Годовая программа по биоинформатике

Приём заявок на 2018/19 учебный год закрыт

Образовательная программа направлена на изучение биологических процессов с помощью современных вычислительных технологий. Обучение проходит в Санкт-Петербурге по двум направлениям: «Бионформатика для биологов» и «Алгоритмическая биоинформатика».

Обучение можно совмещать с основными образовательными программами в других вузах, профессиональной или научной деятельностью.
Формат обучения
Обучение проходит в формате лекций, семинаров, работы над научными проектами. В течение учебного года можно принять участие в экскурсиях в биотехнологические компании и лаборатории, хакатоне и летней стажировке.
Стоимость
Для студентов, магистрантов и аспирантов первого года очной формы — обучение бесплатно. Для остальных стоимость первого семестра — 20 000 рублей, в случае сдачи первой сессии на отлично, второй семестр — бесплатно
Сертификат
Сертификат о повышении квалификации Института биоинформатики.
Набор на 2019/20 учебный год будет объявлен в январе
DETAILS
Детали программы
БИОЛОГАМ
ИНФОРМАТИКАМ
Программа подготовлена для студентов и аспирантов биологических специальностей.

Цель программы — научить студентов осознанно пользоваться биоинформатическими инструментами, проводить анализ биоинформатических данных, а также общаться на одном языке с коллегами из области информационных технологий.

Подать заявку
Требования
Кандидаты должны обладать хорошо систематизированными знаниями генетики и клеточной биологии, молекулярных механизмов хранения, передачи и изменения наследственной информации, разбираться в принципах и методах генетической инженерии и биотехнологии в целом.

В процессе учебы вам понадобится читать научные статьи на английском, поэтому на собеседовании мы будем проверять эти навыки.

Обычно успешные кандидаты - это студенты старших курсов, магистранты и аспиранты. Студенты 3 курса бакалавриата рассматриваются при наличии достаточных знаний и высокой мотивации.
Подготовка
Освежить знания рекомендуем с помощью:

Онлайн-курса «Mолекулярная биология и генетика».

Литературы:
Глик, Б. — Молекулярная биотехнология (2002),
Щелкунов, С. — Генетическая инженерия (2004),
Alberts, B. — Molecular biology of the cell (2008),
Lodish, H. — Molecular Cell Biology (7th ed., 2012).


Глоссария для биологов Института биоинформатики.
Поступление
Отбор проводится на конкурсной основе в три этапа:

Заявка
  • Мы ждем мотивированные заявки, с описанием того, для чего вам необходимо обучение на основной программе.
  • Обращаем внимание, что не все заявки проходят отбор.

Онлайн-курс по основам программирования на Python, R и работе в Linux, ссылка на который придет в ответ на заполненную анкету.
Собеседование
  • В случае успешного прохождения двух первых этапов мы пригласим вас на собеседование.
  • Собеседование проводится на русском языке.

Примеры заданий на собеседовании:
  • ответить письменно на подобные вопросы;
  • ознакомиться со статьей (пример) и быть готовым отвечать на вопросы по ее содержанию
    Программа 2017/18
    Осенний семестр
    Программирование на Python
    Статистика для биологов
    Дискретная математика
    Язык R
    Научный проект

    Весенний семестр
    Программирование на Python
    Молекулярная филогения
    Journal Club
    Научный проект
    Введение в машинное обучение

    Подробная программа
    Летняя стажировка (факультативно, конкурсный отбор)
    Программа 2018/19
    Осенний семестр
    Программирование на Python
    Статистика
    Дискретная математика
    Программирование на R
    Практикум по биоинформатике
    Научный проект
    Научные проекты
    Каждый студент Института биоинформатики во время обучения занимается несколькими научно-исследовательскими проектами.

    Проект подразумевает еженедельные встречи с руководителем, а также 5-10 часов в неделю самостоятельной работы.

    Руководят научными проектами ведущие специалисты из научных лабораторий и компаний в Санкт-Петербурге, работающих в области биоинформатики и биотехнологий: лаборатория алгоритмической биологии СПбАУ РАН, JetBrains, Parseq Lab, EMC2, Биокад и другие. Ряд проектов курируют иностранные специалисты (UCSD, The George Washington University, Biodatomics).

    Примеры проектов: разработка алгоритмов хранения и обработки последовательностей, базы данных последовательностей, программы анализа сигнальных путей, моделирование структур белков и другие практические и теоретические задачи в биоинформатике.
    Для студентов математических, информатических и других технических специальностей.

    Программа включает углублённые курсы по алгоритмам и структурам данных, статистику, молекулярную биологию, биотехнологии и другие специализированные предметы, а также работу над научными проектами.

    Данная годовая программа ориентированна на студентов, планирующих заниматься научной деятельностью в области биоинформатики.

    Подать заявку
    Требования
    Кандидаты, поступающие на программу "Алгоритмическая биоинформатика" должны:

    Знать основы курса алгоритмы и структуры данных (списки, массивы, сортировки, деревья, хеширование и хеш-таблицы, алгоритмы на графах, алгоритмы на строках, оценка асимптотики памяти и времени работы алгоритма, динамическое программирование).

    Уметь программировать основные алгоритмы и выражать в коде свои идеи.

    Владеть основами:
    - теории вероятностей (зависимые и независимые события, условные вероятности, формула полной вероятности, теорема Байеса, математическое ожидание);
    - дискретной математики и комбинаторики (сочетания, перестановки, биномиальные коэффициенты, целочисленные последовательности, основы теории графов);
    - математической логики (отображения и отношения, эквивалентность, отношения порядка, кванторы, метод математической индукции), алгебры и теории чисел (группы, факторизация, алгоритм Евклида, теоремы Эйлера и Ферма, базис, размерность, ранг);
    - математического анализа (числовые ряды и сходимость, предел, асимптотические оценки, обозначения O( ) и o( ), непрерывность, производная, первообразная, определенный интеграл, нахождение экстремума функции, формула Тейлора).

    Обычно успешные кандидаты - это студенты старших курсов, магистранты и аспиранты.
    Подготовка
    Освежить или дополнить знания можно с помощью онлайн-курсов:

    Если вы считаете, что вам не хватает навыков программирования, то вам могут быть полезны онлайн-курсы:

    Для получения дополнительной практики в программировании алгоритмических задач можно также воспользоваться платформой Rosalind.
    Поступление
    Отбор проводится на конкурсной основе в три этапа:

    Заявка
    Мы ждем мотивированные заявки, с описанием того, для чего вам необходимо обучение на основной программе.

    Онлайн-курс и 15 задач на Rosalind Bioinformatics Stronghold
    Ссылка на эти задания придет в ответ на заполненную анкету. Если вы его не обнаружите в почте в течение суток, напишите нам на info@bioinf.me. Если вы уже проходили онлайн-курсы: "Молекулярная биология и генетика", "Теория веротностей" и "Математический анализ", а также и решали задачи на Rosalind, то эти баллы вам зачтутся автоматически.

    Собеседование
    В случае успешного прохождения двух первых этапов мы пригласим вас на собеседование с начала февраля по конец июня.
    Собеседование длится полтора часа, из которых час отводится на решение заданий, а полчаса на общение с комиссией. Пример заданий.
    Программа 2017/18 год
    Осенний семестр
    Молекулярная биология
    Статистика
    Алгоритмы в биоинформатике
    Научный проект

    Весенний семестр
    Биотехнологии
    Статистика
    Анализ данных NGS
    Сборка геномов
    Journal Club
    Научный проект

    подробная программа

    Летняя стажировка (факультативно для студентов ИБ, обязательно для магистрантов ИТМО, конкурсный отбор)
    Программа 2018/19 год
    Осенний семестр
    Молекулярная биология
    Статистика
    Алгоритмы в биоинформатике
    Практикум по биоинформатике
    Научный проект
    Научные проекты
    Каждый студент Института биоинформатики во время обучения занимается несколькими научно-исследовательскими проектами.

    Проект подразумевает еженедельные встречи с руководителем, а также 5-10 часов в неделю самостоятельной работы.

    Руководят научными проектами ведущие специалисты из научных лабораторий и компаний в Санкт-Петербурге, работающих в области биоинформатики и биотехнологий: лаборатория алгоритмической биологии СПбАУ РАН, JetBrains, Parseq Lab, EMC2, Биокад и другие. Ряд проектов курируют иностранные специалисты (UCSD, The George Washington University, Biodatomics).

    Примеры проектов: разработка алгоритмов хранения и обработки последовательностей, базы данных последовательностей, программы анализа сигнальных путей, моделирование структур белков и другие практические и теоретические задачи в биоинформатике.
    Мы собрали для вас ответы на часто задаваемые вопросы.
    Если вы не нашли свой вопрос — пишите на info@bioinf.me.