Интенсив по анализу данных NGS

2 – 4 декабря 2019 | Санкт-Петербург
Интенсив по анализу данных NGS для исследователей биологических направлений позволяет в сжатые сроки получить максимум практических навыков по работе с геномными и транскриптомными данными.
Программа
1
Базы данных
Что и где искать, какие полезные онлайн-сервисы существуют
2
Пайплайны и форматы
Форматы данных и их отличия на разных этапах анализа
3
Оценка качества ридов и выравнивания
Какие программы использовать и на какие метрики следует обратить внимание
4
Сборка и аннотация генома, оценка качества
Как собрать de novo геном из коротких ридов и найти в нем гены
5
Выравнивание коротких фрагментов и SNP-calling
Как найти однонуклеотидные замены в коротких ридах
6
Дифференциальная экспрессия генов
Сравнение результатов RNA-seq между образцами
7
Визуализация данных
Как правильно нарисовать красивые картинки из имеющихся у вас данных или посмотреть на геномное выравнивание
8
Обзор других развивающихся областей биоинформатики
Метагеномные исследования, технологии секвенирования одиночных клеток
Для кого
Для всех, кто хочет приобрести навыки работы с данными полногеномного секвенирования.

В первую очередь приглашаются исследователи биологических и смежных направлений, заинтересованные в изучении методов ведения геномных проектов: обработки данных секвенирования, поиска вариаций, оценки дифференциальной экспрессии генов и метагеномике.

Ожидания от участников

  • Интерес к биоинформатике и анализу данных
  • Знания в молекулярной биологии
  • Наличие ноутбука для работы на практических занятиях
  • Умение работать в командной строке Linux или желание быстро её освоить на вводном онлайн-курсе
  • Начальные навыки в программировании на языке R или желание получить их на вводном онлайн-курсе
        Формат
        Интенсив состоит из теоретических и практических модулей на русском языке. Занятия проходят в бизнес-центре «Таймс» с 10:00 до 18:00 (3 декабря до 20:00). По вечерам — полезный нетворкинг.

        Программы прошлых мероприятий в похожем формате можно посмотреть: 2018, 2016
              Набор на интенсив 2019 года закрыт, но вы можете подписаться на новости Института биоинформатики, чтобы не пропустить следующий
              Преподаватели и лекторы
              Юрий Барбитов
              Институт биоинформатики
              Михаил Райко
              ЦАБ СПбГУ
              Евгений Бакин
              Институт биоинформатики
              Оксана Станевич
              НИИ ДОГиТ им. Р.М. Горбачёвой
              Александр Ткаченко
              Университет ИТМО
              Константин Зайцев
              Университет ИТМО
              Партнеры
              Место проведения и контакты
              Санкт-Петербург
              ул. Кантемировская 2А, Бизнес-центр «Таймс»
              Ближайшее метро: Лесная, Петроградская, Черная речка

              По всем вопросам:
              info@bioinf.me

              Интенсив по анализу данных NGS 2019