Интенсив по анализу данных NGS:
введение в медицинскую и статистическую генетику

10–20 ноября 2021 | ОНЛАЙН

Набор на интенсив завершен
Четырехдневный онлайн-интенсив для исследователей биологических направлений позволяет в сжатые сроки получить максимум практических навыков по работе с геномными данными.
Программа
Подробная программа интенсива

10, 17 ноября 19:00 – 21:00
13, 20 ноября 11:00 – 19:00
1
Пайплайны и форматы
Форматы данных и их отличия на разных этапах анализа
2
Оценка качества ридов и выравнивания
Какие программы использовать и на какие метрики следует обратить внимание
3
Выравнивание коротких фрагментов и SNP-calling
Как найти однонуклеотидные замены в коротких ридах
4
Генетика сложных признаков и GWAS
Сравнение результатов анализа между образцами и в больших выборках
Для кого
Для всех, кто хочет приобрести навыки работы с данными полногеномного секвенирования.

В первую очередь приглашаются исследователи биологических и смежных направлений, заинтересованные в изучении методов ведения геномных проектов: обработки данных секвенирования, поиска вариаций и GWAS.

Ожидания от участников

  • Интерес к биоинформатике и анализу данных
  • Знания в молекулярной биологии
  • Наличие ноутбука для работы на практических занятиях
  • Возможность подключиться для удаленной работы
  • Умение работать в командной строке Linux или желание быстро её освоить на вводном онлайн-курсе
        Формат
        Интенсив состоит из теоретических и практических модулей на русском языке. В промежутках между занятиями будет организована работа над проектами под руководством специалистов для закрепления материала.

        Занятия проходят удаленно на платформе Zoom в течение четырех дней:
        10 и 17 ноября с 19:00 до 21:00
        13 и 20 ноября с 11:00 до 19:00

        Программы прошлых мероприятий в похожем формате можно посмотреть: 2021, 2019, 2018, 2016, 2015
              Организационные взносы
              Взносы оплачиваются в рублях.

              • 15 900 – физические лица, сотрудники государственных и коммерческих учреждений.
              • 13 900 физические лица, при оплате до 25 октября включительно по московскому времени
              • 25 900 – юридическим лицам при заключении договора с организацией — рублей.

              Место бронируется после произведения оплаты или по официальному гарантийному письму.
              Количество мест ограничено.
                Как принять участие
                Для того чтобы принять участие, до 5 ноября необходимо выполнить два шага:

                1. Пройти вводный онлайн-курс. Это первый обязательный этап подготовки.

                За интенсив сложно рассказать все детали анализа данных, но программа разработана с целью дать максимум полезных навыков. Онлайн-курс короткий, но позволит вам разобраться в программном обеспечении, используемом на занятиях, и сэкономит время на решении технических проблем.

                2. Заполнить анкету и оплатить взнос.

                Ссылка на анкету станет доступна после того как вы наберете необходимые баллы в онлайн-курсе – для вас откроется следующий модуль курса на Stepik.
                Заявка оцениваться не будет, но ее заполнение обязательно — так мы сможем скорректировать программу и понять ваши ожидания.
                      Набор на интенсив закрыт, но вы можете подписаться на новости Института, чтобы не пропустить следующий
                      Преподаватели и кураторы
                      Юрий Барбитов
                      Институт биоинформатики
                      Александр Предеус
                      Wellcome Sanger Institute, Cellular Genetics Informatics Group
                      Михаил Райко
                      СПбГУ ЦАБ
                      Михаил Скоблов
                      МГНЦ
                      Ростислав Скитченко
                      Университет ИТМО
                      Михаил Ушаков
                      Лаборатория Сербалаб
                      Анна Чуркина
                      Институт биоинформатики
                      Участники
                      1. Елена Смертина, University of Canberra
                      2. Кудинова Алина, Институт молекулярной генетики НИЦ "Курчатовский институт"
                      3. Мельник Елена, ЧНУ
                      4. Ткачук Сергей, Медицинская Школа Ганновера (MHH)
                      5. Черанев Валерий, Московский педагогический государственный университет
                      6. Григорашвили Елизавета, Сколтех
                      7. Петриков Кирилл, ФИЦ ПНЦБИ РАН (ИБФМ РАН им. Г. К. Скрябина)
                      8. Бурцев Евгений, МДГКБ ДЗМ
                      9. Каплина Александра, ФГБУ "НМИЦ им. В. А. Алмазова"
                      10. Двояшов Иван, СПбГУ ЗИН, Лаборатория эволюционной геномики и палеогеномики
                      11. Смирнов Сергей, ФГБУ "НМИЦ им. В. А. Алмазова"
                      12. Веселовский Егор
                      13. Гуреева Анна, ИПЭЭ РАН
                      14. Усенко Татьяна, ФГБУ "ПИЯФ" НИЦ "Курчатовский институт"
                      15. Падий Дарья, Институт молекулярной генетики НИЦ "Курчатовский институт"
                      16. Макевнина Дарья, МФТИ
                      17. Зобкова Гаухар, ГКБ N67 ООО "Эвоген"
                      18. Вечерковская Мария, ПСПбГМУ им. ак. И.П. Павлова
                      19. Кошкина Ольга, ФГБНУ ФИЦ ВИЖ имени Л.К. Эрнста
                      20. Ковалева Татьяна, Приволжский исследовательский медицинский университет
                      21. Паницина Валентина, Санкт-Петербургский Государственный Университет
                      22. Северина Наталия, ФГБУ "НМИЦ гематологии" МЗ РФ
                      23. Толкачева Лариса, ФГБУ ЦСП ФМБА России
                      Часто задаваемые вопросы
                      На какой уровень рассчитана программа интенсива?
                      Программа рассчитана на начинающих биоинформатиков. Однако мы ожидаем от участников владение командной строкой и знаниями в области технологий NGS уровне обязательного к прохождению онлайн-курса.
                      Для записи на интенсив необходимо пройти онлайн-курс. Это обязательное условие?
                      Да. На интенсиве мы хотим сконцентрироваться на максимально полезной информации, поэтому важно подготовиться к ее получению и установить нужные программы.
                      Я набрал необходимое количество баллов в онлайн-курсе, что делать дальше?
                      Для тех, кто наберет необходимое количество баллов, в курсе станет доступен дополнительный модуль с инструкциями по заполнению анкеты и оплате.

                      Если модуль недоступен, значит на ближайшем интенсиве закончились места. Однако набранные баллы перезачтутся для будущих интенсивов.
                      Я оплатил участие, необходимо ли высылать чек или скриншот с подтверждением?
                      Мы получаем уведомления об оплатах в течение 2–3 рабочих дней. Присылать чек необязательно, но вы можете это сделать на info@bioinf.me с указанием темы письма "Оплата интенсива – год", чтобы ускорить подтверждение оплаты и места.
                      Я прошел курс, но подача анкет уже закончилась, когда я смогу записаться на следующий интенсив?
                      Интенсив проводится ежегодно один или два раза в год. Советуем подписаться на новости Института и следить за анонсами.
                      Для участия необходим ноутбук, какое ПО требуется установить?
                      Если вы планируете участие в семинаре, то рекомендуем вам выполнять здания онлайн-курса на том же ноутбуке, который вы планируете использовать на семинаре, чтобы устанавливать необходимое ПО один раз в процессе решения задач. Накануне семинара организаторы вышлют подробные инструкции по установке дополнительных программ.
                      Партнеры
                      Контакты
                      Санкт-Петербург
                      ул. Кантемировская 2А, Бизнес-центр «Таймс»
                      Ближайшее метро: Лесная

                      По всем вопросам:
                      info@bioinf.me
                      Подписаться на новости Института биоинформатики

                      Интенсив по анализу данных NGS 2021