Все выпускники этого направления прослушали курсы:
  • Дискретная математика
  • Статистика и анализ данных в R
  • Основы работы в Linux
  • Программирование на Python
  • Введение в машинное обучение
  • Практикум по анализу данных NGS
Также во время обучения им были доступны предметы по выбору:
  • Молекулярная филогенетика
  • Молекулярная эволюция
  • Алгоритмы в биоинформатике

Обучение в 2023-2024 годах проходило в онлайн формате.

Обязательной частью обучения было выполнение научно-исследовательского проекта в весеннем семестре.

Бабаева Мария
МГУ им. М.В. Ломоносова
Студентка 4го курса Биотехнологического факультета МГУ. На данный момент интересуюсь молекулярной онкологией, метагеномикой и машинным обучением. В свободное время преподаю английский язык и готовлюсь пробежать Лондонский марафон.

Проект: Разработка алгоритма для детекции положительного и отрицательного обогащения генов в рандомизированных библиотеках ДНК
Руководители: Оксана Катовская, Артем Исаев
____________________________________________________________________________________________________________________

Багрова Ольга
НИЦЭМ им.Н.Ф.Гамалеи
МГУ им.М.В.Ломоносова
Выпускница кафедры биофизики физфака МГУ. В бакалавриате и магистратуре занималась изучением взаимосвязи структуры и функции белков, а также физическими основами функционирования полипептидов. Выполняю биоинформатические задачки и пишу программы для вирусологов в НИЦЭМ Гамалеи. Научные интересы: биофизика, биоинформатика, математическое моделирование, эволюция. Хобби: спорт, рукоделие

Проект: Изучение популяционных частот аллелей Т-клеточных рецепторов (TCR) с использованием технологии секвенирования иммунного репертуара
Руководители: Михаил Шугай, Елизавета Власова
____________________________________________________________________________________________________________________

Бадмадашиев Доржи
МГУ имени М.В. Ломоносова
Исследование прокариотных сообществ донных отложений Кандалакшского залива Белого моря, для чего были использованы данные NGS гипервариабельного участка гена 16S рРНК.

Проект: След ВИЧ: поиск косвенных признаков ВИЧ-инфекции во внеклеточных образцах ДНК
Руководители: Алиса Моршнева, Полина Козюлина
____________________________________________________________________________________________________________________

Беликова Ангелина
ФГБОУ ВО "СПбГУВМ"
Выпускница факультета ветеринарной медицины СПбГУВМ. В данный момент прохожу аспирантуру по специальности "Разведение, селекция, генетика и биотехнология животных". Текущая научная работа посвящена поиску генетических ассоциаций с заболеваниями незаразной этиологии у крупного рогатого скота.

Проект: Анализ распределения транскриптов гомеозисных генов в интактных кольчатых червях Pygospio elegans (Spionidae), Platynereis dumerilii (Nereididae) и Arenicola marina (Arenicolidae)
Руководитель: Максим Нестеренко, Елена Новикова
____________________________________________________________________________________________________________________

Бескровная Маргарита
МГУ имени М.В. Ломоносова
Магистр 2 года биологического факультета МГУ, занимаюсь изучением семейства прокариотических белков-аргонавтов. Научные интересы: защитные системы, молекулярная генетика прокариот.

Проект: Поиск новых BREX-ассоциированных иммунных систем с комплементарным механизмом действия на основе подхода сравнительной геномики
Руководитель: Оксана Котовская
____________________________________________________________________________________________________________________

Бобков Глеб
ИТМО (SCAMT)
Занимаюсь созданием диагностических тест-систем.

Проект: Исследование немонотонных изменений старения на основе мультиомиксных данных
Руководитель: А. Алексеев
____________________________________________________________________________________________________________________

Бредов Денис
МГУ им. М. В. Ломоносова
Кафедра эмбриологии биологического факультета
Кандидат биологических наук по специальности "Биология развития, эмбриология", в рамках кандидатской диссертации изучал механозависимые перегруппировки клеток на модели раннего развития X. laevis. После защиты изменил тему и сейчас переключился на исследование молекулярных механизмов, обеспечивающих разметку осей тела животных. Первый этап нашего проекта посвящен изучению роли сигнального каскада Wnt в регуляции архитектуры сложной колонии гидроидных полипов.

Проект: Скрининг мишеней канонического каскада Wnt, регулирующих формирование оси тела Dynamena pumilla, с применением дифференциального анализа экспрессии генов
Руководитель: Станислав Кремнев
____________________________________________________________________________________________________________________

Ваганова Полина
СПбГУ
Мои научные интересы включают применение методов компьютерного моделирования к изучению структурно-динамических свойств биологических макромолекул (белков, ДНК). На данный момент развиваю выпускной проект, посвященный de novo конструированию малых белковых лигандов, нейтрализующих заданную терапевтическую мишень.

Проект: Использование МД моделирования и данных кристаллографии для реконструкции подвижных петель белковых молекул
Руководители: Ольга Лебеденко, Николай Скрынников
____________________________________________________________________________________________________________________

Васильев Артем
СПбГУ
Выпускник бакалавриата кафедры генетики и биотехнологии биологического факультета СПбГУ. На данный момент студент 1-го курса магистратуры того же вуза по направлению "Биоинформатика". Научная работа посвящена анализу эволюции последовательностей гена Nxf1 у животных. Интересуюсь программированием и видеоиграми.

Проект: Разработка подхода для аннотации оперонов
Руководители: Никита Ваулин, Оксана Котовская, Надежда Павлова
____________________________________________________________________________________________________________________

Виноградова София
МФТИ
Прикладной математик и физик, занимающийся биологией. Изучаю фундаментальные молекулярные механизмы работы CRISPR-Cas систем с помощью NGS в Институте молекулярной генетики. В частности, исследую роль клеточных нуклеаз в формировании концов преспейсеров в ходе CRISPR-адаптации. Люблю русский рок.

Проект: Изучение популяционных частот аллелей Т-клеточных рецепторов (TCR) с использованием технологии секвенирования иммунного репертуара
Руководители: Михаил Шугай, Елизавета Власова
____________________________________________________________________________________________________________________

Волкова Юлия
МГУ им. М.В. Ломоносова
Университет Цюриха
Выпускница биологического факультета МГУ им. М.В. Ломоносова кафедры физиологии человека и животных. Два года работала в лаборатории Genetico, занималась разработкой тест-систем для преимплантационного генетического тестирования моногенных заболеваний. Сейчас аспирант института физиологии в Цюрихском университете. Занимаюсь изучением альтернативных клеточных механизмов ответа на гипоксию.

Проект: Идентификация новых генов драйверов рака и связанных с ними клеточных путей в участках генома с высоким уровнем амплификации
Руководители: Андрей Юрченко
____________________________________________________________________________________________________________________

Горбаренко Анастасия
ФГБУ Российский научный центр рентгенорадиологии Минздрава России
Выпускница МГУ, сейчас занимаюсь поиском saRNA для хемокиновых рецепторов и анализом NGS данных злокачественных опухолей. Параллельно анализирую данные, полученные методом масс-спектрометрии. Раньше занималась изучением митохондриальной креатинкиназы. Научные интересы: эпигенетика, транскриптомика, анализ данных, ML и структурная биоинформатика :) Конечно тут не обойтись без биостатистики и стандартизации биологических экспериментов! Интересующие области изучения - старение, рак Хобби: общение с людьми, путешествия и языки, животные, настолки, книги, танцы.

Проект: Исследование немонотонных изменений старения на основе мультиомиксных данных
Руководитель: А. Алексеев
____________________________________________________________________________________________________________________

Григорянц Владимир
Сколтех
Магистр Сколтеха. Работаю в области иммунологии, иммуноинформатики - особо интересен адаптивный иммунитет, T-зависимый иммунный ответ. В данный момент работаю над проектом в области T-клеточных репертуаров и специфичности фолликулярных T-клеток к ядерным белкам. В рамках бакалаврской дипломной работы разрабатывал схему получения рекомбинантных факторов роста человека для бессывороточных питательных сред Считаю, что биоинформатика - это hunch. Особенно интересен scRNAseq и транскриптомика вцелом. Увлечений море - от музыки (скрипка, гитара) до различных видов спорта - настольный теннис и баскетбол - фавориты)

Проект: Определение пустых капель в данных РНК-секвенирования одиночных клеток с комбинаторным индексированием
Руководитель: Максим Холматов
____________________________________________________________________________________________________________________

Гринберг Михаил
СПбГУ
Работаю на кафедре Эмбриологии СПбГУ. Участвую в научном проекте посвященном эволюции молекулярных механизмов формирования осей тела в эмбриональном развитии беспозвоночных. В настоящий момент занимаюсь изучением участия MAP-киназного сигнального каскада в возникновении спинно-брюшной полярности у зародышей аннелид. Научные интересы: EvoDevo, межклеточная коммуникация, процессы регенерации.

Проект: Динамика экспрессии генов в жизненном цикле аннелиды Ophelia limacina
Руководители: Виталий Козин, Илья Борисенко
____________________________________________________________________________________________________________________

Грищенко Ирина
ООО "Евроген Лаб"
Окончила Новосибирский государственный университет по специальности "Молекулярная биология". В 2022 году защитила кандидатскую диссертацию. Мое исследование было посвящено причинам синдрома ломкой X-хромосомы. Сейчас работаю в биотехнологической компании и занимаюсь генной инженерией: синтез генов, разработка плазмид для экспрессии белков или редактирования генома. Научные интересы: генотерапия, медицинская генетика, эпигенетика. Хобби: люблю читать, путешествовать, занимаюсь в театральной студии.

Проект: Улучшение прогнозирования эффекта генетических вариантов с использованием данных о вариациях генома человека
Руководитель: Юрий Барбитов
____________________________________________________________________________________________________________________

Ерофеева Наталья
СПбГУ, ИЭФБ РАН
ЦСБС СО РАН
Научные интересы: биохимия, метаболомика.

Проект: MetaboliseME: инструмент интегративного анализа метаболомных и транскриптомных данных
Руководитель: Полина Дроздова
____________________________________________________________________________________________________________________

Жерко Никита
МФТИ
Студент 3-го курса МФТИ направления "Биотехнология". Интересы: нейробиология, нейрофизиология, молекулярная биология, биоинформатика.

Проект: VarHunter: инструмент для поиска фазовых вариаций в бактериальных геномах
Руководитель: Наталья Дроненко
____________________________________________________________________________________________________________________

Золотенкова Елизавета
ИХБФМ СО РАН
ЛСФР
Окончила НГУ (кафедра молекулярной биологии). Занимаюсь изучением рибосомных белков.

Проект: Разработка инструмента для детекции участков потери гетерозиготности
Руководитель: Екатерина Шубина
____________________________________________________________________________________________________________________

Золотиков Устин
Первый МГМУ им. И. М. Сеченова
Студент 4 курса "Медицинской биохимии" в Сеченовском университете. Интересуюсь всем, что связано с молекулярной биологией и, особенно, молекулярной генетикой. На данный момент работаю в Курчатовском Геномной центре, выполняя функциональный и таксономический анализ данных секвенирования.

Проект: Оценка in silico инструментов для выявления глубоких интронных вариантов наследственных заболеваний сетчатки
Руководитель: Марианна Винер
____________________________________________________________________________________________________________________

Иванова Анастасия
NOVEL
Выпускница кафедры молекулярной биологии биологического факультета БГУ. В настоящее время занимаюсь интерпретацией данных NGS пациентов с подозрениями на моногенные заболевания. Научные интересы: медицинская генетика, биоинформатика, анализ данных, молекулярная биология. Хобби: чтение художественной литературы, кроссфит, видеоигры.

Проект: Улучшение прогнозирования эффекта генетических вариантов с использованием данных о вариациях генома человека
Руководитель: Юрий Барбитов
____________________________________________________________________________________________________________________

Кабалина Алиса
СПБГУ
Я студентка биологического факультета СПБГУ, направления биоинженерные технологии. Я занимаюсь машинным обучением и метагеномикой. Также мои хобби - сноубординг, гимнастика и английский.

Проект: Обучение и применение языковых моделей для последовательностей рецепторов Т-клеток и их сопоставление с соответствующей научной литературой
Руководители: Михаил Шугай, Елизавета Власова
____________________________________________________________________________________________________________________

Лисица Татьяна
НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина
Закончила ПМГМУ им. И.М. Сеченова. Работаю в НМИЦ онкологии им. Н. Н. Блохина, занимаюсь молекулярно-генетическими исследованиями в онкологии, в том числе с помощью NGS.

Проект: Комплексный пайплайн для обработки сырых данных метилирования ДНК, полученных методом бисульфитного секвенирования
Руководители: Евгений Ефимов, Дмитрий Крюков
____________________________________________________________________________________________________________________

Лукина Мария
ИХБФМ СО РАН
По образованию я химик, закончила ФЕН НГУ, и еще с первых курсов университета знала, что буду двигаться в сторону изучения, как законы физики и химические реакции складываются в то ,что называется "жизнь" и "живой организм". Моя научная работа была посвящена механизмам поиска и удаления повреждений в ДНК, изучению кинетики ферментов репарации. Сейчас я чувствую большой интерес и желание развиваться в области обработки биологических данных и биоинформатики. Я вижу красоту мира в его разнообразии.

Проект: Определение пустых капель в данных РНК-секвенирования одиночных клеток с комбинаторным индексированием
Руководитель: Максим Холматов
____________________________________________________________________________________________________________________

Матач Дмитрий
СПбГУ
Студент-бакалавр кафедры зоологии беспозвоночных СПбГУ. Занимаюсь влиянием паразитов на поведение хозяина, их взаимодействием с нервной системой; также — мшанками. Научные интересы: зоология. Но вообще интересны самые разные аспекты биологии. Увлечения: люблю природу и людей.

Проект: Пайплайн для валидации регуляторных сетей, полученных с помощью пакета GRaNIE
____________________________________________________________________________________________________________________

Матвеева Ксения
НТУ Сириус
Магистрантка Звездного университета с бэкграундом Санкт-Петербургского Императорского. Занимаюсь изучением регуляторных Т-клеток и сенесцентности лимфоцитов человека и нечеловекообразных приматов.

Проект: Транскрипционные сигнатуры и возраст-ассоциированные изменения популяции CD8+HLA-DR+ регуляторных Т-лимфоцитов
Руководители: Семен Колмыков, Даниил Шевырев
____________________________________________________________________________________________________________________

Некрасова Дарья
ФГБОУ ВО СПХФУ Минздрава России
Сферой моих научных интересов являются растительные культуры клеток и тканей. Диссертационная работа посвящена введению in vitro и фитохимическому исследованию каллусных культур Aralia cordata Thunb. Состою в велоклубе, люблю собак.

Проект: След ВИЧ: поиск косвенных признаков ВИЧ-инфекции во внеклеточных образцах ДНК
Руководители: Алиса Моршнева, Полина Козюлина
____________________________________________________________________________________________________________________

Нечаева Юлия
ПГНИУ
Выпускница Биологического факультета Пермского государственного национального исследовательского университета. Сотрудник лаборатории микробиологии техногенных экосистем ИЭГМ Уро РАН. Занимаюсь изучением микробных сообществ техногенных экосистем, а также исследованием бактерий-деструкторов различных алифатических и ароматических соединений. Научные интересы: молекулярная биология, генетика, биоинформатика, микробиология.

Проект: Разработка подхода для аннотации оперонов
Руководители: Никита Ваулин, Оксана Котовская, Надежда Павлова
____________________________________________________________________________________________________________________

Огурцова Анна
МГУ им. Ломоносова
Всем привет. Сфера моих профессиональных интересов включает биологию опухолевого процесса и применение биоинформатических методов в области персонализированной медицины: анализ биологических данных с целью поиск различных прогностических маркеров и предиктивных маркеров ответа на тот или иной вид лечения, лучшее понимание процессов канцерогенеза и, как следствие, поиск возможных терапевтических решений.

Проект: Search for genomic associations in residents of the siege of Leningrad
Руководители: Л. Данилов, О. Глотов
____________________________________________________________________________________________________________________

Орлова Виктория
СПбГУ
Студентка бакалавриата Санкт-Петербургского государственного университета по направлению "Биология: биоинженерные технологии". Ранее работала над проектом, связанным с использованием двойных терминаторов и метода оптимизации кодонов для повышения продуктивности трансгенных растений. Научные интересы - молекулярная биология, биоинформатика, анализ данных, машинное обучение в медицине, онкогенетика, разработка тест-систем. Увлечения - путешествия, детективы.

Проект: CTADo: Инструмент для сравнения топологически ассоциированных доменов
Руководитель: Никита Ваулин
____________________________________________________________________________________________________________________

Петриков Кирилл
ФИЦ ПНЦБИ РАН
Научный сотрудник микробиологической лаборатории ИБФМ РАН — подразделении Пущинского научного центра, занимаюсь изучением углеводородокисляющих бактерий, принимаю участие в разработке биопрепаратов и технологий для очистки окружающей среды от нефтезагрязнений. Сейчас работаю над выявлением особенностей микробного окисления алканов при низких положительных температурах с точки зрения физиологии, биохимии и генетики.

Проект: Поиск новых BREX-ассоциированных иммунных систем с комплементарным механизмом действия на основе подхода сравнительной геномики
Руководитель: Оксана Котовская
____________________________________________________________________________________________________________________

Петухова Анастасия
РНПЦ ОМР им. Н.Н. Александрова
В 2022 г. закончила кафедру биохимии в Белорусском государственном университете. В настоящее время занимаюсь анализом и интерпретацией данных полноэкзомного секвенирования, а также научно-исследовательской работой в области изучения лимфом. Сфера научных интересов - онкология, digital pathology и машинное обучение. В свободное от работы время занимаюсь аэростретчингом, путешествую и изучаю английский.

Проект: Комплексный пайплайн для обработки сырых данных метилирования ДНК, полученных методом бисульфитного секвенирования
Руководители: Евгений Ефимов, Дмитрий Крюков
____________________________________________________________________________________________________________________

Попов Илья
ДГТУ
Выпускник РостГМУ. Аспирант ДГТУ. Проходил стажировку в университете Bina Nusantara (Джакарта, Индонезия), где принимал участие в проведении клинического исследования по изучению причин низкорослости у индонезийских детей. Дальнейшую работу также планирую посвятить изучению кишечной микробиоты.

Проект: След ВИЧ: поиск косвенных признаков ВИЧ-инфекции во внеклеточных образцах ДНК
Руководители: Алиса Моршнева, Полина Козюлина
____________________________________________________________________________________________________________________

Сапожников Никита
НИЦ "Курчатовский институт"
Область научных интересов - применение методов машинного обучения на различных биологических данных. В текущей научной работе применяю методы кластеризации и классификации для поиска SNPs, ассоциированных с ишемическим инсультом.

Проект: Разработка алгоритма предсказания гетерозисных групп кукурузы на основании однонуклеотидных полиморфизмов
Руководитель: Елена Григорьева
____________________________________________________________________________________________________________________

Сивцев Алексей
ГАУ РС(Я) РБ №1 НЦМ
Выпускник НИИ медицинской генетик ТНИМЦ, врач-лабораторный генетик. Научные интересы - медицинская генетика, молекулярная биология, биоинформатика.

Проект: Сравнительный анализ свободноживущих и ассоциированных с микроэукариотами бактериальных сообществ фотического слоя озера Байкал
Руководители: Полина Дроздова, Мария Башенхаева
____________________________________________________________________________________________________________________

Слепов Юрий
ФГБОУ ВО "СЗГМУ им. И.И. Мечникова" МЗ РФ
Ординатор первого года по специальности "Патологическая анатомия". Занимаюсь изучением генетических и эпигенетических механизмов развития метаплазии. Научные интересы - генетика, молекулярная биология, патоморфология предраковых и онкологических заболеваний.

Проект: Идентификация новых генов драйверов рака и связанных с ними клеточных путей в участках генома с высоким уровнем амплификации
Руководители: Андрей Юрченко
____________________________________________________________________________________________________________________

Смертина Елена
University of Canberra
Я занимаюсь молекулярной вирусологией и использую методы протеомики и NGS для изучения жизненного цикла, эволюции и взаимодействий вирусов с клетками хозяина.

Проект: Пайплайн для валидации регуляторных сетей, полученных с помощью пакета GRaNIE
____________________________________________________________________________________________________________________

Соколова Дарья
МФТИ
Учусь в магистратуре МФТИ на факультете ИНБИКСТ. Работаю в НИЦ "Курчатовский институт". Моя научно-исследовательская деятельность посвящена получению рекомбинантных белков в дрожжах рода Komagataella, а также модификациям дрожжей данного рода с целью улучшения их производственных характеристик. Моими хобби являются бег, скалолазание и горный туризм.

Проект: Липидные маркеры здорового старения
Руководитель: Анна Ткачева
____________________________________________________________________________________________________________________

Сулейманов Шакир
Сеченовский Университет,
Skoltech
Выпускник Сеченовского Университета, занимаюсь изучением функциональных свойств клеток иммунной системы. Проходил обучение по программе "Биостатистика и анализ медицинских данных" от Института Биоинформатики.

Проект: Определение пустых капель в данных РНК-секвенирования одиночных клеток с комбинаторным индексированием
Руководитель: Максим Холматов
____________________________________________________________________________________________________________________

Торопов Артем
СПбГУ
Студент 1 курса магистратуры СПбГУ, изучаю роль клеточного старения в процессах инициации и прогрессии рака в Институте Цитологии РАН. Научные интересы: онкогенетика, транскриптомика, эпигенетика, single-cell подходы. В свободное время увлекаюсь изобразительным искусством.

Проект: Выявление барьерной роли онкоген-индуцированной сенесценции в процессе развития рака эндометрия
Руководитель: Александра Бородкина
____________________________________________________________________________________________________________________

Трофимов Мичил
Сколтех
Область интересов - транскриптомика и онкомедицина. Занимаюсь исследованием молекулярных механизмов развития склероатрофического лихена в рамках клинического исследования.

Проект: Классификация статуса курильщика в данных РНК-сека аденокарциномы легкого методами машинного обучения
Руководитель: Иван Валиев
____________________________________________________________________________________________________________________

Узун Мария
ФИЦ Биотехнологии РАН
На сегодняшний день являюсь младшим научным сотрудником ФИЦ Биотехнологии РАН. Занимаюсь изучением разнообразия и эволюции магнитотактических бактерий. Научные интересы - микробиология, метагеномика, биоинформатика. Люблю играть в волейбол и кататься на сноуборде.

Проект: VarHunter: инструмент для поиска фазовых вариаций в бактериальных геномах
Руководитель: Наталья Дроненко
____________________________________________________________________________________________________________________

Федоренко Алиса
ФГБУ ФНКЦ ФХМ им. Ю.М. Лопухина ФМБА России,
Сколтех
Студентка магистратуры Сколтеха. Занимаюсь моделированием заболеваний на основе индуцированных плюрипотентных стволовых клеток, в частности, исследую роль гена UBE2A в развитии ЦНС.

Проект: Использование МД моделирования и данных кристаллографии для реконструкции подвижных петель белковых молекул
Руководители:
____________________________________________________________________________________________________________________

Хайретдинова Альбина
ТюмГУ
ИБ РАН
Студентка 5 курса ТюмГУ. Прохожу специализацию по молекулярной биологии в Институте белка РАН. Работаю над созданием новых олигомерных белков путем комбинации природных доменов в лаборатории Физики белка. Ранее занималась поиском ингибиторов фактора вирулентности C.albicans в лаборатории антимикробной резистентности X-Bio ТюмГУ. Интересы: белковая инженерия, онкогенетика.

Проект: Мультимодельная платформа для предсказания биологического возраста с использованием данных метилирования ДНК и других связанных с возрастом данных
Руководители: Евгений Ефимов, Дмитрий Крюков
____________________________________________________________________________________________________________________

Чеснокова Анна
НГУ
Студент 3-го курса факультета естественных наук НГУ. Работаю в Институте Химической Биологии И Фундаментальной Медицины СО РАН в лаборатории биотехнологии, где изучаю подходы к лечению глиобластомы человека. Также являюсь участником стартапа и занимаюсь созданием комплексного программного продукта для работы врача-онколога. Основа моей работы это анализ дифференциально экспрессирующихся генов и построение генных сетей, ранее занималась филогенетикой и протеомикой.

Проект: Прогностическая модель для предсказания статуса курения
Руководитель: Иван Валиев
____________________________________________________________________________________________________________________

Шитик Екатерина
ФБУН ГНЦ ВБ "Вектор" Роспотребнадзора
Выпускница медицинского факультета НГУ. Молекулярный биолог с образованием невролога. Научные интересы: разработка тканеспецифичных векторов на основе аденоассоциированного вируса второго серотипа, использование систем CRISPR/Cas и получение трансгенных линий клеток.

Проект: Оценка in silico инструментов для выявления глубоких интронных вариантов наследственных заболеваний сетчатки
Руководитель: Марианна Винер
____________________________________________________________________________________________________________________

Штомпель Анастасия
МГУ
Аспирант кафедры молекулярной биологии биологического факультета МГУ. В рамках диссертации занимаюсь изучением механизмов энхансер-промоторной коммуникации и установления тканеспецифичной трёхмерной организации хроматина на модели локуса кератиновых генов человека.

Проект: Идентификация вытянутых петель на картах HiC
Руководители: Илья Плетенев
____________________________________________________________________________________________________________________
Все выпускники этого направления прослушали курсы:
  • Теория вероятностей и биостатистика
  • Методология доказательной медицины
  • Основы регуляторики
  • Специфика медицинских данных
  • Анализ биоэквивалентности
  • Многофакторный анализ
  • Управление данными
  • Визуализация биомедицинских данных
  • Автоматизация обработки данных
  • Машинное обучение в медицине
  • Методы расчёта выборки
  • Практикум по индустриальной биостатистике
  • Специальные разделы биостатистики

Обучение в 2023-2024 годах проходило в онлайн формате.

Обязательной частью обучения было выполнение научно-исследовательского проекта.

Арефьева Анна
ЗАО Фарм-Холдинг (R&D центр OOO Герофарм)
ПСПбГМУ
Врач-эндокринолог, в настоящее время работаю медицинским научным советником в клинических исследованиях (преимущественно исследования ранних фаз).

Проект: Сравнительный анализ состава микробиоты кишечника здоровых людей и людей с синдромом раздраженного кишечника с преобладанием запора
Руководители: Ева Шелли, Евгения Чухрова
____________________________________________________________________________________________________________________

Бочкарева Мария
R&D центр ООО "ГЕРОФАРМ"
Занимаюсь разработкой и оптимизацией прокариотических и эукариотических систем экспрессии, разработкой систем их культивирования (продукты - терапевтические белки). В предыдущем месте разрабатывала и получала репликационно-дефектные вирусы, трансгенные культуры клеток — как для более эффективного синтеза антител/других белков, так и культуры клеток с нокаутированными генами под конкретные задачи (продукты - векторные вакцины, терапевтические белки и вирусы). Интересуюсь синтетической биологией, статистическими подходами к дизайну экспериментов (DOE), автоматизацией и систематизацией процессов в биологии и биотехнологии.

Проект: Сравнительный анализ состава микробиоты кишечника здоровых людей и людей с синдромом раздраженного кишечника с преобладанием запора
Руководители: Ева Шелли, Евгения Чухрова
____________________________________________________________________________________________________________________

Бурмакина Полина
ИТМО
Я учусь в Университете ИТМО на Биоинженерии, стажируюсь в Центре Искусственного Интеллекта в Химии SCAMT. Работаю над проектом, связанным с поиском и предсказанием свойств новых лекарственных молекул. Дальнейший научный путь хотела бы связать с нейробиологией.

Проект: Исследование ассоциации иммунологического статуса донора с исходами аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток с использованием циклофосфамида после ТГСК
Руководители: Николай Цветков, Максим Кузнецов
____________________________________________________________________________________________________________________

Глебус Александр
Проект: Анализ данных пациентов с параноидной шизофренией для изучения влияния выраженности экстрапирамидной симптоматики на когнитивные функции
Руководители: Марианна Тумова, Евгений Бакин
____________________________________________________________________________________________________________________

Жакота Дмитрий
РНИМУ им. Н.И. Пирогова
Работаю на кафедре патологической анатомии педиатрического факультета РНИМУ им. Н.И. Пирогова. Научные интересы: патология пре- и перинатального периода, цифровая патология и морфометрия.

Проект: Оценка эффективности применения импланта аортального клапана увеличенного размера у пациентов кардиологического профиля
Руководители: Мурат Мухарямов, Артемий Охотин
____________________________________________________________________________________________________________________

Карпович Лидия
ФГАОУ ВО «СПбПУ»
Студентка 4 курса Санкт-Петербургского Университета Петра Великого по направлению биотехнические системы и технологии. Участвую в разработке тест-системы для диагностики бронхиальной астмы в НИИ АГиР им. Отта. Интересуюсь сферой data science и машинного обучения в медицине.

Проект: Анализ данных непрерывного флеш-мониторирования гликемии у пациентов с сахарным диабетом
Руководители: Илья Барсуков, Алексей Глазков
____________________________________________________________________________________________________________________

Лебедев Иван
СПбГУ
Закончил кафедру биохимии биологического факультета СПбГУ. Работал в ИЭФБ РАН в Лаборатории молекулярной эндокринологии и нейрохимии над проектами РНФ «Разработка и изучение механизмов действия новых регуляторов репродуктивной и тиреоидной систем на основе тиенопиримидинов», «Лептиновая система гипоталамуса, гипофиза и семенников крыс: роль в регуляции репродуктивных функций и возможная мишень для коррекции репродуктивных расстройств при ожирении», а также НЦМУ «Молекулярные механизмы нарушений функций гипоталамо-гипофизарной системы при метаболических расстройствах и пути их фармакологической коррекции». Научные интересы: биостатистика, фармакометрика, клинические исследования, биомедицина, молекулярная биология. Хобби: путешествия, плавание, дайвинг.

Проект: Ретроспективный анализ данных многоцентрового клинического исследования по изучению реакции "трансплантат против хозяина" у пациентов, перенесших трансплантацию костного мозга
Руководители: Никита Волков, Олег Арнаут
____________________________________________________________________________________________________________________

Легковой Станислав
Fortrea
Закончил специалитет УГНТУ по программе "Биотехнология" и аспирантуру СПбГУ по программе "Физиология". В настоящее время работаю статистическим программистом в компании Fortrea - обрабатываю данные клинических исследований (TFL'ки) и пишу датасеты (ADaM'ы). Профессиональные интересы: анализ биологических и медицинских данных, онкология, программирование. Хобби: воркаут, чтение классической литературы и единоборства (как зритель).

Проект: Сравнительный анализ состава микробиоты кишечника здоровых людей и людей с синдромом раздраженного кишечника с преобладанием запора
Руководители: Ева Шелли, Евгения Чухрова
____________________________________________________________________________________________________________________

Лукашевич Надежда
BostonGene Technologies
BostonGene, RnD, Bioinformatician. MS: Life Science, Skoltech; BS: Биотехнологический факультет МГУ. Пытаюсь прокачивать свои навыки в разных сферах, чтобы меня не заменила нейросеть. Люблю строить красивые графики, шатать данные, вертеть модели, спорить в чатиках и гундеть над статьями других групп, как неправильно они все делают, не то что мы! Иными словами, я не могла не пойти на курс по биостатистике. В основном, анализирую балк транскриптомные данные пациентов с солидными типами рака, но, вообще, я открыта новым классным проектам. Например, меня очень интересует область metascience/metaresearch (ставлю на то что в компании Цукерберга есть такой отдел, но я про другое). Так что если у вас есть предложения на счет проверки воспроизводимости методов, исследований исследований и всего такого, и вам нужен дата аналитик/дата инженер, который горит темой, пишите!

Проект: Оценка эффективности применения импланта аортального клапана увеличенного размера у пациентов кардиологического профиля
Руководители: Мурат Мухарямов, Артемий Охотин
____________________________________________________________________________________________________________________

Матвиенко Юлия
ФГБУ "НМИЦ им. В. А. Алмазова"
По специальности врач-гематолог. Работаю младшим научным сотрудником Института гематологии ФГБУ "НМИЦ им. В.А.Алмазова", занимаюсь статистической обработкой медицинских данных, участвую в клинических исследованиях. Область научных интересов - онкогематологические заболевания. Вне науки работаю техническим переводчиком документации КИ.

Проект: Исследование ассоциации иммунологического статуса донора с исходами аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток с использованием циклофосфамида после ТГСК
Руководители: Николай Цветков, Максим Кузнецов
____________________________________________________________________________________________________________________

Мельничук Елизавета
ГБУЗ АО "1ГКБ им. Е.Е. Волосевич"
Врач-биохимик. Работаю врачом клинической лабораторной диагностики и преподаю дисциплины "Микробиология, вирусология", "Иммунология" подрастающему поколению врачей. В настоящее время принимаю участие в проекте: «Особенности метаболизма гомоцитеина и фолатов у населения арктического региона Российской Федерации». Сфера научных интересов: биостатистика, гемостаз. Сфера ненаучных интересов: гуманная кинология, кроссфит и функциональный тренинг.

Проект: Ретроспективный анализ данных многоцентрового клинического исследования по изучению реакции "трансплантат против хозяина" у пациентов, перенесших трансплантацию костного мозга
Руководители: Никита Волков, Олег Арнаут
____________________________________________________________________________________________________________________

Попов Александр
ИНЭОС РАН
Кандидат химических наук, специалист в сфере сорбционных технологий. Занимаюсь синтезом, изучением свойств и внедрением гемосорбентов для медицины, аффинных сорбентов для биотехнологий и сорбентов для твёрдофазной экстракции и хроматографии. Преподаю хроматографию и основы хемометрики.

Проект: Оценка эффективности применения импланта аортального клапана увеличенного размера у пациентов кардиологического профиля
Руководители: Мурат Мухарямов, Артемий Охотин
____________________________________________________________________________________________________________________

Потанина Ольга
СПбГУ
Обучаюсь в аспирантуре СПбГУ, работаю врачом-соисследователем в центре клинических исследований. Планирую в дальнейшем развиваться в сфере клинических исследований.

Проект: Сравнительный анализ состава микробиоты кишечника здоровых людей и людей с синдромом раздраженного кишечника с преобладанием диареи
Руководители: Ева Шелли, Евгения Чухрова
____________________________________________________________________________________________________________________

Сазыкин Георгий
СПбПУ
Учусь на 4-м курсе СПбПУ на направлении "Механика и математическое моделирование". Интересуюсь машинным обучением и методами статистики.

Проект: Анализ данных непрерывного флеш-мониторирования гликемии у пациентов с сахарным диабетом
Руководители: Илья Барсуков, Алексей Глазков
____________________________________________________________________________________________________________________

Серебрякова Ольга
ФГАОУ ВО РНИМУ им. Н.И. Пирогова Минздрава России
Выпускница Казанского государственного медицинского университета, педиатрического факультета. Врач-ординатор по специальности педиатрия НИКИ педиатрии и детской хирургии имени академика Ю.Е. Вельтищева ФГБОУ ВО РНИМУ им. Н.И. Пирогова МЗ России. Научные интересы: педиатрия, детская кардиология, наследственные и орфанные заболевания.

Проект: Исследование ассоциации иммунологического статуса донора с исходами аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток с использованием циклофосфамида после ТГСК
Руководители: Николай Цветков, Максим Кузнецов
____________________________________________________________________________________________________________________

Созонтов Анатолий
PAREXEL
SDTM, ADAM и TLF программирование на языке SAS.

Проект: Сравнительный анализ состава микробиоты кишечника здоровых людей и людей с синдромом раздраженного кишечника с преобладанием диареи
Руководители: Ева Шелли, Евгения Чухрова
____________________________________________________________________________________________________________________

Сорока Анастасия
NOVEL
Биолог-генетик (окончила бакалавриат ФЕН НГУ и магистратуру биофака СПбГУ). Сфера моих научных интересов: исследования в области биомедицины, генетики человека. Участвовала в разработке неинвазивных скрининговых тестов наследственных заболеваний в институте акушерства, гинекологии и репродуктологии им. Д.О.Отта и в разработке генотерапевтических препаратов в МФТИ. На данный момент активно учусь биоинформатическим методам, прохожу стажировку по теме поиска генетических вариаций. Помимо науки увлекаюсь фотографией и видеомейкингом.

Проект: Сравнительный анализ состава микробиоты кишечника здоровых людей и людей с синдромом раздраженного кишечника с преобладанием диареи
Руководители: Ева Шелли, Евгения Чухрова
____________________________________________________________________________________________________________________

Сотников Богдан
Выпускник медицинского факультета Кыргызско-Российского Славянского университета по специальности "Лечебное дело".

Проект: Ретроспективный анализ данных многоцентрового клинического исследования по изучению реакции "трансплантат против хозяина" у пациентов, перенесших трансплантацию костного мозга
Руководители: Никита Волков, Олег Арнаут
____________________________________________________________________________________________________________________

Сыркова Дарья
Fortrea
Более 10 лет работаю в клинических исследований со стороны спонсора, основное направление - онкология. По образованию провизор. Хобби: путешествия, спорт, языки.

Проект: Сравнительный анализ состава микробиоты кишечника здоровых людей и людей с синдромом раздраженного кишечника с преобладанием диареи
Руководители: Ева Шелли, Евгения Чухрова
____________________________________________________________________________________________________________________

Трифонова Юлия
PLUS
Студентка 3-го курса бакалавриата биологического факультета Paris Lodron University of Salzburg. Бакалаврская посвящена анализу Single-cell RNA-seq данных. Основные научные интересы: молекулярная биология, филогенетика, биоинформатика.

Проект: Ретроспективный анализ данных многоцентрового клинического исследования по изучению реакции "трансплантат против хозяина" у пациентов, перенесших трансплантацию костного мозга
Руководители: Никита Волков, Олег Арнаут
____________________________________________________________________________________________________________________

Филимонова Ирина
ФГАУ "НМИЦ здоровья детей" Минздрава России
Выпускница кафедры медицинской кибернетики и информатики. Работаю врачом функциональной диагностики в ФГАУ «НМИЦ здоровья детей». Область научных интересов: статистический анализ медицинских данных, машинное обучение.

Проект: Оценка эффективности применения импланта аортального клапана увеличенного размера у пациентов кардиологического профиля
Руководители: Мурат Мухарямов, Артемий Охотин
____________________________________________________________________________________________________________________

Черная Галина
ООО «РИК-Фарма»
Выпускница Института медицины и психологии В. Зельмана, НГУ, до 2021 года - хирург-онколог, с 2021 года монитор клинических исследований в ООО "РИК-Фарма".

Проект: Исследование ассоциации иммунологического статуса донора с исходами аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток с использованием циклофосфамида после ТГСК
Руководители: Николай Цветков, Максим Кузнецов
____________________________________________________________________________________________________________________

Яровой Сергей
НИИ КК им. А.Л. Мясникова ФГБУ «НМИЦК им.ак.Е.И.Чазова» Минздрава России
Закончил ПМГМУ им. Сеченова, интернатуру по терапии и ординатуру по кардиологии. Затем - аспирантуру по специальностям "Кардиология" и "Лучевая диагностика и лучевая терапия" в ФГБУ "НМИЦК им. ак. Е.И.Чазова" Минздрава России. Сейчас занимаюсь НИРами по теме хронической тромбоэмболической легочной гипертензии, регистром пациентов по тому же направлению. Научный интересы: легочная гипертензия, хроническая тромбоэмболическая легочная гипертензия, транслюминальная баллонная ангиопластика легочных артерий. Хобби: мотоцикл, путешествия, гитара.

Проект: Анализ данных непрерывного флеш-мониторирования гликемии у пациентов с сахарным диабетом
Руководители: Илья Барсуков, Алексей Глазков
____________________________________________________________________________________________________________________

Фам Тхи Хонг Зунг
ООО "КЛИНТЕК ИНТЕРНЕШНЕЛ РУС"
НИУ "ВЫСШАЯ ШКОЛА ЭКОНОМИКИ"
Закончила ПМГМУ им. И.М. Сеченова, сейчас учусь в магистратуре ВШЭ на направлении Анализ данных в медицине и биологии, параллельно работаю в клин исследованиях.

Проект: Сравнительный анализ состава микробиоты кишечника здоровых людей и людей с синдромом раздраженного кишечника с преобладанием запора
Руководители: Ева Шелли, Евгения Чухрова
____________________________________________________________________________________________________________________
CONTACTS
Контакты
Санкт-Петербург
ул. Кантемировская 2А, Бизнес-центр «Таймс», 3 этаж, 311

По всем вопросам:
info@bioinf.me