Программы по биоинформатике

Санкт-Петербург

Набор на 2019/20 учебный год в Санкт-Петербурге закрыт.
Подписывайтесь на новости, чтобы не пропустить открытие набора 2020/21!

Подписаться на новости Института биоинформатики
Образовательные программы направленны на изучение биологических процессов с помощью современных вычислительных технологий.

Обучение проходит в Санкт-Петербурге по двум направлениям: «Биоинформатика для биологов» и «Алгоритмическая биоинформатика». Занятия по субботам и вечерам. Можно совмещать с учёбой в вузе, профессиональной или научной деятельностью.
Ключевые даты

до 15 апреля

Прием заявок закрыт
до 30 июня

Пройти очное собеседование
7 сентября

Начать учебный год
Формат
Полтора года по субботам и 1–2 вечера в будни. Лекции, семинары, научные проекты, хакатон и стажировки. Можно завершить обучение за один год.
Стоимость
Студентам и аспирантам 1-го года очной формы бесплатно. Выпускникам — 20 000 рублей в семестр. После сессии на «отлично» — семестр бесплатно.
Сертификат
При успешном окончании не менее двух семестров выдается сертификат о повышении квалификации Института биоинформатики.
О программах
БИОЛОГАМ
ИНФОРМАТИКАМ
Программа «Биоинформатика для биологов» разработана для студентов и аспирантов биологических специальностей.

Биоинформатика помогает биологам значительно ускорить профессиональный рост, а также решать интересные, сложные и нетривиальные научные задачи. Цель программы — отработка практических навыков программирования, статистического анализа, обработки данных и визуализации результатов.

Биологи научатся общаться на одном языке с техническими специалистами, грамотно ставить задачи, проверять полученные решения и эффективно работать вместе с программистами над улучшением и созданием удобных биоинформатических программ.
Поступление
Отбор проводится на конкурсной основе в три этапа:

Онлайн-курс по основам программирования на Python, R и работе в Linux.
Если вы уже проходили онлайн-курсы «Программирование на Python», «Введение в Linux» и «Анализ данных в R», то эти баллы вам зачтутся автоматически. Учитывайте, что на прохождение курса требуется время.

Заявка, ссылка на которую придет в ответ на пройденный онлайн-курс.
  • Мы ждем мотивированные заявки, с описанием того, для чего вам важно обучение на программе.
  • Обращаем внимание, что не все заявки проходят отбор.

Собеседование
  • В случае успешного прохождения первых двух первых этапов, мы пригласим вас на собеседование.
  • Собеседование длится полтора часа — час отводится на решение заданий и полчаса на общение с комиссией.

Примеры заданий на собеседовании:
  • ответить письменно на подобные вопросы;
  • ознакомиться со статьей (пример) и быть готовым ответить на вопросы по ее содержанию

В этом году собеседование разделено на две части: письменное тестирование и устное общение с комиссией.
На письменном тестировании абитуриент в течение 1 часа отвечает на вопросы, аналогичные примеру. В случае успешной сдачи письменного теста абитуриент приглашается на устное общение с комиссией. Перед собеседованием абитуриент читает статью, аналогичную примеру, и готовит ответы на 1-2 вопроса по ней.
    Требования
    От вас ожидаются хорошо систематизированные знания генетики и клеточной биологии, молекулярных механизмов хранения, передачи и изменения наследственной информации, умение разбираться в принципах и методах генетической инженерии и биотехнологии в целом.

    Обычно успешные кандидаты — это студенты старших курсов, магистранты и начинающие аспиранты. В процессе учебы вам понадобится читать научные статьи на английском языке.
    Подготовка
    Освежить знания рекомендуем с помощью:

    Онлайн-курса «Mолекулярная биология и генетика».

    Литературы:
    Глик, Б. — Молекулярная биотехнология (2002),
    Щелкунов, С. — Генетическая инженерия (2004),
    Alberts, B. — Molecular biology of the cell (2008),
    Lodish, H. — Molecular Cell Biology (7th ed., 2012).


    Глоссария для биологов Института биоинформатики.
    Программа 2019/20
    Осенний семестр
    Программирование на Python (программа)
    Статистика
    Дискретная математика (программа)
    Командная строка (программа)
    Программирование на R
    Практикум по биоинформатике (программа)
    Научный проект

    Весенний семестр
    Молекулярная эволюция и филогенетика
    Введение в машинное обучение
    Программирование на Python
    Journal club
    Анализ данных NGS
    Практикум по биоинформатике
    Научный проект

    Летняя стажировка (факультативно, конкурсный отбор)

    Осенний семестр
    Эпигенетика
    Экспрессия генов
    Протеомика
    Иммуногеномика
    Научный проект
    Программа 2018/19
    Осенний семестр
    Программирование на Python (программа, слайды лекций)
    Статистика (программа)
    Дискретная математика (программа)
    Программирование на R (программа)
    Практикум по биоинформатике (программа, слайды лекций)
    Научный проект

    Весенний семестр
    Молекулярная эволюция и филогенетика (программа, слайды лекций)
    Введение в машинное обучение (программа)
    Программирование на Python (программа, слайды лекций)
    Journal club (программа)
    Анализ данных NGS (программа, слайды лекций)
    Практикум по биоинформатике (программа, слайды лекций)
    Научный проект

    Летняя стажировка (факультативно, конкурсный отбор)

    Осенний семестр
    Эпигенетика
    Экспрессия генов
    Протеомика
    Иммуногеномика
    Научный проект
    Программа 2017/18
    Осенний семестр
    Программирование на Python
    Статистика для биологов
    Дискретная математика
    Язык R
    Научный проект

    Весенний семестр
    Программирование на Python
    Молекулярная филогения
    Journal Club
    Введение в машинное обучение
    Научный проект

    Подробная программа
    Летняя стажировка (факультативно, конкурсный отбор)
    Научные проекты
    Каждый студент Института биоинформатики во время обучения занимается несколькими научно-исследовательскими проектами.

    Проект подразумевает еженедельные встречи с руководителем, а также 5-10 часов в неделю самостоятельной работы.

    Руководят научными проектами ведущие специалисты из научных лабораторий и компаний в Санкт-Петербурге, работающих в области биоинформатики и биотехнологий: центре алгоритмической биотехнологии СПбГУ, JetBrains, EPAM и др. Ряд проектов курируют сотрудники научных организаций (СПбГУ, МГУ, ИГУ, Университет ИТМО, ПСПбГМУ им. академ. И.П. Павлова, НМИЦ Алмазова) и иностранные специалисты (UCSD, The George Washington University, University of La Verne, Purdue University)

    Примеры проектов: разработка алгоритмов хранения и обработки последовательностей, базы данных последовательностей, программы анализа сигнальных путей, моделирование структур белков и другие практические и теоретические задачи в биоинформатике.
    Программа «Алгоритмическая биоинформатика» разработана для студентов математических, информатических и прочих технических специальностей. Обучение включает углублённые курсы по алгоритмам и структурам данных, статистику, молекулярную биологию, биотехнологии и другие предметы, а также работу над научными проектами.

    Для информатиков и математиков биоинформатика — это возможность:
    • приложить знания Сomputer Science к актуальным предметным областям — медицине, биологии и эволюции;
    • решать интересные и сложные алгоритмические задачи;
    • создавать программные инструменты для биологов и медиков;
    • применять свои знания для решения важнейших задач человечества, связанных со здоровьем, качеством и продолжительностью жизни людей и сделать реальный вклад в развитие наук о жизни.
    На программе студенты получат знания в биологии и генетике, необходимые для реализации проектов в сфере естественных наук, повысят подготовку по статистике и анализу данных.
    Поступление
    Отбор проводится на конкурсной основе в три этапа:

    Заявка
    • Мы ждем мотивированные заявки, с описанием того, для чего вам необходимо обучение на основной программе.
    • Обращаем внимание, что не все заявки проходят отбор.

    Онлайн-курс и 15 задач на Rosalind Bioinformatics Stronghold
    Ссылка на эти задания придет в ответ на заполненную анкету. Если вы уже проходили онлайн-курсы: «Молекулярная биология и генетика», «Теория вероятностей» и «Математический анализ», а также и решали задачи на Rosalind, то эти баллы вам зачтутся автоматически.

    Собеседование
    В случае успешного прохождения двух первых этапов мы пригласим вас на собеседование.
    Собеседование длится полтора часа, из которых час отводится на решение заданий, а полчаса на общение с комиссией.

    Пример задания на собеседование:

    В этом году собеседование разделено на две части: письменное тестирование и устное общение с комиссией.На письменном тестировании абитуриент в течение 1 часа отвечает на вопросы, аналогичные примеру. В случае успешной сдачи письменного теста абитуриент приглашается на устное общение с комиссией.
    Требования
    Как правило, успешные кандидаты — это студенты старших курсов, магистранты и начинающие аспиранты.
    Кандидатам, поступающим на программу «Алгоритмическая биоинформатика» важно:

    1. Знать основы курса алгоритмы и структуры данных (списки, массивы, сортировки, деревья, хеширование и хеш-таблицы, алгоритмы на графах, алгоритмы на строках, оценка асимптотики памяти и времени работы алгоритма, динамическое программирование).

    2. Уметь программировать основные алгоритмы и выражать в коде свои идеи.

    3. Владеть основами:
    — теории вероятностей (зависимые и независимые события, условные вероятности, формула полной вероятности, теорема Байеса, математическое ожидание);
    — дискретной математики и комбинаторики (сочетания, перестановки, биномиальные коэффициенты, целочисленные последовательности, основы теории графов);
    — математической логики (отображения и отношения, эквивалентность, отношения порядка, кванторы, метод математической индукции), алгебры и теории чисел (группы, факторизация, алгоритм Евклида, теоремы Эйлера и Ферма, базис, размерность, ранг);
    — математического анализа (числовые ряды и сходимость, предел, асимптотические оценки, обозначения O( ) и o( ), непрерывность, производная, первообразная, определенный интеграл, нахождение экстремума функции, формула Тейлора).

    Подготовка
    Освежить или дополнить знания можно с помощью онлайн-курсов:

    Если вы считаете, что вам не хватает навыков программирования, то вам могут быть полезны онлайн-курсы:

    Для получения дополнительной практики в программировании алгоритмических задач можно также воспользоваться платформой Rosalind.
    Программа 2019/20
    Осенний семестр
    Молекулярная биология (программа)
    Базовый курс теории вероятностей (программа)
    Алгоритмы в биоинформатике (программа)
    Практикум по биоинформатике (программа)
    Научный проект

    Весенний семестр
    Молекулярная эволюция и филогенетика
    Статистика
    Анализ данных NGS
    Машинное обучение
    Journal club
    Практикум по биоинформатике
    Научный проект

    Летняя стажировка (факультативно, конкурсный отбор)

    Осенний семестр
    Эпигенетика
    Экспрессия генов
    Протеомика
    Иммуногеномика
    Научный проект
    Программа 2018/19
    Осенний семестр
    Молекулярная биология (программа, слайды лекций)
    Статистика (программа)
    Алгоритмы в биоинформатике (программа, слайды лекций)
    Практикум по биоинформатике (программа, слайды лекций)
    Научный проект

    Весенний семестр
    Молекулярная эволюция и филогенетика (программа, слайды лекций)
    Статистика (материалы)
    Анализ данных NGS (программа, слайды лекций)
    Машинное обучение (программа, слайды лекций, задания)
    Journal club (программа)
    Практикум по биоинформатике (программа, слайды лекций)
    Научный проект

    Летняя стажировка (факультативно, конкурсный отбор)

    Осенний семестр
    Эпигенетика
    Экспрессия генов
    Протеомика
    Иммуногеномика
    Научный проект
    Программа 2017/18
    Осенний семестр
    Молекулярная биология
    Статистика
    Алгоритмы в биоинформатике
    Научный проект

    Весенний семестр
    Биотехнологии
    Статистика
    Анализ данных NGS
    Сборка геномов
    Journal Club
    Научный проект

    Подробная программа учебного года находится по ссылке.

    Летняя стажировка (конкурсный отбор)
    Научные проекты
    Каждый студент Института биоинформатики во время обучения занимается несколькими научно-исследовательскими проектами.

    Проект подразумевает еженедельные встречи с руководителем, а также 5–10 часов в неделю самостоятельной работы.

    Руководят научными проектами ведущие специалисты из научных лабораторий и компаний в Санкт-Петербурге, работающих в области биоинформатики и биотехнологий: центре алгоритмической биотехнологии СПбГУ, JetBrains, EPAM и др. Ряд проектов курируют сотрудники научных организаций (СПбГУ, МГУ, ИГУ, Университет ИТМО, ПСПбГМУ им. академ. И.П. Павлова, НМИЦ Алмазова) и иностранные специалисты (UCSD, The George Washington University, University of La Verne, Purdue University)

    Примеры проектов: разработка алгоритмов хранения и обработки последовательностей, базы данных последовательностей, программы анализа сигнальных путей, моделирование структур белков и другие практические и теоретические задачи в биоинформатике.
    3 апреля 2019 проходил день открытых дверей Института в Санкт-Петербурге. На встрече можно было задать вопросы по программам и мероприятиям, а также лично пообщаться с кураторами и выпускниками.

    Видеозапись и слайды доступны на Youtube-канале Института биоинформатики.
    Мы собрали для вас ответы на часто задаваемые вопросы.
    Если вы не нашли свой вопрос — пишите на info@bioinf.me.

    Подписаться на новости Института биоинформатики

    Программы по биоинформатике

    Санкт-Петербург