О себе:
Закончила бакалавриат СПбГУ (каф. Зоологии беспозвоночных). Занималась изучением протеомного и метаболического ответа трематод в ответ на термальный стресс. В область научных интересов входит анализ метаболических сетей и статистическая обработка данных. В магистратуре планирую заниматься антимикробными пептидами моллюсков. Имеется опыт участия в естественно-научных турнирах.

Проект осеннего семестра:
Анализ факторов, влияющих на течение хронического миелолейкоза
Руководители — Евгений Бакин, Оксана Станевич (ПСПбГМУ им. акад. И.П. Павлова)

Проект весеннего семестра:
Предсказание антимикробных пептидов с помощью данных транскриптома немодельного вида
Руководитель — Дроздова Полина (НИИ биологии ИГУ)

О себе:
Бакалаврская работа, посвященная методам анализа протеомов и поиску специфических биомеркеров множественной миеломы человека, выполнена в ИНЦ РАН. Научные интересы: протеомика, психофармакология, генетика высшей нервной деятельности. Увлечения: научная фантастика, классическая музыка.

Проект осеннего семестра:
Automated marker descriptor for single-cell RNA-seq.
Руководитель — Константин Зайцев (Университет ИТМО)

Проект весеннего семестра:
Поиск ключевых генов, инициирующих смену профиля экспрессии в клетке
Руководители — Евгений Бакин, Оксана Станевич (ПСПбГМУ им. академ. И.П. Павлова)

Текущее место работы: University of Vienna

Научно-исследовательская работа, выполняемая на базе Лаборатории Регуляции Экспрессии Генов Института Цитологии РАН, посвящена изучению функциональной роли раково-тестикулярных антигенов в опухолевых клетках. Научные интересы: клеточная и молекулярная биология, белок-белковые взаимодействия, регуляция экспрессии генов, посттрансляционные модификации, эпигенетика, эволюционная геномика. В свободное время изучает иностранные языки, проходит онлайн-курсы по программированию и биологии, играет на укулеле.
https://www.linkedin.com/in/alena-kizenko-44907a166/

Проект осеннего семестра:
Разработка библиотеки функций для экспресс-анализа FASTA/FASTQ файлов
Руководитель — Евгений Бакин (Институт биоинформатики)

Проект весеннего семестра:
Разнообразие опсинов в транскриптомах байкальских эндемичных амфипод
Руководитель — Дроздова Полина (НИИ биологии ИГУ)

Летняя стажировка:
Опсины амфипод: уникальны ли байкальские эндемики?
Руководитель — Дроздова Полина (НИИ биологии ИГУ)

О себе:
Ординатор второго года обучения НМИЦ им. В.А. Алмазова на кафедре лабораторной медицины и генетики. Выполняет исследовательскую работу в отделе биохимических исследований Центра доклинический и экспериментальных исследований НМИЦ им. В.А. Алмазова. Заняты в проведении этих двух научных проектов: исследование роли полиморфизма гена тирозинкиназы в патогенезе аутоимунных заболеваний и создание нокаутной модели шизофрении на модельных организмах Danio rerio. Научные интересы: медицинская генетика, онкология, молекулярная биология, генная инженерия, секвенирование следующего поколения. В свободное время слушает курсы на платформах Stepic и Coursera, занимается альпинизмом и скалолазонием.

Проект осеннего семестра:
Анализ влияния XCI на экспрессию аутосомных генов
Руководители — Юрий Барбитов, Ростислав Скитченко (Институт биоинформатики)

Проект весеннего семестра:
Поиск патогенных вариантов (SNPs, indels) в экзомах пациентов с различными вариантами идиопатических кардиомиопатий
Руководитель — Киселёв Артём (НМИЦ Алмазова)

О себе:
Выполняет исследовательскую работу в лаборатории протеомики надорганизменных систем Института сельскохозяйственной микробиологии, посвященную поиску новых амилоидных белков у протеобактерий. Сфера научных интересов: разнообразие прокариот, микробные сообщества, организация геномов, сравнительные протеомные исследования.

Проект осеннего семестра:
Изучение процессов потерь и приобретений генов у бактерий рода Lactobacillus
Руководитель — Бондарева Ольга (ЗИН РАН)

Проект весеннего семестра:
Whole-genome Drosophila sequence analysis - 2
Руководитель — Захаров Геннадий (EPAM Systems)

О себе:
Студент 4 курса ПСПБГМУ им. акад. И.П.Павлова лечебного факультета. Участвовал в хакатоне по биоинформатике «Biohack 2018», на котором работал над проектом «Поиск патогенных пар мутаций в геноме человека», суть которого заключалась в анализе человеческого генома, отборе пар мутаций и их статистическому анализу, с последующим сравнением результатов с базой известных взаимодействий между генами. Научные интересы: медицинская молекулярная биология, генетика, методы современной терапии.

Проект осеннего семестра:
Моделирование дифференциального окрашивания хромосом мыши
Руководитель — Барбитов Юрий (Институт биоинформатики)

Проект весеннего семестра:
Whole-genome Drosophila sequence analysis - 2
Руководитель — Захаров Геннадий (EPAM Systems)

О себе:
В настоящий момент выполняет магистерский проект в центре геномной биоинформатики СПбГУ им. Ф. Г. Добржанского. Цель работы: реализация алгоритма поиска генетических маркеров лекарственной устойчивости Mycobacterium tuberculosis, как конвергентных эволюционных событий. Вненаучная деятельность: обучение детей игре в шахматы.

Проект осеннего семестра:
Изучение спектра вариантов генов, кодирующих структурные белки саркомера.
Руководитель — Киселёв Артём (НМИЦ им. В. А. Алмазова)

Проект весеннего семестра:
Определение корректных параметров МД моделирования для исследования белковой динамики
Руководитель — Скрынников Николай (СПбГУ / Purdue University)

Летняя стажировка:
Определение корректных параметров МД моделирования для исследования белковой динамики
Руководитель — Скрынников Николай (СПбГУ / Purdue University)

О себе:
Аспирант СПбГУ, кафедра биохимии. Выполняет кандидатскую диссертацию в Отделе общей патологии и патологической физиологии Института экспериментальной медицины. Научная работа посвящена исследованию взаимодействия антимикробных белков нейтрофилов человека с белками системы комплемента. Текущие научные интересы: протеомика, интерактомика, драг-дизайн, эпигенетика. Считает залогом успеха человека во всех сферах жизни силу воли и стремление к саморазвитию. В свободное время читает художественную литературу, интересуется электротехникой, проходит курсы на платформах Stepic и Coursera.

Проект осеннего семестра:
Визуализация сигнальных путей по данным экспрессии генов
Руководитель — Оксана Станевич, Евгений Бакин (ПСПбГМУ им. акад. И.П. Павлова)

Проект весеннего семестра:
Определение корректных параметров МД моделирования для исследования белковой динамики
Руководитель — Скрынников Николай (СПбГУ / Purdue University)

Текущее место работы: EPAM Systems

Выпускница биологического факультета СПбГУ 2018 года, выполняла ВКР на кафедре генетики и биотехнологии на тему «Исследование формирование агрегатов Sup35 при возникновении приона [PSI+]». Научные интересы: молекулярная биология, прионы, drug design, молекулярная психиатрия.

Проект осеннего семестра:
Сравнительный анализ геномов бактерий - возбудителей болезней человека
Руководители — Бакин Евгений, Станевич Оксана, Сидоренко Сергей Владимирович (НИИ Детских инфекций)

Проект весеннего семестра:
Association rule mining using fishbone diagrams
Руководители — Цуринов Пётр, Шпынов Олег (JetBrains Research)

Летняя стажировка:
Association rule mining using fishbone diagrams
Руководитель — Цуринов Пётр (JetBrains Research)

Текущее место работы: University of Oulu

Студентка 2 курса бакалавриата СПбПУ на кафедре медицинской физики. Выполняет исследовательскую работу в лаборатории пренатальной диагностики наследственных и врожденных заболеваний института акушерства и гинекологии им. Д.О.Отта РАМН. Научная работа посвящена изучению механизмов развития наследственных нарушений соединительной ткани. Научные интересы: молекулярная биология, медицинская генетика.

Проект осеннего семестра:
Приоритизация генетических вариантов в NGB
Руководители — Барбитов Юрий, Захаров Геннадий, Сидорук Александр (Институт биоинформатики / EPAM)

Проект весеннего семестра:
Интерактивные сети фенотипов / генов / метаболических путей.
Руководитель — Ракитько Александр (Genotek)

О себе:
Выпускник кафедры генетики и биотехнологии СПбГУ, к.б.н. по специальности «Генетика». Текущая научная деятельность связана с изучением прионов, шаперонов и терминации трансляции у дрожжей. Другие научные интересы: системы редактирования геномов, транскрипционные факторы. Занимаюсь музыкой, гитарист группы Eli band.

Проект осеннего семестра:
Сборка генома дрожжей из данных Oxford Nanopore
Руководители — Юрий Барбитов, Александр Предеус (Институт биоинформатики)

Проект весеннего семестра:
Towards detection of differential RNA editing events in transcriptomics datasets.
Руководители — Anastasia Samsonova, Alexander Kanapin (СПбГУ)

О себе:
Выполняю исследовательскую работу в лаборатории физиологической генетики. Работа посвящена поиску потенциально амилоидогенных белков. Ранее занимался изучением механизмов супрессии мутаций в генах, контролирующих биосинтез хлорофилла у Chlamydomonas reinhardtii. Научные интересы: молекулярная биология, биотехнология, генная инженерия, микробиология, вирусология.

Проект осеннего семестра:
Сравнительный анализ геномов бактерий - возбудителей болезней человека
Руководители — Бакин Евгений, Станевич Оксана, Сидоренко Сергей Владимирович (НИИ Детских инфекций)

Проект весеннего семестра:
Анализ геномов дрожжей из Петергофской генетической коллекции
Руководители — Барбитов Юрий, Предеус Александр (Институт биоинформатики)

О себе:
Работаю в лаборатории молекулярных основ дифференциации клеток Института Цитологии РАН. Основная тема исследований - изучение молекулярного механизма действия ингибиторов гистоновых деацетилаз (HDACi); влияние бутирата натрия на активность транскрипционных факторов FoxO. Научные интересы: эпигенетика, канцерогенез, клеточное старение, регуляция экспрессии генов, биомедицина, биофармацевтика. В свободное время практикую иностранные языки (английский, немецкий), слушаю образовательные подкасты.

Проект осеннего семестра:
Разработка библиотеки функций для экспресс-анализа FASTA/FASTQ файлов
Руководитель — Евгений Бакин (Институт биоинформатики)

Проект весеннего семестра:
Поиск латентных вирусов в данных полногеномного секвенирования человека
Руководитель — Валерий Ильинский (Genotek)

Летняя стажировка:
Поиск маркеров потенциальных осложнений при беременности по данным секвенирования внеклеточной ДНК из плазмы крови матери
Руководители — Глотов Андрей Сергеевич, Козюлина Полина Юрьевна (НИИ АГиР им.Д.О.Отта)

О себе:
Ведущий специалист в Ресурсном центре «Хромас» СПбГУ, закончила бакалавриат и магистратуру на кафедре энтомологии СПбГУ. Закончила аспирантуру (PhD) и постдок в School of Biological, Earth and Environmental Sciences, University of New South Wales, Австралия. Изначально изучала классическую таксономию и систематику насекомых, несколько лет назад начала работать в области молекулярной филогенетики. В данный момент развивает проекты по филогенетике в филогеографии насекомых. Также планирует применять геномные данные для своих исследований. Свободно владеет английским языком, автор 20 научных статей, есть опыт преподавания и научного руководства. Считает, что постоянное изучение нового - это основа для интересной и продуктивной жизни.

Проект осеннего семестра:
Whole-genome Drosophila sequence analysis
Руководитель — Геннадий Захаров (EPAM Systems)

Проект весеннего семестра:
Адаптации рыб к жизни на большой глубине
Руководитель — Потапова Надежда (ФББ МГУ)

Текущее место работы: Plastilin

В ИЭФБ им. И.М.Сеченова выполняю работу, посвященную совершенствованию методологии доклинического исследования тестирования компонентов антидотной терапии отравлений фосфороорганическими соединениями, в частности изучается эстеразная активность альбумина. Научные интересы: молекулярная биология, биохимия, системная биология, медицинская генетика. Прохожу онлайн-курсы на Stepic и Coursera. Люблю биологию и химию и стараюсь по возможности передавать свои знания школьникам.

Проект осеннего семестра:
Разработка библиотеки функций для экспресс-анализа FASTA/FASTQ файлов
Руководитель — Евгений Бакин (Институт биоинформатики)

Проект весеннего семестра:
Effect of smoking on human leukocyte epigenome
Руководители — Олег Сергеев, Юлия Медведева (НИИ ФХБ имени А.Н.Белозерского МГУ; Институт биоинженерии РАН, ФИЦ «Фундаментальные основы биотехнологии» РАН)

Текущее место работы: Генотек

Являюсь младшим научным сотрудником лаборатории по изучению лейкозов в НИИ Гематологии и Трансфузиологии. Там же выполняю научную работу по изучению ниши гемопоэтических стволовых клеток при апластической анемии. Научные интересы: онкогематология, биология стволовых клеток, иммунология, молекулярная биология. В свободное время прохожу курсы на платформах stepic, coursera.

Проект осеннего семестра:
Анализ факторов, влияющих на течение хронического миелолейкоза
Руководители — Евгений Бакин, Оксана Станевич (ПСПбГМУ им. акад. И.П. Павлова)

Проект весеннего семестра:
Поиск латентных вирусов в данных полногеномного секвенирования человека
Руководитель — Валерий Ильинский (Genotek)

Текущее место работы: Mislab

Выполняю исследовательскую работу в лаборатории молекулярной биологии стволовых клеток Института цитологии РАН. Научные интересы: эпигенетика, биология стволовых клеток, внутриклеточные сигнальные системы.

Проект осеннего семестра:
Оценка количества NUMT подземных и наземных грызунов
Руководитель — Бондарева Ольга (ЗИН РАН)

Проект весеннего семестра:
Implied weighting in TnT
Руководители — Данилов Лаврентий, Константинов Федор Владимирович (СПбГУ)

О себе:
Текущий научный проект — изучение генов WOX, CLE и NF-Y в регуляции соматического эмбриогенеза у люцерны. Научные интересы: генетика развития, размножение и генетическая трансформация растений, эпигенетика, редактирование генома.

Проект осеннего семестра:
Изменение экспрессии в клубеньках гороха при симбиозе
Руководитель — Козюлина Полина (НИИ акушерства, гинекологии и репродуктологии имени Д. О. Отта)

Проект весеннего семестра:
Построение среды для обработки данных экзомного секвенирования
Руководители — Барбитов Юрий, Шиков Антон (Институт биоинформатики)

Текущее место работы: Evotec

Студентка 4 курса кафедры цитологии и гистологии в СПбГУ. Научная работа посвящена изучению транскриптомных данных при фолликулярной лимфоме. Научные интересы: молекулярная биология, цитология, эволюционная генетика. Увлечения: программирование, прохождение онлайн-курсов, научпоп про физику и путешествия.

Проект осеннего семестра:
Automated pathway annotation for single-cell RNA-seq
Руководитель — Константин Зайцев (Университет ИТМО)

Проект весеннего семестра:
Effect of smoking on human leukocyte epigenome
Руководители — Олег Сергеев, Юлия Медведева (НИИ ФХБ имени А.Н.Белозерского МГУ; Институт биоинженерии РАН, ФИЦ «Фундаментальные основы биотехнологии» РАН)

Летняя стажировка:
Обнаружение и разделение сигналов вариации в данных секвенирования РНК одиночных клеток
Руководитель — Константин Зайцев (Университет ИТМО)

О себе:
Выпускник кафедры ИУ7 факультета ИУ МГТУ им.Н.Э.Баумана. На данный момент занимаюсь технической поддержкой лаборатории,анализом данных NGS (таргетные панели,клинические экзомы,поиск герминальных и соматических мутаций по профилю центра,в котором работаю).

Проект осеннего семестра:
Сборка de novo и анализ транскриптомов Platynereis dumerilii (Nereididae, Annelida) на разных этапах регенерации
Руководитель — Нестеренко Максим (СПбГУ)

Проект весеннего семестра:
Построение среды для обработки данных экзомного секвенирования
Руководители — Барбитов Юрий, Шиков Антон (Институт биоинформатики)

Текущее место работы: University of Amsterdam

Аспирантка кафедры теории вероятностей механико-математического факультета МГУ имени М.В. Ломоносова. Персональная страница: https://istina.msu.ru/profile/dashabalashova/

Проект осеннего семестра:
Поиск регуляторных элементов в промотерах
Руководитель — Татьяна Татаринова (Университет Ла Верне)

Проект весеннего семестра:
Rescue failures
Руководитель — Шпынов Олег (JetBrains Research)

Текущее место работы: BIOCAD

Защитила бакалаврскую работу на тему «Множественные сравнения для повторных наблюдений» на кафедре статистического моделирования математико-механического факультета СПбГУ. На данный момент являюсь студенткой первого курса магистратуры на той же кафедре. Область научных интересов -- применение статистических методов и методов машинного обучения к задачам биоинформатики. Занимаюсь танцами, изучаю немецкий язык и обожаю фигурное катание.

Проект осеннего семестра:
Сборка de novo и анализ транскриптомов Platynereis dumerilii (Nereididae, Annelida) на разных этапах регенерации
Руководитель — Нестеренко Максим (СПбГУ)

Проект весеннего семестра:
Поддержка сторонних графовых форматов в SPAdes
Руководители — Коробейников Антон, Пржибельский Андрей (СПбГУ, ЦАБ)

Текущее место работы: JetBrains Research

В данный момент занимаюсь проектом предсказания оттока абонентов с помощью методов ML и работаю junior-разработчиком C#. Прошла курсы EPAM по Data Science. Научные интересы: статистика и все, что с ней связано, data science, MCMC, исследование мутаций в геноме. Так же интересуюсь когнитивной психологией, научно-популярными статьями по биологии и частенько прохожу курсы на Stepik. Люблю книги, неоклассику, русскую оперу, активный отдых и путешествия.

Проект осеннего семестра:
Понимание природы хромосомных перестроек с помощью 3D структуры ДНК
Руководители — Никита Алексеев, Алексей Сергушичев (Университет ИТМО)

Проект весеннего семестра:
Improving SPAN
Руководитель — Алексей Диевский (JetBrains Research)

Летняя стажировка:
Improving SPAN
Руководитель — Алексей Диевский (JetBrains Research)

Текущее место работы: JetBrains Research

Я закончила магистратуру Политехнического университета в 2017 году по направлению «Информатика и вычислительная техника». В качестве научно-исследовательской работы в магистратуре занималась семантическим анализом предложений на естественном языке. С 2014 года работаю в области разработки программного обеспечения, занималась разработкой приложений в life science. Интересуюсь применением IT в естественных науках, биоинформатикой. В свободное время изучаю материалы по биоинформатике, прохожу курсы на Coursera и Stepic. Linkedin: https://www.linkedin.com/in/nina-lukashina-a3139baa/

Проект осеннего семестра:
Сравнительный анализ геномов бактерий - возбудителей болезней человека
Руководители — Бакин Евгений, Станевич Оксана, Сидоренко Сергей Владимирович (НИИ Детских инфекций)

Проект весеннего семестра:
Association rule mining using fishbone diagrams
Руководители — Цуринов Пётр, Шпынов Олег (JetBrains Research)

Летняя стажировка:
Association rule mining using fishbone diagrams
Руководитель — Цуринов Пётр (JetBrains Research)

О себе:
Студент 4 курса факультета свободных искусств и наук СПбГУ, программа «Сложные системы». Курсовая работа третьего года была посвящена исследованию возможности оценки патогенных свойств штаммов E. Coli методами машинного обучения. Научные интересы: биология развития, сигнальные пути, алгоритмы машинного обучения, сетевой анализ, математические модели в биологии. Языки программирования: Python, C++.

Проект осеннего семестра:
Понимание природы хромосомных перестроек с помощью 3D структуры ДНК
Руководители — Никита Алексеев, Алексей Сергушичев (Университет ИТМО)

Проект весеннего семестра:
Локальное выравнивание последовательностей с использованием внутрипроцессорного параллелизма
Руководитель — Тискин Александр (University of Warwick)

О себе:
Закончила механико-математический факультет в Белорусском Государственном факультете в Беларуси. По специальности математика-производственная деятельность. В то время устроиться по специальности в Беларуси было сложно, я начала работать frontend разработчиком, а последние годы занимаюсь UX/UI проектированием в компании EPAM. В университете изучала С++, Java. Сейчас восполняю знания и изучаю Python и R. Читаю много научно-популярной литературы и интересуюсь исследованиями. Сделали научный проект scitech.by, где публикуем наиболее интересные научные работы Беларуси и России. Перерабатываем их на более простой и научно-популярный язык. Также, переводим интересные научные работы на английский язык: scitechub.io. Достижения: Работа на lifescience проектах в компании EPAM, разработка интерфейса для научного микроскопа компании molecular devices. Также, организация научного хакатона в Минске http://sciencehit.by/hackathon, в котором приняло участие 13 научных команд и были созданы mvp для задач из различных научных тематик: химия, биология, физика, медицина. Интересы: молекулярная биология, генная инженерия, медицинская биоинформатика.

Проект осеннего семестра:
Поиск регуляторных элементов в промотерах
Руководитель — Татьяна Татаринова (Университет Ла Верне)

Проект весеннего семестра:
Адаптации рыб к жизни на большой глубине
Руководитель — Потапова Надежда (ФББ МГУ)

О себе:
Занималась изучением статей о дизайне пептидов, способных присоединяться к данной поверхности протеина. Изучала программу PyMOL и библиотеку PyRosetta. Принимала участие в проекте по написанию параллельной версии программы HMMER на CUDA (выполнила задачу распараллеливания фильтра Витерби).

Проект осеннего семестра:
Что происходит с генами после нонсенс-мутации?
Руководитель — Потапова Надежда (ФББ МГУ)

Проект весеннего семестра:
Noisy peak calling
Руководитель — Шпынов Олег (JetBrains Research)

О себе:
Студент математико-механического факультета СПбГУ.

Проект осеннего семестра:
Сравнительный анализ геномов бактерий - возбудителей болезней человека
Руководители — Бакин Евгений, Станевич Оксана, Сидоренко Сергей Владимирович (НИИ Детских инфекций)

Проект весеннего семестра:
Байесовская оптимизация для вывода демографических историй
Руководители — Носкова Екатерина, Боровицкий Вячеслав (Университет ИТМО /Исследовательская лаборатория им. П. Л. Чебышева, ПОМИ РАН)