах по всей стране должны читать обязательный двухгодичный курс по этологии. Всегда готов пообщаться на темы смешных исследований в биологии и этологии.

Проект осеннего семестра:
Search of large-scale deletions in target-sequenced NGS data
Руководитель - Антон Брагин (JetBrains Inc.)

Проект весеннего семестра:
Working with synteny blocks of different resolution
Руководитель - Максим Алексеев (University of South Carolina)

Летняя стажировка:
Статистический подход для детекции CNV в данных NGS полученных с использованием мультиплексной ПЦР
Руководитель - Антон Брагин (JetBrains Inc.)

Текущее место работы: Google Inc.

Студентка 1ого курса магистратуры Санкт-Петербургского Академического университета (кафедра математических и информационных технологий, специализация алгоритмы и анализ данных в биоинформатике (algorithmic bioinformatics)). Параллельно с этим, Анна продолжает обучение по специальности "физика" в магистратуре Санкт-Петербургского государственного Политехнического университета (институт физики, нанотехнологий и телекоммуникаций, отделение физики и нанотехнологий, кафедра "космические исследования"), где в 2013 защитила бакалаврскую диссертацию по теме "длительные периоды аномальной активности Солнца". Так же, в 2013 году Анна закончила Computer Science Center по направлению software engineering. Кроме этого, Анна училась на программе Game|Changers (основной и биотехнологический треки). В 2009 году Анна закончила лицей "Физико-техническая школа", а в 2007 году художественное отделение ДШИ им. Свиридова. Помимо учебных проектов, Анна работала в различных компаниях, таких как Yota (тестирование сервиса yota play), JetBrains и Nokia Siemens Networks (разработка симулятора LTE сети). Кроме профессиональной деятельности, Анна имеет опыт работы вожатой в детских лагерях и увлекается фотографией, преподавая ее в компании Юниум.

Проект осеннего семестра:
К-меры в геноме одного вида секвенирванного разными платформами (мышь / дрожжи)
Руководители - Павел Добрынин, Алексей Комиссаров (Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского)

Проект весеннего семестра:
Misassemblies detection without reference
Руководитель - Алексей Гуревич (ЦАБ СПбГУ)

Летняя стажировка:
Assembly improvement: based on Ragout approach
Руководитель - Son Pham (SALK)

Окончила специалитет Северного (Арктического) Федерального университета по специальности "Прикладная математика". После окончания принимала участие в разработке систем автоматизации бизнес-процессов для муниципальных и коммерческих организаций региона в ООО "Центр инноваций", г. Архангельск. Выпускница магистратуры Санкт-Петербургского Академического университета по направлению "Алгоритмы и анализ данных в биоинформатике".

Проект осеннего семестра:
Обработка данных секвенирования Sanger
Руководители - Александр Карабельский, Павел Яковлев (BIOCAD)

Проект весеннего семестра:
Assembly scaling bottlenecks
Руководитель - Сергей Нурк (ЦАБ СПбГУ)

Текущее место работы: Weill Cornell Medical College

Магистрант СПбАУ, Биоинформатика. Закончил специалитет Дальневосточного Государственного Университета Путей Сообщения по специальности комплексное обеспечение информационной безопасности. Успешно выступал в большом количестве олимпиад по математике, программированию и сетевым технологиям.

Проект осеннего семестра:
Обработка данных секвенирования Sanger
Руководители - Александр Карабельский, Павел Яковлев (BIOCAD)

Проект весеннего семестра:
Repeat classification in mammalian genomes
Руководитель - Son Pham (SALK)

Окончил специалитет Московского авиационного института, кафедру вычислительной математики и программирования факультета прикладной математики и физики. Работал программистом в Государственном институте информационных технологий и телекоммуникаций (ФГАУ ГНИИ ИТТ "Информика", Москва) и компании "Мелфон" (Москва). Занимался разработкой систем поддержки дистанционного обучения. Работал преподавателем и программистом в Московском институте электроники и математики НИУ ВШЭ (Москва). В настоящее время – студент 1 курса магистратуры СПбАУ НОЦНТ РАН (программа "Алгоритмы и анализ данных в биоинформатике" кафедры математических и информационных технологий), занят в научном проекте "Изучение перестроек в геноме Mycobacterium tuberculosis". Научные интересы: биоинформатика, молекулярная биология, микология, теория сложности вычислений и анализ алгоритмов. Увлекается искусством и литературой, ирландскими танцами, а также всем, что связано со свободным программным обеспечением и общественной самоорганизацией.

Проект осеннего семестра:
Study of structural variations in Mycobacterium tuberculosis genome
Руководители - Екатерина Черняева (Мираторг Генетика)

Проект весеннего семестра:
Haplotype assembly in dipSPAdes
Руководитель - Яна Сафонова (UCSD)

Летняя стажировка:
Scaffolding and optical map assembly: testing and adaptation of existing software
Руководитель - Алексей Комиссаров (Центр геномной биоинформатики ми. Ф.Г. Добржанского)

Текущее место работы: Wayfair

Олег окончил магистратуру СПбАУ по направлению "Алгоритмическая биоинформатика" в 2015 году (ранее МГТУ им. Баумана по специальности "Программное обеспечение"). Сейчас работает в компании KNIME.com, разрабатывая платформу для промышленного анализа данных и data mining. Участвует в совместных проектах с биоинформатическими группами по внедрению их приложений в KNIME (в частности, SeqAn группы Кнута Райнерта). Занимается подготовкой учебных материалов для начинающих пользователей. И по мере возможностей помогает биоинформатикам в освоении этой платформы. В свободное время изучает немецкий язык, увлекается музыкой и путешествует.

Проект осеннего семестра:
Hierarchical clustering of NGS data
Руководители - Александр Карабельский, Павел Яковлев (BIOCAD)

Проект весеннего семестра:
Repeat classification in mammalian genomes
Руководитель - Son Pham (SALK)

Летняя стажировка:
Strategies of the development of panels of genetic markers for human identification
Руководитель - Антон Брагин (JetBrains Inc.)