Летняя школа по биоинформатике 2019

29 июля - 3 августа| Москва

Материалы школы
Программа школы 2019 году была посвящена биоинформатике в изучении старения и развития, а также другим стремительно развивающимся биоинформатичеким подходам и методам. Ниже мы собрали материалы по итогам школы.
Лекции

Среди приглашенных лекторов были учёные из России, а также представители биоинформатических лабораторий из университетов Европы и США.

  1. Введение в секвенирование одиночных клеток, Константин Зайцев, Университет ИТМО (слайды)
  2. Секвенирование и анализ раковых геномов, Сергей Аганезов, Johns Hopkins University (слайды)
  3. Анализ данных RNA-seq, Алексей Сергушичев, Университет ИТМО (слайды)
  4. Реконструкция кариотипов раковых геномов, Сергей Аганезов, Johns Hopkins University (слайды)
  5. Биологические принципы старения и контроля продолжительности жизни, Вадим Гладышев, Harvard Medical School (слайды)
  6. Не-бесплотные усилия разума: Для чего в биомеде востребованы математика и программирование, Пётр Власов, Institute of Science and Technology (слайды)
  7. В мире протеомики, Павел Синицын, Max Planck Institute Of Biochemestry (слайды)
  8. В какую борьбу со старением верят капиталы Кремниевой долины и что происходит в России, Андрей Афанасьев, yRisk
  9. Введение в машинное обучение, Григорий Сапунов (слайды)
  10. Поиск биомаркеров из протеомов и других экспрессионных данных методами машинного обучения, Елена Чуклина, ETH Zürich (слайды)
  11. Введение в иммунологию для информатиков, Павел Яковлев, BIOCAD
  12. Современная терапия онкологических и аутоиммунных заболеваний, Павел Яковлев, BIOCAD
  13. Эпигенетическая регуляция и старение, Олег Шпынов, JetBrains Research (слайды)
  14. Изучение развития мозга на уровне одиночных клеток, Константин Оконечников, German Cancer Research Center (слайды)
  15. Курсы кройки и шитья: как дизайнерские белки применяют в медицине и биотехнологиях, Антон Чугунов, ИБХ РАН (слайды)
  16. Алгоритмы для сборки генома, Андрей Пржибельский, СПбГУ ЦАБ (слайды)
  17. Биоинформатические уловки для анализа древних ДНК, Татьяна Татаринова, University of La Verne (слайды)
  18. Поиск редких болезнетворных аллелей с большим эффектом в финской популяции, Василий Раменский, ФГБУ НМИЦ (слайды)
  19. Почему Б-клетки такие разные?, Илария Тарасова , Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research (слайды)
  20. Визуальный анализ NGS-данных с помощью геномного браузера NGB, Геннадий Захаров, EPAM (слайды)
  21. Редактирование генома человека на уровне эмбриона, Денис Ребриков, РНИМУ им.Пирогова, НМИЦ АГП им.Кулакова (слайды)
  22. Цикл вводных лекций по молекулярной биологии, Юрий Барбитов, Институт биоинформатики (слайды)
  23. Знакомство с технологиями NGS, Юрий Барбитов, Институт биоинформатики (слайды)
Конференция участников школы

В рамках летней школы участники представили устные доклады о своей научной работе в ходе конференции участников.

Свои биоинформатические работы презентовали двенадцать участников школы:

  • Австрикова Мария | Автоматизация виртуального скрининга библиотеки органических соединений для поиска молекул, активных по отношению к рецептору CCR1
  • Балыкова Алина | Идентификация штаммов Yersinia pestis основного подвида средневекового биовара методами ПЦР-РВ и SNP-типирования
  • Вышкворкина Юлия | Exploring the epigenetic effect of 5-methylcytosine on normal and cancerous pancreatic cell lines using MeDIP-Seq
  • Готина Елизавета | Structure‐Based Virtual Screening for Novel KMO Inhibitors for the Treatment of Alzheimer's disease
  • Гусева Татьяна | Определение тканеспецифичности в тотальном транскриптоме лиственницы сибирской с помощью условной энтропии
  • Дудко Наталия | Выявление генов-кандидатов семейной формы эпилепсии с использованием методов широкомасштабного параллельного секвенирования
  • Лахова Татьяна | Математическое и компьютерное моделирование осциллирующих ферментативных систем
  • Абелян Нарек | In silico скрининг низкомолекулярных ингибиторов кворум-сенсинга антибиотикорезистентной бактерии Pseudomonas aeruginosa, активирующих иммунный ответ хозяина.
  • Тархов Андрей | A universal transcriptomic signature of age reveals the temporal scaling of Caenorhabditis elegans aging trajectories
  • Тимонина Валерия | The reasons for mtDNA structural instability: evolutionary physico-chemical retrospective
  • Черницов Александр | Распознавание 3'-концов SINE по всему дереву жизни
  • Шиманский Валентин | Оптимизация методов генотипирования in-situ по генам главного комплекса гистосовместимости (ГКГС) человека для проекта «Российские Геномы» и для проекта «Bake-off»

Жюри присудило приз за лучший доклад Андрею Тархову, статья по мотивам доклада уже опубликована в журнале Scientific Reports. Приз зрительских симпатий был вручен Елизавете Готиной.

Тезисы конференции доступны по ссылке.
    Проекты

    В зависимости от уровня знаний и подготовки, участники школы могли выбрать практики или самостоятельную работу над проектом. В этом году четыре команды работали над различными задачами, связанными со старением:

    Studying transcriptional noise in single-cell RNA-seq data | презентация

    Баранов Никита
    Демидик Мария
    Савенко Оксана
    Воронин Кирилл
    Меркушова Анастасия
    Стешин Семен

    Как стареют белки у С.elegans? | презентация

    Оргунова Дарья
    Шиманский Валентин
    Северинов Дмитрий
    Дикан Ольга
    Забродская Тамара
    Тимофеев Игорь

    Анализ данных РНК-секвенирования | презентация

    Егоров Артем
    Маркевич Надежда
    Смирнова Надежда
    Аюшеева Арюна
    Сапрыкина Ксения
    Тархов Андрей

    Поиск генетических основ долгожительства | презентация

    Люосев Дмитрий
    Широкова Олеся
    Пашинская Любовь
    Абелян Нарек
    Талалаева Ольга
      Партнеры
      Контакты
      По всем вопросам пишите на summer@bioinf.me, но заранее ознакомьтесь с ответами на самые распространенные вопросы.