Выпускники

2022/23 год обучения

Занимаюсь геномным редактированием вишни во ВНИИ Сельскохозяйственной Биотехнологии, интересуюсь биотехнологией растений, молекулярной биологией и анализом геномов. Хобби: изучение иностранных языков.

Проект: SNP Grouping and evaluation of epistatic interaction for phenotypic traits in agricultural plants
Руководители: Елена Григорьева, Лаврентий Данилов

Выпускница НИИ медицинской генетики ТНИМЦ, врач–лабораторный генетик, интерпретатор NGS-данных. Научные интересы: структурная вариабельность генома при многофакторных болезнях, вклад CNV в развитие сердечно-сосудистых заболеваний.

Проект: Comparison of genotype-to-phenotype relations in mouse and human
Руководитель: Юрий Барбитов

Закончила кафедры биохимии (бакалавриат), цитологии и гистологии (магистратура) на биологическом факультете СПбГУ. Некоторые научно–исследовательские проекты, над которыми удалось поработать: моделирование фибриллогенеза транстиретина в культурах эукариотических клеток; регуляция экспрессии гена ABCA1 при оксидативном стрессе в клетках гепатомы человека HepG2; исследования частот встречаемости полиморфизмов HNA и HPA у доноров крови и пациентов с гематологическими заболеваниями. Несколько лет назад перешла в индустрию: разрабатывала тест-системы на основе ПЦР в реальном времени. В настоящий момент работаю в компании, занимающейся разработкой и производством тест-систем, основанных на технологии высокопроизводительного секвенирования (NGS). Профессиональные интересы сосредоточены в области биоинформатики и молекулярной биологии.

Проект: Global gene expression of NSCLC TIL
Руковолитель: Екатерина Есаулова

Студент 5 курса специалитета Первого МГМУ им. Сеченова по направлению Биоинженерия и биоинформатика. В настоящий момент занимаюсь математической моделью взаимодействия и конкуренции РНК-полимераз. Научные интересы: single-cell подходы, машинное обучение и нейросети в медицине. Из ненаучного: дайвинг, треккинг, путешествия (по крайней мере были), театр.

Проект: Optimizing the search for significant SNPs associated with important agronomic traits in plants
Руководители: Елена Григорьева, Лаврентий Данилов

Область научных интересов — эпигенетика.

Проект: Pervasive duplication of tumor suppressors in Afrotherians during the evolution of large bodies and reduced cancer risk
Руководитель: Юрий Маловичко

Занимаюсь изучением систем CRISPR-Cas первого типа in vivo, в частности типов I-E и I-C с применением NGS. Также интересуюсь применением методов математического моделирования к биологическим задачам.

Проект: Development of in silico models of metagenomic communities with given properties and a pipeline for their generation
Руководители: Артем Иванов, Владимир Ульянцев

Текущее место работы: МГУ, ИИ в биоинформатике и медицине

Студент 4 курса факультета естественных наук Новосибирского Государственного Университета, дипломная работа посвящена дизайну биолюминесцентого белка целентеразина с новыми физико–химическими свойствами с использованием методов мутагенеза и молекулярного моделирования. Научные интересы: белковый дизайн, иммуноинформатика, deep learning. Увлечение: функциональные тренировки, бег.

Проект: Sufficient mutation landscape for machine learning of antibody binding
Руководитель: Дарья Балашова

Я занимаюсь биологией симбиотических систем. Моллюски рода Littorina и их взаимодействие с прокариотами моя модель для анализа феномена симбиоза. Сейчас мое исследование направлено на выяснение механизмов и последствий взаимодействия литторин и прокариот с привлечением масс-спектрометрии и метагеномики.

Проект: Comparative transcriptomic analysis of the abdominal ganglia of the hermit crabs Pagurus minutus, non-infected and parasitised by Peltogaster reticulata ("Crustacea": Rhizocephala)
Руководители: Максим Нестеренко, Алексей Миролюбов

Студент–магистр Биологического факультета СПбГУ. Выпускник бакалавриата СПбГТИ(ТУ) по специальности Молекулярная биотехнология. Работаю в лаборатории «Клеточных механизмов гомеостаза крови» ИЭФБ РАН, где занимаюсь разработкой методов анализа деформационно-функциональных характеристик эритроцитов и диагностики гематологических заболеваний, а также исследованием анемий, индуцируемых противоопухолевыми агентами.

Проект: Hybrid assembly of the Myodes centralis genome
Руководители: Ольга Бондарева, Геннадий Захаров, Сергей Бодров

Студентка магистратуры направления Биофизика в Санкт-Петербургском политехническом университете. Участвую в исследованиях механизмов деления бактерий. Сфера научных интересов: исследования свойств и взаимодействий белков цитоскелета различных видов бактерий.

Проект: Comparative transcriptomic analysis of the abdominal ganglia of the hermit crabs Pagurus minutus, non-infected and parasitised by Peltogaster reticulata (“Crustacea": Rhizocephala)
Руководители: Максим Нестеренко, Алексей Миролюбов

Выпускница бакалавриата факультета биологической и медицинской физики МФТИ. Работаю больше года в Институте молекулярной биологии им. В. А. Энгельгардта в лаборатории регуляции внутриклеточного протеолиза. Мои научные интересы заключены вокруг исследования поведения иммунных протеасом при различных патологиях: онкологических, нейродегенеративных, аутоиммунных заболеваниях. Помимо науки люблю фотографировать на пленку, кататься на сноуборде и путешествовать.

Проект: Sufficient mutation landscape for machine learning of antibody binding
Руководитель: Дарья Балашова

Выпускница кафедры Зоологии Беспозвоночных, Биологического факультета МГУ. Сейчас занимаюсь экологией моря и побережий.

Проект: Spatial mapping of potential enzymes encoded in the global ocean microbiome
Руководители: Erik Zhivkoplias

Бакалавриат и магистратуру закончила в Санкт-Петербургском политехническом университете Петра Великого. Тема магистерской диссертации «Экспрессия генов оментина–1 и транскрипционного фактора PPARγ в эпикардиальной и подкожной жировой ткани у пациентов с ишемической болезнью сердца». На данный момент аспирант ПСПбГМУ им. акад. И.П. Павлова. Исследовательская работа посвящена изучению влияния экстраклеточных везикул жировой ткани на обратный транспорт холестерина.

Проект: Re-analysis of the public dataset: comparison and evaluation of T cells in paired tumor and normal lung single cell samples
Руководитель: Екатерина Есаулова

Работаю младшим научным сотрудником в лаборатории направления генетика ЦГиНЖ НТУ Сириус, учусь в аспирантуре Сириуса. В рамках своей диссертации занимаюсь изучением эпигенетики агрессивного поведения.

Проект: The diversity of opsins in Lake Baikal amphipods (Amphipoda: Gammaridae)
Руководитель: Полина Дроздова

Проект: The reproducibility of the Crustacean phylogenetic analyses on open source data
Руководитель: Полина Дроздова

В настоящее врем работаю в двух научных лабораториях. В ИВНДиНФ РАН мы занимаемся исследованием дифференциальной экспрессии нейронов первичной культуры гиппокампа крысят в ответ на активацию пикротоксином методом секвенирования кДНК на матрице полноразмерных мРНК на платформе Oxford Nanopore (MinION). Также в рамках данного проекта мы ведём поиск альтернативных сплайс-вариантов мРНК в ответ на воздействие пикротоксином в течение разных временных промежутков. В лаборатории центра Гамалеи Минздрава России участвую в проектах по разработке мРНК вакцинных платформ и платформ на основе вируса жёлтой лихорадки против вирусных инфекций. Среди моих научных интересов генная инженерия и NGS и их безграничные возможности для изучения живого.

Проект: SNP Grouping and evaluation of epistatic interaction for phenotypic traits in agricultural plants
Руководители: Елена Григорьева, Лаврентий Данилов

Студент бакалавриата направления 19.03.01 «Биотехнологии», ОП – Биомедицинские технологии. Научные интересы: нейробиология, нейробиофизика, молекулярная биология, биоинформатика, системы диагностики нейродегенеративных заболеваний (фМРТ, МРС, различные импульсные последовательности МРТ).

Проект: Pervasive duplication of tumor suppressors in Afrotherians during the evolution of large bodies and reduced cancer risk
Руководитель: Юрий Маловичко

Закончила магистратуру по биологии в ЮФУ. Изначально я молекулярный биолог растений, исследовала структурно–функциональную организацию пластидного генома и особенности ядерно–цитоплазматических взаимодействий у хлорофилл дефицитных мутантов подсолнечника с внеядерным типом наследования. Год назад решила переквалифицироваться на биоинформатика. Училась и писала магистерскую ВКР в Институте белка РАН. Проводила биоинформатический анализ специфичности взаимодействия белка YB-1 с ДНК in vitro и in vivo.

Проект: dipQUAST: quality assessment tool for diploid genome assemblies
Руководитель: Алексей Гуревич

Выпускник бакалавриата кафедры генетики и клеточной биологии Томского Государственного Университета. Научная работа связана с изучением ферментативных параметров белка системы репарации ДНК. Сфера научных интересов охватывает молекулярную биологию (особенно интересны механизмы сигнальных каскадов в клетке), биохимию. Кроме науки, увлекаюсь бадминтоном, аквариумистикой, люблю путешествовать.

Проект: Development of a tool for analysis of protein families
Руководитель: Степан Овчинников

Выпускница биоинженерии и биоинформатики БФУ им. И. Канта, лаборант-исследователь Центра геномных исследований. Занимаюсь изучением изменчивости мтДНК нематод, также участвую в проекте по поиску и анализу детерминант митохондриальной гетероплазмии пожилых людей в качестве молекулярного биолога. Научные интересы: эволюция и мутагенез мтДНК, генная инженерия. Хобби: ролевые игры живого действия, театр.

Проект: Pervasive duplication of tumor suppressors in Afrotherians during the evolution of large bodies and reduced cancer risk
Руководитель: Юрий Маловичко

Учусь в Jacobs university в Германии по направлению «Biochemistry and Cell Biology». До переезда в Германию я работала лаборантом-исследователем в Институте цитологии РАН. Наша лаборатория занималась редокс биологией стволовых клеток. Интересы: клеточная биология, молекулярная биология.

Проект: RNA-seq Analysis of Senescent Mesenchymal Stem Cells
Руководитель: Юлия Иванова

Выпускница кафедры зоологии беспозвоночных СПбГУ. Сотрудница Зоологического института РАН. Занимаюсь корнеголовыми ракообразными и особенностями их взаимодействия с нервной системой хозяина с помощью как стандартных морфологических, так и с помощью молекулярных методов (протеомный анализ). Люблю свою кошку и айкидо.

Проект: Comparative transcriptomic analysis of the abdominal ganglia of the hermit crabs Pagurus minutus, non-infected and parasitised by Peltogaster reticulata ("Crustacea": Rhizocephala)
Руководители: Максим Нестеренко, Алексей Миролюбов

Выпускница СПбГМУ им. Павлова (лечебное дело) и University of East Anglia (молекулярная биология). Работаю и прохожу аспирантуру в Институте цитологии РАН, в лаборатории моделирования мембран и ионных каналов. Научные интересы: анализ данных, молекулярная биология.

Проект: Antibacterial action of amyloidogenic peptide R23I on proteome of T. thermophilus
Руководитель: Оксана Гальзицкая

Закончила бакалавриат СПбГУ, поступаю туда же в магистратуру. Работаю над проектами, связанными с изучением трансляции у дрожжей и геномным редактированием.

Проект: Cell types annotation of cycling T lymphocytes in the tumor microenvironment
Руководитель: Сергей Исаев

Студентка магистратуры Сколтеха, направление «Науки о жизни». Магистерская диссертация посвящена роли транскрипционных факторов с неструктурированными доменами в активации транскрипции. Научные интересы: 3D-геномика, эпигенетика, регуляция транскрипции, анализ омиксных данных.

Проект: Optimizing the search for significant SNPs associated with important agronomic traits in plants
Руководители: Елена Григорьева, Лаврентий Данилов

Аспирант Института Биологии Развития. Занимаюсь разработкой систем искусственного сперматогенеза.

Проект: Search for markers of the Sertoli-like cell population we discovered
Руководитель: Елена Новикова

Работаю на биологическом факультете МГУ им. М.В. Ломоносова в лаборатории эндокринологии. Моя работа в бакалавриате была посвящена исследованию различию экспрессии субъединиц Na/K-АТФазы в структурах почки крыс при обструктивном холестазе на фоне гиперпролактинемии; моя работа в магистратуре была посвящена изучению зависимости от пола и солёности воды профилей экспрессии генов пролактинов и его рецепторов в мозге и осморегуляторных органах особей трёхиглой колюшки G. aculeatus. В аспирантуре и в настоящее время я продолжаю исследовать профили экспрессии генов самок и самцов трёхиглой колюшки в различных полевых условиях.

Проект: Comparison of genotype-to-phenotype relations in mouse and human
Руководитель: Юрий Барбитов

Студентка биологического факультета СПбГУ, занимаюсь изучением динамики плюрипотентности в лаборатории молекулярной биологии стволовых клеток в ИНЦ РАН. Помимо науки пытаюсь разобраться в изобразительном, архитектурном исскустве и фитодизайне.

Проект: Interactions in multi-layer biological networks
Руководитель: Юрий Барбитов

Закончила специалитет медико-биологического факультета РНИМУ им. Н.И.Пирогова по специальности медицинская биохимия. 2 года работала в лаборатории эпигенетики МГНЦ. Научная работа посвящена диагностике точковых мутаций с малой представленностью патогенного аллеля. Область научных интересов: молекулярная биология, клиническая и лабораторная генетика. Хобби: путешествия, горные лыжи и настольные игры с друзьями.

Проект: Non-canonical start-codons and where to find them
Руководитель: Ольга Бочкарева

Окончила аграрный факультет РУДН по специальности «Ветеринария». Научные интересы: эпигенетические аспекты в медицине и наследование эпигенетической информации, а также технологии редактирования генома. Люблю интересные задачи по программированию на Python. Увлекаюсь авиацией, люблю волейбол, настольный теннис, горные лыжи, ролики; много читаю.

Проект: Analysis of the genetic changes effect on the manifestation of the prion-like factor [MCS +] in Saccharomyces cerevisiae strains
Руководители: Лаврентий Данилов, Александр Рубель

Выпускник Университета ИТМО по направлению Молекулярная биология и биотехнология. Работаю в лаборатории «Передовые технологии нуклеиновых кислот в генной терапии рака».

Проект: DNsorder: An Application for Designing DNAzymes Sensors Detection of Nucleic Acids

Текущее место работы: Геноаналитика

Студент медицинского факультета Кыргызско–Российского Славянского университета им. Ельцина. Научные интересы: молекулярная биология, геронтология, биоинформатика.

Проект: Non-canonical start-codons and where to find them
Руководитель: Ольга Бочкарева

Бакалавр 4 курса СПбПУ им. Петра Великого направления биотехнические системы и технологии. Являюсь сотрудником НИЛ «Математическая биология и биоинформатика». В данный момент занимаемся изучением взаимодействия паразит–хозяин на примере фузариозного заражения льна.

Проект: Host-pathogen interaction in Fusarium infection of flax
Руководители: Анастасия Самсонова, Александр Канапин

Аспирантка Томского Политехнического Университета. Научные интересы: геномное редактирование, тканевая инженерия. Участвую в выполнении исследовательской работы, направленной на выявление механизмов приобретения стволовости опухолевыми клетками. А также занимаюсь диссертационным исследованием, связанным с исследованием дифференцировки мезенхимальных стволовых клеток под воздействием магнитного поля.

Проект: Taxonomy of the genus Serratia
Руководители: Кирилл Антонец, Антон Шиков

Студентка направления «Медицинская биохимия» ПМГМУ им.И.М. Сеченова, работаю в Лаборатории анализа постгеномных данных Института биомедицинской химии. Занимаемся сравнением экспрессии генов с помощью методов секвенирования ONT и Illumina HiSeq применительно к клеткам печени здоровых доноров и линии карциномы человека HepG2. Принимаю участие в поиске метаболомных маркеров ожирения. Научные интересы: общая и клиническая биохимия, генетика человека, фармакодинамика. Другие увлечения: джаз, мифология, прогулки и путешествия.

Проект: Meat wars: omics for antibacterial production safety
Руководитель: Екатерина Ильгисонис

Студент-биолог в РГПУ им. А.И.Герцена. Пишу диплом в области нейроморфологии в ИЭМ. Интересы: физиология ВНД (особенно памяти) морфология и генетика ЦНС, микроскопия, цифровое зрение, психофармакология.

Проект: Prediction of response to melanoma immunotherapy using gut metagenomic data
Руководитель: Евгений Олехнович

Выпускник лечебного дела ФФМ МГУ 2021. Ординатор 1-го года по специальности неврология ФФМ МГУ. Научная работа связана с поиском новых методов диагностики лобно-височной деменции. Научные интересы: биоинформатика, молекулярная биология, нейродегенеративные заболевания и нейровизуализация.

Проект: Analysis of developmental gene expression dynamics during anterior and posterior regeneration of Platynereis dumerilii (Nereididae, Annelida) and Pygospio elegans (Spionidae, Annelida).
Руководители: Елена Новикова, Максим Нестеренко

Выпускница Биофака МГУ, кафедры физиологии человека и животных. Сейчас работаю в Bostongene аналитиком. Научные интересы: нейробиология, молекулярная биология, иммунология. Из увлечений: иностранные языки.

Проект: Amino acid transfer learning for antibody binding prediction
Руководитель: Дарья Балашова

Являюсь студенткой бакалавриата Pompey Fabra University по Биоинформатике. Работала в Сколтехе, в лаборатории метагеномов, изучала систему бактериального иммунитета PARIS. Ранее изучала эмбриональный скейлинг на модели Nematostella vectensis в лаборатории молекулярных основ эмбриогенеза ИБХ. Научные интересы: молекулярное моделирование и машинное обучение в науках о жизни, геномика. Хобби: походы и путешествия, алтимат фрисби.

Проект: Development of in silico models of metagenomic communities with given properties and a pipeline for their generation
Руководители: Артем Иванов, Владимир Ульянцев