Открыт приём заявок на 2019/20 учебный год

Программы по биоинформатике

Санкт-Петербург

Образовательные программы направленны на изучение биологических процессов с помощью современных вычислительных технологий.

Обучение проходит по двум направлениям: «Биоинформатика для биологов» и «Алгоритмическая биоинформатика». Занятия по субботам и вечерам. Можно совмещать с учёбой в вузе, профессиональной или научной деятельностью.
Ключевые даты

до 15 апреля

Завершить онлайн-курс и отправить анкету
до 30 июня

Пройти очное собеседование
7 сентября

Начать учёбный год

Формат
Полтора года по субботам и 1–2 вечера буднего дня. Лекции, семинары, научные проекты, хакатон и стажировки. Можно завершить обучение за один год.
Стоимость
Студентам и аспирантам 1-го года очной формы бесплатно. Выпускникам — 20 000 рублей в семестр. После сессии на «отлично» — семестр бесплатно.
Сертификат
При успешном окончании не менее двух семестров выдается сертификат Института биоинформатики о повышении квалификации.
Если у вас есть какие-либо вопросы по формату, программам или другим мероприятиям Института, можно задать их и лично пообщаться с кураторами Института на дне открытых дверей 3 апреля в 19:00.

Место проведения: Санкт-Петербург, ул. Кантемировская 2А, бизнес-центр «Таймс», 4 этаж
Программа дня открытых дверей
19:00 — Биоинформатика в примерах, Юрий Барбитов
19:30 — Программы и мероприятия Института, Екатерина Вяххи
19:45 — Истории выпускников
20:00 — Угощения и свободное общение
О программах
БИОЛОГАМ
ИНФОРМАТИКАМ
Программа «Биоинформатика для биологов» разработана для студентов и аспирантов биологических специальностей.

Для поступления нужно пройти онлайн-курс и заполнить анкету до 15 апреля 23:59. Приёмная комиссия рассмотрит заявку и, в случае одобрения, пригласит на собеседование.

Биоинформатика помогает биологам значительно ускорить профессиональный рост, а также решать интересные, сложные и нетривиальные научные задачи. Цель программы — отработка практических навыков программирования, статистического анализа, обработки данных и визуализации результатов.

Биологи научатся общаться на одном языке с техническими специалистами, грамотно ставить задачи, проверять полученные решения и эффективно работать вместе с программистами над улучшением и созданием удобных биоинформатических программ.

Зарегистрироваться на вступительный онлайн-курс
Поступление
Отбор проводится на конкурсной основе в три этапа:

Онлайн-курс по основам программирования на Python, R и работе в Linux.
Если вы уже проходили онлайн-курсы «Программирование на Python», «Введение в Linux» и «Анализ данных в R», то эти баллы вам зачтутся автоматически. Учитывайте, что на прохождение курса требуется время.

Заявка, ссылка на которую придет в ответ на пройденный онлайн-курс. Если вы её не обнаружите в почте в течение 1-2 дней, напишите на info@bioinf.me.
  • Мы ждем мотивированные заявки, с описанием того, для чего вам важно обучение на программе.
  • Обращаем внимание, что не все заявки проходят отбор.

Собеседование
  • В случае успешного прохождения первых двух первых этапов, мы пригласим вас на собеседование.
  • Собеседование длится полтора часа — час отводится на решение заданий и полчаса на общение с комиссией.

Примеры заданий на собеседовании:
  • ответить письменно на подобные вопросы;
  • ознакомиться со статьей (пример) и быть готовым ответить на вопросы по ее содержанию

Зарегистрироваться на вступительный онлайн-курс.
    Требования
    От вас ожидаются хорошо систематизированные знания генетики и клеточной биологии, молекулярных механизмов хранения, передачи и изменения наследственной информации, умение разбираться в принципах и методах генетической инженерии и биотехнологии в целом.

    Обычно успешные кандидаты — это студенты старших курсов, магистранты и начинающие аспиранты. В процессе учебы вам понадобится читать научные статьи на английском языке.
    Подготовка
    Освежить знания рекомендуем с помощью:

    Онлайн-курса «Mолекулярная биология и генетика».

    Литературы:
    Глик, Б. — Молекулярная биотехнология (2002),
    Щелкунов, С. — Генетическая инженерия (2004),
    Alberts, B. — Molecular biology of the cell (2008),
    Lodish, H. — Molecular Cell Biology (7th ed., 2012).


    Глоссария для биологов Института биоинформатики.
    Программа 2018/19
    Осенний семестр
    Программирование на Python (программа, слайды лекций)
    Статистика (программа)
    Дискретная математика (программа)
    Программирование на R (программа)
    Практикум по биоинформатике (программа, слайды лекций)
    Научный проект

    Весенний семестр
    Молекулярная эволюция и филогенетика (слайды лекций)
    Введение в машинное обучение
    Программирование на Python (слайды лекций)
    Journal club
    Анализ данных NGS (слайды лекций)
    Практикум по биоинформатике (программа, слайды лекций)
    Научный проект

    Летняя стажировка (факультативно, конкурсный отбор)
    Программа 2017/18
    Осенний семестр
    Программирование на Python
    Статистика для биологов
    Дискретная математика
    Язык R
    Научный проект

    Весенний семестр
    Программирование на Python
    Молекулярная филогения
    Journal Club
    Введение в машинное обучение
    Научный проект

    Подробная программа
    Летняя стажировка (факультативно, конкурсный отбор)
    Научные проекты
    Каждый студент Института биоинформатики во время обучения занимается несколькими научно-исследовательскими проектами.

    Проект подразумевает еженедельные встречи с руководителем, а также 5-10 часов в неделю самостоятельной работы.

    Руководят научными проектами ведущие специалисты из научных лабораторий и компаний в Санкт-Петербурге, работающих в области биоинформатики и биотехнологий: центре алгоритмической биотехнологии СПбГУ, JetBrains, EPAM и др. Ряд проектов курируют сотрудники научных организаций (СПбГУ, МГУ, ИГУ, Университет ИТМО, ПСПбГМУ им. академ. И.П. Павлова, НМИЦ Алмазова) и иностранные специалисты (UCSD, The George Washington University, University of La Verne, Purdue University)

    Примеры проектов: разработка алгоритмов хранения и обработки последовательностей, базы данных последовательностей, программы анализа сигнальных путей, моделирование структур белков и другие практические и теоретические задачи в биоинформатике.
    Программа «Алгоритмическая биоинформатика» разработана для студентов математических, информатических и прочих технических специальностей. Обучение включает углублённые курсы по алгоритмам и структурам данных, статистику, молекулярную биологию, биотехнологии и другие предметы, а также работу над научными проектами.

    Для поступления необходимо заполнить анкету и пройти вступительные онлайн-задания до 15 апреля 23:59. Приёмная комиссия рассмотрит заявку и, в случае одобрения, пригласит на собеседование.

    Для информатиков и математиков биоинформатика — это возможность:
    • приложить знания Сomputer Science к актуальным предметным областям — медицине, биологии и эволюции;
    • решать интересные и сложные алгоритмические задачи;
    • создавать программные инструменты для биологов и медиков;
    • применять свои знания для решения важнейших задач человечества, связанных со здоровьем, качеством и продолжительностью жизни людей и сделать реальный вклад в развитие наук о жизни.
    На программе студенты получат знания в биологии и генетике, необходимые для реализации проектов в сфере естественных наук, повысят подготовку по статистике и анализу данных.
    Поступление
    Отбор проводится на конкурсной основе в три этапа:

    Заявка
    • Мы ждем мотивированные заявки, с описанием того, для чего вам необходимо обучение на основной программе.
    • Обращаем внимание, что не все заявки проходят отбор.

    Онлайн-курс и 15 задач на Rosalind Bioinformatics Stronghold
    Ссылка на эти задания придет в ответ на заполненную анкету. Если вы его не обнаружите в почте в течение суток, напишите нам на info@bioinf.me. Если вы уже проходили онлайн-курсы: «Молекулярная биология и генетика», «Теория вероятностей» и «Математический анализ», а также и решали задачи на Rosalind, то эти баллы вам зачтутся автоматически.

    Собеседование
    В случае успешного прохождения двух первых этапов мы пригласим вас на собеседование.
    Собеседование длится полтора часа, из которых час отводится на решение заданий, а полчаса на общение с комиссией.

    Пример задания на собеседование:

    Подать заявку
    Требования
    Как правило, успешные кандидаты — это студенты старших курсов, магистранты и начинающие аспиранты.
    Кандидатам, поступающим на программу «Алгоритмическая биоинформатика» важно:

    1. Знать основы курса алгоритмы и структуры данных (списки, массивы, сортировки, деревья, хеширование и хеш-таблицы, алгоритмы на графах, алгоритмы на строках, оценка асимптотики памяти и времени работы алгоритма, динамическое программирование).

    2. Уметь программировать основные алгоритмы и выражать в коде свои идеи.

    3. Владеть основами:
    — теории вероятностей (зависимые и независимые события, условные вероятности, формула полной вероятности, теорема Байеса, математическое ожидание);
    — дискретной математики и комбинаторики (сочетания, перестановки, биномиальные коэффициенты, целочисленные последовательности, основы теории графов);
    — математической логики (отображения и отношения, эквивалентность, отношения порядка, кванторы, метод математической индукции), алгебры и теории чисел (группы, факторизация, алгоритм Евклида, теоремы Эйлера и Ферма, базис, размерность, ранг);
    — математического анализа (числовые ряды и сходимость, предел, асимптотические оценки, обозначения O( ) и o( ), непрерывность, производная, первообразная, определенный интеграл, нахождение экстремума функции, формула Тейлора).

    Подготовка
    Освежить или дополнить знания можно с помощью онлайн-курсов:

    Если вы считаете, что вам не хватает навыков программирования, то вам могут быть полезны онлайн-курсы:

    Для получения дополнительной практики в программировании алгоритмических задач можно также воспользоваться платформой Rosalind.
    Программа 2018/19 год
    Осенний семестр
    Молекулярная биология (программа, слайды лекций)
    Статистика (программа)
    Алгоритмы в биоинформатике (программа, слайды лекций)
    Практикум по биоинформатике (программа, слайды лекций)
    Научный проект

    Весенний семестр
    Молекулярная эволюция и филогенетика (слайды лекций)
    Статистика (материалы)
    Анализ данных NGS (слайды лекций)
    Машинное обучение
    Journal club
    Практикум по биоинформатике (программа, слайды лекций)
    Научный проект

    Летняя стажировка (факультативно, конкурсный отбор)
    Программа 2017/18 год
    Осенний семестр
    Молекулярная биология
    Статистика
    Алгоритмы в биоинформатике
    Научный проект

    Весенний семестр
    Биотехнологии
    Статистика
    Анализ данных NGS
    Сборка геномов
    Journal Club
    Научный проект

    Подробная программа учебного года находится по ссылке.

    Летняя стажировка (конкурсный отбор)
    Научные проекты
    Каждый студент Института биоинформатики во время обучения занимается несколькими научно-исследовательскими проектами.

    Проект подразумевает еженедельные встречи с руководителем, а также 5–10 часов в неделю самостоятельной работы.

    Руководят научными проектами ведущие специалисты из научных лабораторий и компаний в Санкт-Петербурге, работающих в области биоинформатики и биотехнологий: центре алгоритмической биотехнологии СПбГУ, JetBrains, EPAM и др. Ряд проектов курируют сотрудники научных организаций (СПбГУ, МГУ, ИГУ, Университет ИТМО, ПСПбГМУ им. академ. И.П. Павлова, НМИЦ Алмазова) и иностранные специалисты (UCSD, The George Washington University, University of La Verne, Purdue University)

    Примеры проектов: разработка алгоритмов хранения и обработки последовательностей, базы данных последовательностей, программы анализа сигнальных путей, моделирование структур белков и другие практические и теоретические задачи в биоинформатике.
    Мы собрали для вас ответы на часто задаваемые вопросы.
    Если вы не нашли свой вопрос — пишите на info@bioinf.me.

    Подписаться на новости Института биоинформатики
    Открыт приём заявок на 2019/20 учебный год

    Программы по биоинформатике