Интенсив по анализу данных NGS
Интенсив пройдет с 20 сентября по 14 октября 2025 года.
Количество мест ограничено!
Количество мест ограничено!
Онлайн-интенсив для исследователей биологических направлений позволяет в сжатые сроки получить максимум практических навыков по работе с геномными данными.
По итогам выдается удостоверение о повышении квалификации.
По итогам выдается удостоверение о повышении квалификации.
- Занятия проходят по субботам и вечерам вторников по Московскому времени
- Онлайн на платформе Zoom
- Записи занятий будут доступны участникам уже на следующий день
- Для прохождения можно выбрать любые два, три или все четыре блока
- Выпускникам программ переподготовки и/или интенсивов Института биоинформатики предоставляется скидка
Блоки интенсива:
Анализ данных
ChIP-seq
20 сентября
(12:00–19:15)
23 сентября
(19:00–20:30)
Ирина Жегалова
ChIP-seq
20 сентября
(12:00–19:15)
23 сентября
(19:00–20:30)
Ирина Жегалова
Анализ данных
ATAC-seq
27 сентября
(12:00–19:15)
30 сентября
(19:00–20:30)
Ирина Жегалова
ATAC-seq
27 сентября
(12:00–19:15)
30 сентября
(19:00–20:30)
Ирина Жегалова
Анализ данных
Hi-C
4 октября
(11:00–18:15)
7 октября
(19:00–20:30)
Никита Ваулин
Hi-C
4 октября
(11:00–18:15)
7 октября
(19:00–20:30)
Никита Ваулин
Анализ данных
метилирования
11 октября
(11:00–18:15)
14 октября
(19:00–20:30)
Евгений Ефимов
метилирования
11 октября
(11:00–18:15)
14 октября
(19:00–20:30)
Евгений Ефимов
Заявки на участие принимаются до 18 сентября
Стоимость
Для физических лиц
2 блока — 30 000 руб.
3 блока — 37 000 руб.
4 блока — 42 000 руб.
2 блока — 30 000 руб.
3 блока — 37 000 руб.
4 блока — 42 000 руб.
Для физических лиц
со скидкой
2 блока — 25 000 руб.
3 блока — 32 000 руб.
4 блока — 37 000 руб.
со скидкой
2 блока — 25 000 руб.
3 блока — 32 000 руб.
4 блока — 37 000 руб.
Для юридических лиц
2 блока — 40 000 руб.
3 блока — 47 000 руб.
4 блока — 52 000 руб.
2 блока — 40 000 руб.
3 блока — 47 000 руб.
4 блока — 52 000 руб.
Место бронируется после произведения оплаты или по официальному гарантийному письму.
Количество мест ограничено.
Количество мест ограничено.
Преподаватели
- Никита ВаулинMedUni WeinПреподаватель
- Ирина ЖегаловаИнститут биологии гена РАНПреподаватель
- Евгений ЕфимовСколковский институт науки и технологий, Институт AIRIПреподаватель
Для кого
Курс подходит тем, кто хочет приобрести навыки работы с данными анализа хроматина.
Вам подойдет интенсив, если:
Ожидания от участников:
Все основы в ходе интенсива наши преподаватели напомнят, но обучение пройдёт более эффективно, если вы заранее повторите основы!
Вам подойдет интенсив, если:
- у вас пока нет данных, но вы хотите побольше узнать о работе с данными NGS и попробовать их проанализировать;
- в лабораторию купили секвенатор, вы получили сырые данные и не знаете, что с ними делать;
- вы сделали базовую обработку данных и хотите узнать, как интерпретировать полученный результат и какую ещё информацию можно извлечь из данных;
- вы интересуетесь эпигенетикой.
Ожидания от участников:
- интерес к биоинформатике и анализу данных. ознакомиться или освежит знания можно на нашем курсе на Stepik;
- знания в молекулярной биологии;
- наличие ноутбука для работы на практических занятиях;
- базовые навыки работы в командной строке;
- базовые навыки программирования на Python, включая библиотеки NumPy, Pandas, matplotlib.pyplot, Seaborn
- для успешного завершения курса и получения сертификата необходимо выполнить домашние задания не менее, чем на 60%
Все основы в ходе интенсива наши преподаватели напомнят, но обучение пройдёт более эффективно, если вы заранее повторите основы!
Подробное расписание каждого блока
20 сентября, суббота
12:00–13:30 — Введение (лекция)
Обзор эпигенетики и роли ChIP-seq. Примеры биологических задач, решаемых с помощью метода. Особенности дизайна эксперимента. Хроматин и модификации гистоновых хвостов.
13:45–15:15 — Контроль качества и форматы данных (лекция с практикой)
Зачем нужен контроль качества в ChIP-seq и как его проводить. Особенности анализа «чужих» экспериментов. Основные форматы данных (BED, BigWig) и их преобразования.
16:00–17:30 — Поиск пиков и визуализация (практика)
Запуск MACS2 и подбор параметров для разных задач. Обзор альтернативных инструментов. Введение в геномные браузеры и визуализацию результатов (практика в IGV).
17:45–19:15 — Мотивы и эпигеномные карты (практика)
Введение в поиск мотивов и практическая работа с ними. Связь пиков ChIP-seq с функциональными элементами генома. Цвета хроматина и интерпретация эпигеномных карт.
23 сентября, вторник
19:00–20:30 — Интеграция ChIP-seq и RNA-seq (практика)
Разбор практических примеров объединённого анализа. Использование ChIP-seq и RNA-seq для построения регуляторных сетей и интерпретации функциональных последствий.
12:00–13:30 — Введение (лекция)
Обзор эпигенетики и роли ChIP-seq. Примеры биологических задач, решаемых с помощью метода. Особенности дизайна эксперимента. Хроматин и модификации гистоновых хвостов.
13:45–15:15 — Контроль качества и форматы данных (лекция с практикой)
Зачем нужен контроль качества в ChIP-seq и как его проводить. Особенности анализа «чужих» экспериментов. Основные форматы данных (BED, BigWig) и их преобразования.
16:00–17:30 — Поиск пиков и визуализация (практика)
Запуск MACS2 и подбор параметров для разных задач. Обзор альтернативных инструментов. Введение в геномные браузеры и визуализацию результатов (практика в IGV).
17:45–19:15 — Мотивы и эпигеномные карты (практика)
Введение в поиск мотивов и практическая работа с ними. Связь пиков ChIP-seq с функциональными элементами генома. Цвета хроматина и интерпретация эпигеномных карт.
23 сентября, вторник
19:00–20:30 — Интеграция ChIP-seq и RNA-seq (практика)
Разбор практических примеров объединённого анализа. Использование ChIP-seq и RNA-seq для построения регуляторных сетей и интерпретации функциональных последствий.
27 сентября, суббота
12:00–13:30 — Введение в ATAC-seq (лекция)
Основы эпигенетики и место ATAC-seq среди методов. Примеры применения: изучение регуляторных элементов и динамики хроматина. Дизайн эксперимента: реплики, контроли, батч-эффекты и параметры секвенирования.
13:45–15:15 — Контроль качества и форматы данных (лекция с практикой)
Подходы к контролю качества данных ATAC-seq. Обработка и взаимные преобразования основных форматов (.BED, .BigWig). Разбор реальных примеров.
16:00–17:30 — Поиск пиков и визуализация (практика)
Запуск MACS2, подбор параметров под задачи ATAC-seq. Дополнительные инструменты: Genrich, HMMRATAC. Обзор геномных браузеров и практика в IGV.
17:45–19:15 — Нуклеосомы и footprinting (практика)
Позиционирование нуклеосом на основе данных ATAC-seq. TF-footprinting: определение сайтов связывания транскрипционных факторов. Интерпретация полученных сигналов.
30 сентября, вторник
19:00–20:30 — Интеграция ATAC-seq и RNA-seq (практика)
Примеры объединённого анализа. Дифференциальная открытость хроматина и активность энхансеров в контексте экспрессии генов. Интерпретация биологических последствий.
12:00–13:30 — Введение в ATAC-seq (лекция)
Основы эпигенетики и место ATAC-seq среди методов. Примеры применения: изучение регуляторных элементов и динамики хроматина. Дизайн эксперимента: реплики, контроли, батч-эффекты и параметры секвенирования.
13:45–15:15 — Контроль качества и форматы данных (лекция с практикой)
Подходы к контролю качества данных ATAC-seq. Обработка и взаимные преобразования основных форматов (.BED, .BigWig). Разбор реальных примеров.
16:00–17:30 — Поиск пиков и визуализация (практика)
Запуск MACS2, подбор параметров под задачи ATAC-seq. Дополнительные инструменты: Genrich, HMMRATAC. Обзор геномных браузеров и практика в IGV.
17:45–19:15 — Нуклеосомы и footprinting (практика)
Позиционирование нуклеосом на основе данных ATAC-seq. TF-footprinting: определение сайтов связывания транскрипционных факторов. Интерпретация полученных сигналов.
30 сентября, вторник
19:00–20:30 — Интеграция ATAC-seq и RNA-seq (практика)
Примеры объединённого анализа. Дифференциальная открытость хроматина и активность энхансеров в контексте экспрессии генов. Интерпретация биологических последствий.
4 октября, суббота
11:00–12:30 — 3D-геномика и основа метода Hi-C (лекция)
12:45–14:15 — Обработка сырых прочтений Hi-C, построение карт Hi-C (практика)
15:00–16:30 — Контроль качества и препроцессинг карт Hi-C (практика)
16:45–18:15 — Детекция и анализ структур хроматина на картах Hi-C (практика)
7 октября, вторник
19:00–20:30 — Какие открытия мы сделали с помощью Hi-C? (лекция)
11:00–12:30 — 3D-геномика и основа метода Hi-C (лекция)
12:45–14:15 — Обработка сырых прочтений Hi-C, построение карт Hi-C (практика)
15:00–16:30 — Контроль качества и препроцессинг карт Hi-C (практика)
16:45–18:15 — Детекция и анализ структур хроматина на картах Hi-C (практика)
7 октября, вторник
19:00–20:30 — Какие открытия мы сделали с помощью Hi-C? (лекция)
11 октября, суббота
11:00–12:30 — Что такое метилирование ДНК и зачем его изучать
12:45–14:15 — Как исследовать профили метилирования
15:00–16:30 — Методы обработки данных метилирования
16:45–18:15 — Дополнительные возможности анализа метилирования
14 октября, вторник
19:00–20:30 — Что такое часы старения и для кого они тикают; Q&A по домашней работе
11:00–12:30 — Что такое метилирование ДНК и зачем его изучать
12:45–14:15 — Как исследовать профили метилирования
15:00–16:30 — Методы обработки данных метилирования
16:45–18:15 — Дополнительные возможности анализа метилирования
14 октября, вторник
19:00–20:30 — Что такое часы старения и для кого они тикают; Q&A по домашней работе
Преимущества
Много практики
Интенсив нацелен на получение практических знаний, которые вы сможете применить к своим данным
Доступность
Занятия проходят онлайн, можно учиться из любой точки мира
Поддержка
Преподаватели и ассистенты готовы отвечать на вопросы и объяснять непонятные вещи
Удобно сочетать с работой
Занятия по субботам и в вторник вечером, можно сочетать с работой или учебой
Равномерный поток информации
Промежутки между занятиями позволяют запомнить пройденный материал и подготовиться к новой порции знаний
Адаптивная нагрузка
Возможность выбрать два, три или четыре модуля в зависимости от интересов
Интенсив состоит из теоретических и практических модулей на русском языке.
Занятия будут проходить удаленно на платформе Zoom.
Программы прошлых мероприятий: весна 2024, осень 2023, весна 2023, 2022, осень 2021, весна 2021, 2019, 2018
Занятия будут проходить удаленно на платформе Zoom.
Программы прошлых мероприятий: весна 2024, осень 2023, весна 2023, 2022, осень 2021, весна 2021, 2019, 2018
Часто задаваемые вопросы
Какой документ выдается по окончании?
По итогам выдается удостоверение о повышении квалификации Института биоинформатики с указанием прослушанных занятий и академических часов.
На какой уровень рассчитана программа интенсива?
Программа рассчитана на биоинформатиков, имеющих небольшой опыт работы с данными NGS. Для успешного усвоения материала мы ожидаем от участников владение командной строкой и знаниями в области технологий NGS уровне обязательного к прохождению онлайн-курса.
Кто может претендовать на скидку?
Скидки предусмотрены для выпускников программ переподготовки и интенсивов Института биоинформатики
Для записи на интенсив необходимо пройти онлайн-курс. Это обязательное условие?
Да. На интенсиве мы хотим сконцентрироваться на максимально полезной информации, поэтому важно подготовиться к ее получению и установить нужные программы.
Я набрал необходимое количество баллов в онлайн-курсе, что делать дальше?
Для тех, кто наберет необходимое количество баллов, в курсе станет доступен дополнительный модуль с инструкциями по заполнению анкеты и оплате.
Если модуль недоступен, значит на ближайшем интенсиве закончились места. Однако набранные баллы перезачтутся для будущих интенсивов.
Если модуль недоступен, значит на ближайшем интенсиве закончились места. Однако набранные баллы перезачтутся для будущих интенсивов.
Будут ли доступны записи занятий и обязательно нужно присутствовать лично?
Личное присутствие помогает лучше погрузиться в тему и сразу задать все вопросы. Но если обстоятельства не позволяют, участникам будут доступны записи занятий уже на следующий день после их проведения. Доступ к ним останется в течение 6 месяцев после окончания интенсива.
Я прошел курс, но подача анкет уже закончилась, когда я смогу записаться на следующий интенсив?
Интенсив проводится ежегодно один или два раза в год. Советуем подписаться на новости Института и следить за анонсами.
Отзывы
Контакты
Институт биоинформатики
Cанкт-Петербург, ул. Кантемировская 2А,
Бизнес-центр «Таймс»
Занятия онлайн на платформе Zoom
Вопросы – info@bioinf.me
Cанкт-Петербург, ул. Кантемировская 2А,
Бизнес-центр «Таймс»
Занятия онлайн на платформе Zoom
Вопросы – info@bioinf.me
Previous
Образование
Next
Наука
© Bioinformatics Institute
Об институте