Интенсив по анализу данных NGS
15 - 29 апреля 2023

Запись на курс закрыта.
Онлайн-интенсив для исследователей биологических направлений позволяет в сжатые сроки получить максимум практических навыков по работе с геномными данными

По итогам выдается удостоверение о повышении квалификации

Подписывайтесь на новости Института биоинформатики
Программа интенсива 15 – 29 апреля

По средам 19:00 – 21:00 по московскому времени
По субботам 11:00 – 18:00 по московскому времени

Записи занятий будут доступны участникам уже на следующий день!
  • 1
    Пайплайны и форматы геномных данных
    Какие существуют форматы данных и в чем их отличия на разных этапах анализа
  • 2
    Оценка качества ридов и выравнивания
    Какие программы использовать и на какие метрики следует обратить внимание
  • 3
    Выравнивание коротких фрагментов и SNP-calling
    Как найти однонуклеотидные замены в коротких ридах
  • 4
    Анализ метагеномных данных
    От сырых ридов до филогенетического дерева: анализ 16S ампликонов, таксономический состав, метрики разнообразия, филогения и пангеномика
  • 5
    Базы данных
    Что и где искать – работа с открытыми базами данных Pfam, GOG, GO, KEGG
  • 6
    Индивидуальная консультация
    Вы сможете обсудить с преподавателями интенсива вопросы, касающиеся вашей научной работы и данных
Для кого
Для всех, кто хочет приобрести навыки работы с бактериальными геномами и метагеномами.

Вам подойдет интенсив, если:

  • у вас пока нет данных, но вы хотите побольше узнать о работе с данными NGS и попробовать их проанализировать;
  • в лабораторию купили секвенатор, вы получили сырые данные и не знаете, что с ними делать;
  • вы сделали базовую обработку метагенома и хотите узнать, как интерпретировать полученный результат и какую ещё информацию можно извлечь из данных;
  • вы хотите получить консультацию по вашим данным от специалистов.

Ожидания от участников:

  • интерес к биоинформатике и анализу данных
  • знания в молекулярной биологии
  • наличие ноутбука для работы на практических занятиях
  • умение работать в командной строке Linux или желание быстро её освоить на вводном онлайн-курсе
            Преимущества
            Много практики
            Интенсив нацелен на получение практических знаний, которые вы сможете применить к своим данным
            Доступность
            Занятия проходят онлайн, можно учиться из любой точки мира
            Поддержка
            Преподаватели и ассистенты готовы отвечать на вопросы и объяснять непонятные вещи
            Удобно сочетать с работой
            Занятия по субботам и в среду вечером, можно сочетать с работой или учебой
            Равномерная нагрузка
            Промежутки между занятиями позволяют запомнить пройденный материал и подготовиться к новой порции знаний
            Индивидуальные консультации
            Возможность обсудить свои данные, планируемые эксперименты и получить советы от профессионалов
            Формат
            Интенсив состоит из теоретических и практических модулей на русском языке.

            Занятия будут проходят удаленно на платформе Zoom по средам с 19:00 до 21:00 и субботам с 11:00 до 18:00.

            Программы прошлых мероприятий: 2022, осень 2021, весна 2021, 2019, 2018
                  Как принять участие
                  Для того чтобы принять участие, необходимо выполнить два шага:

                  1. Пройти вводный онлайн-курс

                  Это первый обязательный этап подготовки!

                  За интенсив сложно рассказать все детали анализа данных, но программа разработана с целью дать максимум полезных навыков. Онлайн-курс короткий, но позволит вам разобраться в программном обеспечении, используемом на занятиях, и сэкономит время на решении технических проблем.

                  2. Заполнить анкету и оплатить взнос

                  Ссылка на анкету станет доступна после того как вы наберете необходимые баллы в онлайн-курсе — для вас откроется следующий модуль курса на Stepik. Заявка оцениваться не будет, но ее заполнение обязательно — так мы сможем скорректировать программу и понять ваши ожидания.
                        Преподаватели и кураторы
                        • Юрий Барбитов
                          Институт биоинформатики
                        • Ольга Бочкарева
                          UniWien
                        • Наталья Драненко
                          Институт проблем передачи информации имени А. А. Харкевича РАН
                        • Геннадий Захаров
                          EPAM Systems
                        • Артём Иванов
                          Университет ИТМО
                        • Михаил Райко
                          СПбГУ ЦАБ
                        Часто задаваемые вопросы
                        Какой документ выдается по окончании?
                        По итогам выдается удостоверение о повышении квалификации Института биоинформатики с указанием прослушанных занятий и академических часов.
                        На какой уровень рассчитана программа интенсива?
                        Программа рассчитана на начинающих биоинформатиков. Однако мы ожидаем от участников владение командной строкой и знаниями в области технологий NGS уровне обязательного к прохождению онлайн-курса.
                        Претендуют ли студенты и аспиранты на скидку?
                        Нет, скидка не предоставляется.
                        Для записи на интенсив необходимо пройти онлайн-курс. Это обязательное условие?
                        Да. На интенсиве мы хотим сконцентрироваться на максимально полезной информации, поэтому важно подготовиться к ее получению и установить нужные программы.
                        Я набрал необходимое количество баллов в онлайн-курсе, что делать дальше?
                        Для тех, кто наберет необходимое количество баллов, в курсе станет доступен дополнительный модуль с инструкциями по заполнению анкеты и оплате.

                        Если модуль недоступен, значит на ближайшем интенсиве закончились места. Однако набранные баллы перезачтутся для будущих интенсивов.
                        Будут ли доступны записи занятий и обязательно нужно присутствовать лично?
                        Личное присутствие помогает лучше погрузиться в тему и сразу задать все вопросы. Но если обстоятельства не позволяют, участникам будут доступны записи занятий уже на следующий день после их проведения. Доступ к ним останется в течение 6 месяцев после окончания интенсива.
                        Я прошел курс, но подача анкет уже закончилась, когда я смогу записаться на следующий интенсив?
                        Интенсив проводится ежегодно один или два раза в год. Советуем подписаться на новости Института и следить за анонсами.
                        Отзывы
                        Контакты
                        Институт биоинформатики
                        Cанкт-Петербург, ул. Кантемировская 2А,
                        Бизнес-центр «Таймс»

                        Занятия онлайн на платформе Zoom

                        Вопросы – info@bioinf.me