Программы по биоинформатике


Прием заявок на 2020/21 год закрыт. Ждем ваши заявки в следующем году!

Письменные тестирования и собеседования переносятся на неопределенный срок. Всех абитуриентов, успешно справившихся с испытаниями, мы будем держать в курсе. Как только будут понятны новые даты тестирований — об этом будет сообщено.
Берегите себя!
Подписаться на новости Института биоинформатики
Образовательные программы направленны на изучение биологических процессов с помощью современных вычислительных технологий.

Обучение проходит в Санкт-Петербурге и Москве по двум направлениям: «Биоинформатика для биологов» и «Алгоритмическая биоинформатика». Занятия по субботам и вечерам будних дней. Можно совмещать с учёбой в вузе, профессиональной или научной деятельностью.
6 февраля 2020 проходил день открытых дверей Института биоинформатики. Видеозапись трансляции
Left
Right
Формат
Год по субботам и 1–2 вечера в будни. Лекции, семинары, научные проекты, хакатон и стажировки. Обучение проходит в Санкт-Петербурге и Москве.
Стоимость
Студентам всех курсов и аспирантам первого года очной формы бесплатно. Выпускникам — 20 000 рублей в семестр. После сессии на «отлично» — скидка 50%.
Сертификат
При успешном окончании выдается сертификат о профессиональной переподготовке Института биоинформатики.
Письменные тестирования и собеседования переносятся на неопределенный срок. Всех абитуриентов, успешно справившихся с испытаниями, мы будем держать в курсе. Как только будут понятны новые даты тестирований — об этом будет сообщено.
Берегите себя!
Путь абитуриента в 2020 году
1
Подать заявку
До 22 февраля заполнить анкету
2
Пройти онлайн-курс
До 1 марта набрать необходимое количество баллов во вводном онлайн-курсе. Ссылка на курс и требования придет в ответ на заявку
3
Пройти онлайн-тестирование
6 и 7 марта в любое удобное время в течение этих дней
4
Пройти письменное очное тестирование
14, 21 или 28 марта в 19:00
5
Конкурс анкет
До 1 апреля приемная комиссия рассматривает полученные заявки. Успешные кандидаты получат приглашение на очное собеседование
6
Собеседование
Весь апрель будут проходить собеседования с абитуриентами.
О программах
БИОЛОГАМ
ИНФОРМАТИКАМ
Программа «Биоинформатика для биологов» разработана для студентов и аспирантов биологических и медицинских специальностей.

Биоинформатика помогает биологам значительно ускорить профессиональный рост, а также решать интересные, сложные и нетривиальные научные задачи. Цель программы — отработка практических навыков программирования, статистического анализа, обработки данных и визуализации результатов.

По окончании программы биологи и медики научатся:
  • писать и читать собственный код на Python, R;
  • пользоваться при необходимости сторонними библиотеками;
  • будут иметь общие представление о самых простых и распространенных структурах данных и алгоритмах;
  • способность оценить их сложность и время работы;
  • работать в командной строке;
  • подбирать подходящий дизайн анализа для разных типов данных.

Все это позволит выпускникам общаться на одном языке с техническими специалистами, грамотно ставить задачи, проверять полученные решения и эффективно работать вместе с программистами над улучшением и созданием удобных биоинформатических программ.
Поступление
Отбор проводится на конкурсной основе в пять этапов:

Заявка
  • Мы ждем мотивированные заявки, с описанием того, для чего вам важно обучение на программе.
  • Обращаем внимание, что не все заявки проходят отбор

Вступительный онлайн-курс
по основам программирования на Python, R и работе в Linux
Ссылка на курс придет автоматически в ответ на заполненную заявку. Учитывайте, что на прохождение курса требуется время. Если вы уже проходили онлайн-курсы «Программирование на Python», «Введение в Linux» и «Анализ данных в R», из модулей которых состоит вступительный курс, то эти баллы вам зачтутся автоматически.

Онлайн-тестирование и письменное очное тестирование
Тестирования направлены на проверку знаний по основным темам: молекулярная биология и генетика, основы статистики, введение в программирование на Python и работа в командной строке. Ссылка на онлайн-тест придет до 3 марта на почту, указанную при заполнении анкеты. Пример письменного тестирования

Собеседование
В случае успешной сдачи письменного теста абитуриент приглашается на устное общение с комиссией. Перед собеседованием абитуриент читает статью, аналогичную примеру, и готовит ответы на несколько вопросов по ней. Собеседование длится час: 30 минут на чтение статьи и 30 на общение с комиссией.
    Требования
    От вас ожидаются хорошо систематизированные знания генетики и клеточной биологии, молекулярных механизмов хранения, передачи и изменения наследственной информации, умение разбираться в принципах и методах генетической инженерии и биотехнологии в целом. Базовые знания программирования на Python и статистики после пройденного вступительного онлайн-курса.

    Обычно успешные кандидаты — это студенты старших курсов, магистранты и начинающие аспиранты. В процессе учебы вам понадобится читать научные статьи на английском языке.
    Подготовка
    Освежить знания рекомендуем с помощью:

    Онлайн-курсов «Mолекулярная биология и генетика», «Молекулярная биология клетки», «Генная инженерия».

    Литературы:
    Глик, Б. — Молекулярная биотехнология (2002),
    Щелкунов, С. — Генетическая инженерия (2004),
    Alberts, B. — Molecular biology of the cell (2008),
    Lodish, H. — Molecular Cell Biology (7th ed., 2012),
    Журавлева Г.А. — Генная инженерия в биотехнологии (2017).


    Глоссария для биологов Института биоинформатики.
    Программа «Алгоритмическая биоинформатика» разработана для студентов математических, информатических и прочих технических специальностей. Обучение включает углублённые курсы по алгоритмам и структурам данных, статистику, молекулярную биологию, биотехнологии и другие предметы, а также работу над научными проектами.

    Для информатиков и математиков биоинформатика — это возможность:

    приложить знания Сomputer Science к актуальным предметным областям — медицине, биологии и эволюции; решать интересные и сложные алгоритмические задачи; создавать программные инструменты для биологов и медиков; применять свои знания для решения важнейших задач человечества, связанных со здоровьем, качеством и продолжительностью жизни людей и сделать реальный вклад в развитие наук о жизни.
    На программе студенты получат знания в биологии и генетике, необходимые для реализации проектов в сфере естественных наук, повысят подготовку по статистике и анализу данных.
    Поступление
    Отбор проводится на конкурсной основе в пять этапов:

    Заявка
    • Мы ждем мотивированные заявки, с описанием того, для чего вам необходимо обучение на основной программе.
    • Обращаем внимание, что не все заявки проходят отбор.

    Онлайн-курс и 15 задач на Rosalind Bioinformatics Stronghold
    Ссылка на эти задания придет в ответ на заполненную анкету. Если вы уже проходили онлайн-курсы: «Молекулярная биология и генетика», «Теория вероятностей» и «Математический анализ», а также решали задачи на Rosalind, то эти баллы вам зачтутся автоматически.

    Онлайн-тестирование и письменное офлайн тестирование
    Тестирования направлены на проверку знаний в основных требуемых темах: комбинаторика, алгоритмы, теория вероятностей, линейная алгебра. Ссылка на онлайн-тест придет до 3 марта на почту, указанную в анкете.
    Пример письменного тестирования

    Собеседование
    В случае успешного прохождения предыдущих этапов мы пригласим вас на собеседование. Собеседование длится 30 минут. За это время происходит обсуждение задач письменного тестирования и общение с комиссией
    Требования
    Как правило, успешные кандидаты — это студенты старших курсов, магистранты и начинающие аспиранты.
    От кандидатов, поступающих на программу «Алгоритмическая биоинформатика», ожидается знание перечисленных ниже областей и тем.

    Комбинаторика:

    1. Основные правила комбинаторики. Правило подсчета количества комбинаторных объектов. Принцип Дирихле.
    2. Множества, операции на множествах. Круги Эйлера. Формула включений и исключений.
    3. Размещения, перестановки и сочетания. Бином Ньютона. Треугольник Паскаля. Сочетания с повторениями.

    Теория вероятностей:

    1. Основные понятия теории вероятностей. Определение вероятностного пространства, простейшие дискретные случаи (выборки с порядком и без него, упорядоченные и неупорядоченные), классическая вероятностная модель.
    2. Геометрическое определение вероятности.
    3. Независимость событий. Попарная независимость и независимость в совокупности.
    4. Условная вероятности, формула полной вероятности, формула Байеса.
    5. Случайная величина, функция распределения.
    6. Математическое ожидание, дисперсия, корреляция, их свойства.
    7. Стандартные дискретные и непрерывные распределения, их математические ожидания, дисперсии и свойства (Бернулли, биномиальное, равномерное, нормальное, Пуассона)
    8. Неравенство Чебышева. Закон больших чисел. Центральная предельная теорема.

    Алгоритмы:

    (Предполагается владением одним из императивных языков программирования)

    1. Простейшие конструкции языка программирования. Циклы, ветвления, рекурсия.
    2. Анализ алгоритмов. Понятие о сложности по времени и по памяти. Асимптотика, О-символика.
    3. Массивы, стеки, очереди, связные списки. Сравнение временных затрат при различных типах операций.
    4. Сортировки. Нижняя теоретико-информационная оценка сложности задачи сортировки. Алгоритмы сортировки вставками, пузырьком, быстрая сортировка, сортировка слиянием. Оценка сложности.
    5. Задача поиска подстроки в строке. Оценка сложности.
    6. Графы, деревья. Поиск кратчайшего пути в графе. Оценка сложности.

    Математический анализ:

    1. Предел последовательности и функции. Замечательные пределы.
    2. Непрерывность функции в точке, непрерывные функции.
    3. Числовые ряды. Признаки сходимости. Абсолютно и условно сходящиеся ряды.
    4. Дифференцирование функций. Применение производной для нахождения экстремумов функций. Формула Тейлора, правило Лопиталя.
    5. Функции многих переменных. Частные производные. Градиент и его геометрический смысл. Гессиан. Метод градиентного спуска. Поиск экстремумов функций от многих переменных.
    6. Определенный и неопределенный интегралы. Методы интегрирования функций. Первообразные различных элементарных функций. Кратные интегралы (двойные, тройные), замена координат, связь с повторными.

    Линейная алгебра:

    1. Системы линейных уравнений. Прямоугольные матрицы. Приведение матриц и систем линейных уравнений к ступенчатому виду. Метод Гаусса.
    2. Линейная зависимость строк (столбцов) матрицы. Основная лемма о линейной зависимости, базис и ранг системы строк (столбцов). Ранг матрицы. Критерий совместности и определенности системы линейных уравнений в терминах рангов матриц. Фундаментальная система решений однородной системы линейных уравнений.
    3. Определитель квадратной матрицы, его основные свойства. Критерий равенства определителя нулю.
    4. Операции над матрицами и их свойства. Теорема о ранге произведения двух матриц. Определитель произведения квадратных матриц. Обратная матрица, ее явный вид (формула), способ выражения с помощью элементарных преобразований строк.
    5. Собственные вектора и собственные числа матрицы
        Подготовка
        Освежить или дополнить знания можно с помощью онлайн-курсов:

        Если вы считаете, что вам не хватает навыков программирования, то вам могут быть полезны онлайн-курсы:

        Для получения дополнительной практики в программировании алгоритмических задач можно также воспользоваться платформой Rosalind.
        Мы собрали для вас ответы на часто задаваемые вопросы.
        Если вы не нашли свой вопрос — пишите на info@bioinf.me.

        Подписаться на новости Института биоинформатики

        Программы по биоинформатике