Выпускники

2020/21 год обучения
Биоинформатика для биологов
Алгоритмическая биоинформатика
Все выпускники этого направления прослушали курсы:
- Дискретная математика
- Программирование на Python
- Программирование на R
- Основы Linux
- Статистика
- Семинары по биоинформатике
- Практикум по биоинформатике
- Молекулярная филогенетика
- Анализ данных NGS
- Введение в машинное обучение

Обучение в 2020-2021 годах проходило в онлайн формате. Обязательной частью обучения было выполнение научно-исследовательского проекта в осеннем семестре. Выполнение проекта в весеннем семестре и летняя стажировка проводилась по желанию.

Андреев Александр
Cанкт-Петербург, СПбГЛТУ, кафедра почвоведения и лесных культур
О себе: Выполняет работу в ВИРе. Исследование посвящено закономерностям географического распространения и процессов видообразования у ели ( Picea L .) на территории Российской Федерации с использованием методов молекулярного маркирования. Научные интересы: молекулярная биология, цитология, ботаника, генетика растений, биоинфориатика. Другие интересы: программирование, математическая статистика, аквариумистика, преподавательская деятельность.

Проект осеннего семестра:
Сборка органельного генома растений на примере Ели европейской и видов рода Ирис
Руководитель — Лаврентий Данилов, Михаил Райко (Институт биоинформатики)
Проект весеннего семестра:
Поиск структурных вариаций для улучшения сборки немодельных геномов
Руководитель — Татьяна Татаринова (University of La Verne)

Андреева Дарья
Cанкт-Петербург,
СПбГУ, кафедра цитологии и гистологии
О себе: Студентка биологического факультета СПбГУ. Научная работа связана с изучением биофизики белковых взаимодействий актин-миозиновой системы. Научные интересы: цитология, биофизика, посттрансляционные модификации.
Увлечения: иностранные языки (в частности японский и немецкий), плавание, посткроссинг.

Проект осеннего семестра
:
Заболеваемость и выживаемость пациентов с раком пищевода в России
Руководитель — Лаврентий Данилов (Институт биоинформатики)
Проект весеннего семестра:
Bioinformatics analysis of E3 ubiquitin ligase family
Руководитель — Petr Popov (Skoltech)

Гайнова Кристина
Москва,
МГУ, кафедра молекулярной биологии
О себе: Выпускница МГУ имени М. В. Ломоносова, кафедра молекулярной биологии. Научная работа посвящена изучению ДНК-связывающих свойств транскрипционного фактора Kaiso, в частности определению участков связывания белка в полногеномном масштабе и его влияния на транскриптом. Сфера научных интересов: молекулярная биология, иммунология, биоинформатика, эпигенетика, генетика старения, канцерогенез.

Проект осеннего семестра
:
Сравнение методов анализа дифференциальной экспрессии генов для данных RNA-seq
Руководитель — Лаврентий Данилов, Михаил Райко (Институт биоинформатики)

Гладков Григорий
Cанкт-Петербург, ВНИИСХМ
О себе: Ампликонное секвенирование почвенных микроорганизмов. Метагеномика прокариот. Анализ данных высокопроизводительного секвенирования. Экология почвенных микроорганизмов в повреждённых почвах, роль почвенной микробиоты в эволюции почвы. Деградация целлюлозы. Устойчивость бобовых к тяжёлым металлам, ремедиация почв после загрязнения тяжёлыми металлами.

Проект осеннего семестра
:
Аннотация метагеномов микробных целлюлолитических сообществ
Руководитель — Лаврентий Данилов, Михаил Райко (Институт биоинформатики)

Данько Катерина
Cанкт-Петербург,
СПбГУ, кафедра биохимии
О себе: Работает в Институте Экспериментальной Медицины в Лаборатории регуляции липидного обмена. Изучает фундаментальные механизмы развития атеросклероза, в частности, роль белка аполипопротеина А1 в поляризации макрофагов. Научные интересы: Молекулярная и клеточная биология, биохимия, иммунология.

Проект осеннего семестра:
Сравнение дифференциальной экспрессии генов у полевочьих из разных ниш
Руководитель — Надежда Потапова, Ольга Бондарева, Татьяна Петрова, Семен Бодров (ЗИН РАН)
Проект весеннего семестра:
Comparative analysis of methods for batch correction in proteomics
Руководитель — Lavrentii Danilov, Arseniy Lobov (SPbU)

Дерябин Павел
Cанкт-Петербург, Институт Цитологии РАН, Группа механизмов клеточного старения
О себе: Выпускник Кафедры молекулярной биотехнологии СПбГТИ(ТУ), аспирант и младший научный сотрудник Группы механизмов клеточного старения Института Цитологии РАН.
Основной научный интерес сосредоточен на фундаментальных и прикладных вопросах биологии клеточного старения - внутриклеточных механизмах развития старения, влиянии стареющих клеток на окружение и подходах таргетного воздействия на стареющие клетки с целью восстановления функции тканей.
Кандидатская работа посвящена исследованию роли клеточного старения в функционировании эндометрия человека.

Проект осеннего семестра:
Выявление молекулярных особенностей старения мезенхимальных стволовых клеток человека
Руководитель — Лаврентий Данилов (Институт биоинформатики)

Евдокимова Анастасия
Москва,
МФТИ, Физико-химической биологии и биотехнологии
О себе: Выполняет дипломную работу в лаборатории биоинформатики ФНКЦ Физико-химической медицины. Работа посвящена исследованию фагеома кишечника человека. Научные интересы: молекулярная биология, анализ данных, машиннное обучение.

Ермолаев Алексей
Москва,
РГАУ-МСХА им. К.А. Тимирязева, кафедра биотехнологии
О себе: Выпускник кафедры биотехнологии РГАУ-МСХА им. К.А. Тимирязева. Работает над проектами по грантам РФФИ и РНФ в Центре Молекулярной Биотехнологии РГАУ-МСХА им. К.А. Тимирязева и ВНИИСБ. Работа связана с изучением репитома, построением физических карт хромосом однодольных растений и адаптацией нового метода DNA-free трансформации лука с помощью магнитных наночастиц. Научные интересы: молекулярная биология, статистика, репитомика. Увлечения: программирование, визуализация данных, оригами.

Проект осеннего семестра:
Моделирование гибридизации ДНК-пробы с мишенью в методе Tyramide-FISH
Руководитель — Александр Ильин (Институт биоинформатики)
Проект весеннего семестра:
Studying role of rare variants in lysosomal and mitochondrial genes on whole genome sequencing data of Parkinson's disease patients
Руководитель — Konstantin Senkevich (McGill)

Замалутдинов Алексей
Москва,
МГУ, кафедра молекулярной биологии
О себе: Студент 2 курса магистратуры Биологического факультета МГУ. В настоящее время работает на кафедре молекулярной биологии над проектом по созданию клеточных моделей острого лейкоза, несущих хромосомные перестройки с участием гена MLL. Научные интересы: молекулярная биология, биотехнология, микробиология. Увлечения: фотография и чтение.

Проект осеннего семестра:
Симуляция эпидемии на примере COVID-19
Руководитель — Александр Ильин (Институт биоинформатики)
Проект весеннего семестра:
Transcritptomics and small RNAome responses to the infection by phytopathogenic fungi: an analysis in the wild model legume Medicago truncatula infected by Verticillium alfalfae
Руководитель — Laurent Gentzbittel (Skoltech)

Зверев Алексей
Cанкт-Петербург, ВНИИСХМ, Лаборатория микробиологического мониторинга и биоремедиации почв
О себе: Выпускник СПбГУ, работает во ВНИИСХМ, занимается анализом ампликонных и метагеномных прочтений, статистическим анализом различных данных. Направление научной деятельности - анализ микробного сообщества прикорневых зон растений, выявление принципов его формирования и способов реакции на различные воздействия.

Проект осеннего семестра:
Анализ почвенных метагеномных образцов черневой тайги и зональной почвы
Руководитель — Лаврентий Данилов, Михаил Райко (Институт биоинформатики)

Журбенко Петр
Cанкт-Петербург,
БИН РАН, Лаборатория биосистематики и цитологии
О себе: Сотрудник лаборатории биосистематики и цитологии БИН РАН. Проекты: систематика рода Iris, метагеномный анализ грибов арбускулярной микоризы, горизонтальный перенос генов от агробактерий к растениям. Научные интересы: морфология и анатомия растений, молекулярная биология, филогенетика, популяционная биология.

Проект осеннего семестра:
Сборка органельного генома растений на примере Ели европейской и видов рода Ирис
Руководитель — Лаврентий Данилов, Михаил Райко (Институт биоинформатики)

Илюткин Станислав
Cанкт-Петербург,
СПбГУ, кафедра зоологии беспозвоночных
О себе: Выпускник кафедры зоологии беспозвоночных СПбГУ. Работает в группе по изучению паразитических корнеголовых раков. Научные интересы: паразитология, транскриптомные исследования, взаимоотношения в системе паразит-хозяин

Проект осеннего семестра:
Сравнение дифференциальной экспрессии генов у полевочьих из разных нишРуководитель — Надежда Потапова, Ольга Бондарева, Татьяна Петрова, Семен Бодров (ЗИН РАН)
Проект весеннего семестра:
Вывод коэффициентов инбридинга в GADMA
Руководитель — Екатерина Носкова (ITMO University)

Квач Анна
Cанкт-Петербург,
СПбГУ, кафедра зоологии беспозвоночных
О себе: Выпускница СПбГУ кафедры Зоологии беспозвоночных. Последние 5 лет занимается изучением репродуктивной биологии водных колониальных животных - мшанок отряда Ctenostomata. Текущий научный проект посвящен изучению морфологических и молекулярных аспектов оогенеза и плацентарных аналогов у ктеностомных мшанок. Научные интересы: биология колониальных организмов, репродуктивная биология, stem cells

Проект осеннего семестра:
Сравнение методов анализа дифференциальной экспрессии генов для данных RNA-seq
Руководитель — Лаврентий Данилов, Михаил Райко (Институт биоинформатики)

Кириллова Екатерина
Cанкт-Петербург,
КФУ, кафедра генетики
О себе: Выпускница кафедры генетики ИФМиБ КФУ. Магистерская диссертация посвящена анализу микробных сообществ пищеварительного тракта сельскохозяйственных птиц. Научные интересы: молекулярная биология, метагеномика, эпигенетика, машинное обучение, системная биология. Увлечения: видеоигры, катание на велосипеде/скейте, прохождение онлайн-курсов.

Проект осеннего семестра:
Агентное моделирование распространения антибиотикорезистентности в популяции бактерий с учетом пространственных координат, рецепции питательных веществ и антибактериального агента
Руководитель — Александр Ильин (Институт биоинформатики)
Проект весеннего семестра:
Изучение возрастных изменений метилирования на участках активной репликации ДНК человека
Руководитель — Роман Чернятчик (JetBrains Research)

Комарова Маргарита
Cанкт-Петербург, СПбПУ/ФГБУ «НМИЦ им. В. А. Алмазова» Минздрава России, кафедра биофизики
О себе: Работает в Институте молекулярной биологии и генетики ФГБУ «НМИЦ им. В. А. Алмазова» Минздрава России. Исследования посвящены изучению процессов миогенеза и метаболизма скелетной мышечной ткани. Научные интересы: молекулярная биология, клеточная биология, экспрессия генов, флуоресцентная микроскопия.

Проект осеннего семестра:
Сравнение методов анализа дифференциальной экспрессии генов для данных RNA-seq
Руководитель — Лаврентий Данилов, Михаил Райко (Институт биоинформатики)
Проект весеннего семестра:
Analysis of transcriptome signatures of patients with heart failure and with myopathy
Руководитель — Оксана Иванова (ФГБУ «НМИЦ им. В. А. Алмазова» Минздрава России)

Кругликов Роман
Москва,
МГУ, кафедра биоорганической химии
О себе: Обучается на 1 курсе магистратуры биологического факультета МГУ. Участвует в проекте по поиску и изучению новых пролин-богатых антимикробных пептидов млекопитающих. Работает в учебно-научном центре ИБХ РАН. Научные интересы: молекулярная биология, machine learning, анализ геномов. Увлечения: программирование, курсы на Stepik, видеоигры, рыбалка, хип-хоп.

Проект осеннего семестра:

Улучшение биннинга за счет графов сборки в SPAdes
Руководитель — Антон Коробейников (Лаборатория "Центр алгоритмических биотехнологий СПбГУ")
Проект весеннего семестра:
Are polyproline motifs evolutionary conserved?
Руководитель — Marina Parr (Technical University of Munich)

Купаева Дарья
Москва,
ИБР РАН, лаборатория эволюции морфогенезов
О себе: Окончила кафедру зоологии беспозвоночных МГУ, занимается эволюционной биологией развития книдарий. В лаборатории занимается механизмами формирования осей тела у немодельных гидроидных полипов.

Проект осеннего семестра:
Анализ дифференциальной экспрессии генов у немодельного гидроидного полипа Dynamena pumila
Руководитель — Лаврентий Данилов (Институт биоинформатики)
Проект весеннего семестра:
Исследование особенностей микробиома больных метастатическими солидными опухолями и получающих терапию современными иммунотерапевтическими препаратами
Руководитель — Сергей Сидоренко (ФГБУ ДНКЦИБ ФМБА России)

Литвинов Даниил
Москва,
МГУ, биологический факультет
О себе: Участвовал в работе по изучению биотехнологических характеристик каротиногенных водорослей.
Научные интересы: вирусология, метаболическая инженерия, структурная биология.
Увлечения: гитара, компьютерные игры, программирование, хип-хоп

Проект осеннего семестра:
Изучение транскриптома в момент интенсивных нагрузок в условиях высокогорья
Руководитель — Анна Маслова, Андрей Глотов (Медико-генетический центр Сербалаб)
Проект весеннего семестра:
Developing best practices for single-cell analysis: data integration
Руководитель — Vasily Tsvetkov (ImmunoMind Inc.)

Никанорова Дарья
Cанкт-Петербург,
СПбГУ, кафедра эмбриологии
О себе: В данный момент участвует в проекте по изучению дифференциальной экспрессии генов, ответственных за стволовое состояние клеток в ходе регенерации и эмбриогенеза у аннелид. В сферу научных интересов входят: Evo-Devo, нейробиология, эпигенетика, популяционная генетика, молекулярная биология, биоинформатика. В свободное от науки время занимается современным танцем (contemporary).

Проект осеннего семестра:
Поиск общей генетической архитектуры между неврологическими заболеваниями
Руководитель — Константин Сенкевич (McGill)
Проект весеннего семестра:
Fine mapping of SCARB2 and CTSB genes in Parkinson's disease
Руководитель — Ziv Gan-Or (McGill)

Паншин Даниил
Cанкт-Петербург,
РГПУ им. Герцена, биология
О себе: Научные интересы: использование высокопроизводительного секвенирования для анализа состава и количества микроРНК в физиологических жидкостях человека.

Проект осеннего семестра:
Assembly and analysis of Preeria caryophylla genome
Руководитель — Юлия Яковлева (СПбГУ)
Проект весеннего семестра:
Предоперационная оценка резектабельности глиобластом. Разработка фенотипической шкалы оценки
Руководитель — Ирина Бабкина (СПбГУ)

Примак Александра
Москва,
МГУ, кафедра биоинженерии
О себе: Изучает проблемы особенностей взаимодействия лигандов с потенциал-зависимыми калиевыми каналам в рамках гранта "Структурная биология мембранных белков для создания новых лекарственных и диагностических средств" в лабораториях МГУ им. М.В. Ломоносова и ИБХ РАН. Научные интересы: биоинженерия, биоинформатика, молекулярная биология.

Проект осеннего семестра:
Improve casual gene prioritization by patient's phenotype
Руководитель — Дмитрий Смирнов, Prokisch Holger (Technical University of Munich)

Проценко Людмила
Москва,
МФТИ, кафедра молекулярной и клеточной биологии
О себе: В настоящий момент изучает мобильные генетические элементы в Институте Молекулярной Биологии РАН. Увлекается трехмерной организацией генома, короткими некодирующими РНК, эпигенетикой, регуляторными элементами, классической генетикой.
Из ненаучного - футболистка, горный походник, пишу стихи и пою в хоре, готовлюсь пробежать первый полумарафон.

Проект осеннего семестра:
Поиск общей генетической архитектуры между неврологическими заболеваниями
Руководитель — Константин Сенкевич (McGill)
Проект весеннего семестра:
Поиск структурных вариаций для улучшения сборки немодельных геномов
Руководитель — Татьяна Татаринова (University of La Verne)

Пьянков Иван
Cанкт-Петербург,
СПбГУ, кафедра генетики и биотехнологии
О себе: Научной деятельностью занимается в лаборатории молекулярной генетики и генной терапии НИИ АГиР им. Д.О.Отта, работа посвящена генной терапии рака молочной железы и разработке невирусных носителей для доставки терапевтических генных конструкций в клетки. Участвовал не только в проектах по генной терапии, ранее занимался изучением антибиотикорезистентности ряда патогенных бактерий.
Научные интересы: генная терапия,онкогенетика, молекулярная онкология, антибиотикотерапия, промышленная биотехнология.
Увлечения: история, игра на гитаре, кино, прохождение онлайн-курсов.

Проект осеннего семестра:
Hidden biodiversity: search for uncultured protists in metagenomes
Руководитель — Юлия Яковлева, Михаил Райко (СПбГУ, ИНЦ РАН)
Проект весеннего семестра:
Bioinformatics analysis of E3 ubiquitin ligase family
Руководитель — Petr Popov (Skoltech)

Рыбина Анна
Москва,
Skoltech, Life Sciences
О себе: Выпускница Сколтеха. Научные интересы: молекулярная биология, сравнительная геномика бактерий.

Проект осеннего семестра:
Сборка бактериального генома и очистка от контаминации
Руководитель — Лаврентий Данилов, Михаил Райко (Институт биоинформатики)
Проект весеннего семестра:
Identification and comparison of somatic antigen structures of symbiotic and pathogenic bacteria from Morganellaceae family
Руководитель — Polina Kuchur (SCAMT)

Сердаков Максим
Cанкт-Петербург,
СПбГУ, Институт биомедицинских систем и биотехнологий, кафедра медицинской физики
О себе: Лаборант-исследователь в научно-исследовательском комплексе "Нанобиотехнологии", работа в гранте "Молекулярные механизмы регуляции белка RecA, активатора бактериального SOS-ответа". Студент института биомедицинских систем и биотехнологий Санкт-Петербургского Политехнического университета Петра Великого, направления "Медицинская и биоинженерная физика".

Проект осеннего семестра:
Агентное моделирование распространения антибиотикорезистентности в популяции бактерий с учетом пространственных координат, рецепции питательных веществ и антибактериального агента
Руководитель — Александр Ильин (Институт биоинформатики)
Проект весеннего семестра:
Developing best practices for single-cell analysis: data integration
Руководитель — Vasily Tsvetkov (ImmunoMind Inc.)

Сидорин Антон
Cанкт-Петербург,
СПбГУ, кафедра генетики и биотехнологии
О себе: Учится в магистратуре СПбГУ на кафедре генетики. Работает в лаборатории биохимической генетики. Занимается изучением регуляции генов метаболизма азота у значимых для биотехнологии метилотрофных дрожжей Pichia pastoris.
Научные интересы: молекулярная биология, биотехнология, координированная регуляция экспрессии генов, регуляция метаболических процессов.
Увлечения: 12 лет занимался народными танцами, в данный момент осваивает игру на гитаре и преподает биологию.

Проект осеннего семестра:
Сравнение дифференциальной экспрессии генов у полевочьих из разных ниш
Руководитель — Надежда Потапова, Ольга Бондарева, Татьяна Петрова, Семен Бодров (ЗИН РАН)
Проект весеннего семестра:
Вывод коэффициентов инбридинга в GADMA
Руководитель — Екатерина Носкова (ITMO University)

Соболев Андрей
Москва,
СибГМУ
О себе: Выпускник медико-биологического факультета СибГМУ. Научные интересы: Молекулярная биология и генетика, длинные некодирующие РНК, нейродегенеративные
процессы, биоинформатика длинных прочтений.

Проект осеннего семестра:
Detecting novel molecular events in proteomics data for genetic diagnostics
Руководитель — Дмитрий Смирнов, Prokisch Holger (Technical University of Munich)
Проект весеннего семестра:
Identification and analysis of SARS-CoV-2-specific T-cell receptors
Руководитель — Mikhail Shugay (Institute of Bioorganic Chemistry)

Согомонян Каринэ
Cанкт-Петербург,
СПбГУ, кафедра зоологии беспозвоночных
О себе: Интересуется необычными и малоизученными группами паразитов, такие как Myxozoa, Orthonectida, Rhizocephala. С магистратуры занимается миксоспоридиями. Интересуетсся их путем перехода к высокоспециализированному паразитизму, как такой образ жизни повлиял на их размер и структуру генома, а также молекулярные аспекты регуляции сложного жизненного цикла

Проект осеннего семестра:
Сравнение дифференциальной экспрессии генов у полевочьих из разных ниш
Руководитель — Надежда Потапова, Ольга Бондарева, Татьяна Петрова, Семен Бодров (ЗИН РАН)
Проект весеннего семестра:
Исследование особенностей микробиома больных метастатическими солидными опухолями и получающих терапию современными иммунотерапевтическими препаратами
Руководитель —Сергей Сидоренко (ФГБУ ДНКЦИБ ФМБА России)

Сонец Игнат
Москва,
СибГМУ, кафедра биохимии и молекулярной биологии
О себе: Выпускник МБФ СибГМУ 2020 года. За плечами — 6 лет мед. биохимии, проекты по эпигенетике, статья на конференцию о сборке генома S. pastorianus de novo, проект по предсказанию болезни Альцгеймера по данным МРТ, курсовая по метагеномике у детей с O. felineus и диплом по физике амилоидогенеза легких цепей иммуноглобулинов. Сфера интересов — все, до чего может дотянуться, но особо любит молекулярную биологию, микробиологию, лабораторную медицину и биоинформатику. В свободное время старается подтягивать математику и программирование. Любит языки и лингвистику, из мечт— выучить французский и японский в дополнение к английскому и немецкому.

Проект осеннего семестра:
Hidden biodiversity: search for uncultured protists in metagenomes
Руководитель — Юлия Яковлева, Михаил Райко (СПбГУ, ИНЦ РАН)
Проект весеннего семестра:
Поиск сайта инсерции бетагерпесвируса человека 6А в хромосому человека
Руководитель — Ольга Голева (ФГБУ ДНКЦИБ ФМБА России)

Стребулаева Евгения
Cанкт-Петербург,
ГенБит
О себе: Окончила Санкт-Петербургскую Химико-фармацевтическую Академию (Университет) по специальности "биотехнология". Работает в компании, специализирующейся на аналитическом приборостроении, входит в группу разработчиков РТ-ПЦР тест-систем для выявления фитопатогенов и ГМО. Интересуется биотехнологией, молекулярной биологией, микробиологией. Хобби: танцы, изучение иностранных языков (японский, французский).

Проект осеннего семестра:
Моделирование мутаций в S-белке SARS-Cov-2
Руководитель — Андрей Золотарев, Лаврентий Данилов (СПбГУ, Институт биоинформатики)

Халенёва Дарья
Cанкт-Петербург,
СПбГУ, биология
О себе: Выпускница кафедры медицинской физики СПбПУ. В области научных интересов эволюционная биология и генная инженерия. Участвует в проекте, посвященном исследованию биоразнообразия полёвковых, а также генетических механизмов адаптации к среде обитания.

Проект осеннего семестра:
In search of PET-degrading enzymes: metagenomes discover hidden homologues
Руководитель — Михаил Райко, Лаврентий Данилов (Институт биоинформатики)
Проект весеннего семестра:
Поиск параллельных адаптивных замен у высокогорных грызунов
Руководитель — Ольга Бондарева (ЗИН РАН)

Хохлова Евгения
Cанкт-Петербург,
СПбГУ, ИТБМ
О себе: Выпускница СПбГУ, работает в Институте трансляционной биомедицины над проектом "Инициация CRISPR-опосредованного пути гомологичной рекомбинации в эмбрионах мышей с помощью ингибирования NHEJ и MMEJ путей репарации". Научные интересы: биология развития, эпигенетика, межклеточные взаимодействия и регуляция экспрессии генов

Проект осеннего семестра:
Batch effect
Руководитель — Михаил Райко, Лаврентий Данилов (Институт биоинформатики)
Проект весеннего семестра:
Evaluation of DNA Methylation Episignatures workflow
Руководитель — Дмитрий Смирнов (Technical University of Munich)

Цитрина Александра
Москва,
ИБР РАН
О себе: Руководитель группы оптических методов ЦКП ИБР им Кольцова РАН. Специалист по флуоресцентной и конфокальной микроскопии. Научные интересы: оптическая микроскопия, клеточная биология, биология развития, биология и эволюция внеклеточного матрикса.

Проект осеннего семестра:
Оценка фактора экзоцитоза Виллебранда эндотелиальными клетками в ответ на различные стимулы
Руководитель — Лаврентий Данилов, Павел Авдонин (Институт биоинформатики, ИБР им. Кольцова РАН)

Черанев Валерий
Москва,
ФГАОУ ВО РНИМУ им. Н.И. Пирогова Минздрава России
О себе: Выпускник кафедры клеточной биологии и гистологии. В бакалавриате занимался изучением структурной организации высших уровней хроматина. После окончания работал в сфере молекулярной биологии. Научные интересы: редактирование генома, работа с омиксными данными, кибернетика.

Проект осеннего семестра:
GWAS analysis of region of genome associated with severe Covid-19
Руководитель — Лаврентий Данилов, Михаил Райко (Институт биоинформатики)

Чернявская Екатерина
Cанкт-Петербург,
СПбГПМУ, кафедра медицинской биофизики
О себе: Студентка кафедры медицинской биофизики в СПбГПМУ. Участвует в научном проекте по исследованию влияния гипоксического стресса на новорожденных с наследственными поражениями ЦНС. Научные интересы: молекулярная биология, персонализированная медицина, сигнальные пути клеток. В свободное время занимается музыкой, катается на велосипеде и горных лыжах.

Проект осеннего семестра:
Изучение транскриптома в момент интенсивных нагрузок в условиях высокогорья
Руководитель — Анна Маслова, Андрей Глотов (Медико-генетический центр Сербалаб)
Проект весеннего семестра:
Shared biologic architecture between Parkinson's disease, dementia with Lewy bodies and inflammatory disorders
Руководитель — Konstantin Senkevich (McGill)

Чуркина Анна
Cанкт-Петербург,
НМИЦ им. В. А. Алмазова
О себе: Выпускница кафедры медицинской биофизики СПбГПМУ. Работает в Институте молекулярной биологии и генетики НМИЦ им. В. А. Алмазова. Научные интересы: молекулярная биология, метагеномика, эпигенетика. Увлечения: бег, сноубординг.

Проект осеннего семестра:
Сравнительный анализ пайплайнов анализа метагеномных данных
Руководитель — Лаврентий Данилов, Михаил Райко (Институт биоинформатики)
Проект весеннего семестра:
Identification and comparison of somatic antigen structures of symbiotic and pathogenic bacteria from Morganellaceae family
Руководитель — Polina Kuchur (SCAMT)

Шемякина Анна
Москва,
НИЦ «Курчатовский институт»
О себе: Аспирант по специальности Молекулярная биология. Цель текущего проекта - конструирование промышленного штамма-биокатализатора синтеза акриловых мономеров. В процессе работы изучает системы регуляции экспрессии генов прокариот, кинетику ферментативных реакций, биокаталитические процессы синтеза акриловых соединений. Увлечения: манга, сноуборд, музыка

Проект осеннего семестра:
Моделирование мутаций в S-белке SARS-Cov-2
Руководитель — Андрей Золотарев, Лаврентий Данилов (СПбГУ, Институт биоинформатики)
Проект весеннего семестра:
Bioinformatics analysis of E3 ubiquitin ligase family
Руководитель — Petr Popov (Skoltech)
Все выпускники этого направления прослушали курсы:
- Алгоритмы в биоинформатике
- Молекулярная биология
- Основы Linux
- Статистика
- Машинное обучение
- Семинары по биоинформатике
- Практикум по биоинформатике
- Молекулярная эволюция и филогенетика
- Анализ данных NGS

Обучение в 2020-2021 годах проходило в онлайн формате. Обязательной частью обучения было выполнение научно-исследовательского проекта в осеннем семестре. Выполнение проекта в весеннем семестре и летняя стажировка проводилась по желанию.

Вавулов Олег
Москва,
ПАО Сбербанк
О себе: Выпускник физического факультета МГУ. Защитил кандидатскую диссертацию по исследованию в области электромагнитной совместимости радиостанций. Работал в области технической защиты информации, а в последнее время - на позиции исследователя данных в банковской сфере (ВТБ, Сбербанк). В область научных интересов входят теория вероятности, машинное обучение, системная динамика.

Проект осеннего семестра:
Моделирование мутаций в S-белке SARS-Cov-2
Руководитель — Андрей Золотарев, Лаврентий Данилов (СПбГУ, Институт биоинформатики)
Проект весеннего семестра:
Building complex biological networks with structural properties
Руководитель — Erik Zhivkoplias (SciLifeLab, Stockholm University)

Варченко Кирилл
Cанкт-Петербург,
Covance
О себе: Выпусник ПГУПС и СПбГМУ. В настоящее время работает программистом-аналитиком в области клинических исследований, ранее опыт работы в практической медицине. Интересы: data science, machine learning, медицина.

Проект осеннего семестра:
Моделирование мутаций в S-белке SARS-Cov-2
Руководитель — Андрей Золотарев, Лаврентий Данилов (СПбГУ, Институт биоинформатики)

Власова Елизавета
Cанкт-Петербург,
Университет ИТМО, кафедра компьютерных технологий
О себе: Студентка третьего курса кафедры компьютерных технологий ИТМО. Занимается предсказаниями свойств молекул при помощи глубокого обучения. Научные интересы: теория вероятностей, применение программирования и математики к решению биологических и химических задач. В свободное время любит играть на гитаре или в настольные игры.

Проект осеннего семестра:
Предсказание молекулярных свойств с использованием глубокого обучения на графах
Руководитель — Нина Лукашина, Алиса Аленичева (JetBrains Research)
Проект весеннего семестра:
Сборка гаплотипов при помощи гиперграфов
Руководитель — Никита Алексеев (Университет ИТМО)

Ершов Артем
Москва,
МАИ/МНИИП
О себе: Специалист в отделе информатизации и системного анализа в психиатрии МНИИП. Научные интересы: онкология, нейрофизиология, математическое моделирование.

Проект осеннего семестра:
Решение стохастических уравнений динамики численности популяций двух конкурирующих видов
Руководитель — Юрий Белоусов (Институт биониформатики)
Проект весеннего семестра:
Identification and analysis of SARS-CoV-2-specific T-cell receptors
Руководитель — Mikhail Shugay (Institute of Bioorganic Chemistry)

Иванов Артем
Cанкт-Петербург,
Университет ИТМО
О себе: Обучается в магистратуре в Университете ИТМО и работает в лаборатории «Компьютерные технологии». Разрабатывает алгоритмы для анализа метагеномных данных и изучения микробиоты кишечника человека.

Проект осеннего семестра:
Ориентирование контигов с помощью Hi-C данных
Руководитель — Никита Алексеев, Павел Авдеев (Университет ИТМО, The George Washington University)
Проект весеннего семестра:
Adding context to nonsense: analysis of sequence properties at pLoF variant sites
Руководитель — Yury Barbitoff (Bioinformatics Institute)

Иванова Александра
Cанкт-Петербург,
Университет ИТМО
О себе: Студентка 3 курса кафедры КТ университета ИТМО.

Проект осеннего семестра:
Batch effect
Руководитель — Лаврентий Данилов, Михаил Райко (Институт биоинформатики)
Проект весеннего семестра:
Упорядочивание контигов с помощью Hi-C данных
Руководитель — Никита Алексеев (Университет ИТМО)

Петров Александр
Cанкт-Петербург,
СПбГУ
О себе: Студент 2 курса магистратуры СПБГУ. Направление - Прикладные физика и математика. Кафедра молекулярной биофизики и физики полимеров. Сфера научных интересов - компьютерное моделирование биологических систем.

Проект осеннего семестра:
Поиск запрограммированных сдвигов рамки считывания в геномах бактерий рода Streptomyces
Руководитель — Иван Антонов (ФИЦ Биотехнологии РАН)
Проект весеннего семестра:
Bioinformatics analysis of E3 ubiquitin ligase family
Руководитель — Petr Popov (Skoltech)

Пирогов Владимир
Cанкт-Петербург,
Академический Университет им. Ж.И. Алфёрова, Физики и технологии наногетероструктур
О себе: Студент 4 курса Академического университета, направление обучения: физика и наноструктуры

Проект осеннего семестра:
In search of PET-degrading enzymes: metagenomes discover hidden homologuesРуководитель — Михаил Райко, Лаврентий Данилов (Институт биоинформатики)