Семинар по системной биологии 2018

В 2018 году семинар по системной биологии пройдет с 13 по 18 мая в пригороде Санкт-Петербурга.

Программа семинара фокусируется на переходе от биоинформатики к экспериментальной биологии, отдельно останавливаясь на биологических основах омиксных данных и соответствующих экспериментальных подходах для сбора данных и проверки гипотез. Мы рассмотрим подходы к генерации полногеномных данных от экспрессии генов, РНК-, ChIP-, и экзомного секвенирования, до высокоэффективной метаболомики и интеграции данных при помощи сетевых методов.

Семинар проводится для участников из академических заведений и коммерческих компаний — всех, кто хочет узнать о подходах, используемых в математической и системной биологии, и их применениях. Для участия необходимо базовое знание биологии, а также работа в командной строке Linux. Мы рекомендуем пройти бесплатный онлайн-курс «Введение в Linux» тем, кто не уверен в своих знаниях. Отбор на семинар проводится на конкурсной основе.

Семинар организуется с 2014 года.

Ключевые даты

11 февраля

Скидка 10% за раннюю подачу заявки.
11 марта

Окончание приема заявок.
21 марта

Объявление результатов.
Формат

Пять дней интенсивных занятий с перерывами на еду и прогулки пройдут в пансионате в пригороде Санкт-петербурга. Теоретические занятия будут сопровождаться практическими, на которых участники смогут самостоятельно выполнить простые вычисления и обсудить биологические выводы.

Фотографии с прошлых семинаров: 2014, 2015, 2016, 2017.
Рабочими языками семинара являются русский и английский.

Программа | Подробная программа

  • Медицинская и популяционная генетика.
    Полногеномный поиск ассоциаций (GWAS) и экзомное секвенирование: от основ к фенотипу (BWA, PLINK, GATK, ExAC и gnomAD).

  • РНК-секвенирование.
    От основ подготовки библиотек к анализу экспрессии генов. Поиск новых биологических фенотипов по данным экспрессии генов.

  • РНК-секвенирование одиночных клеток.
    Экспериментальный дизайн, анализ данных и их интерпретация (с фокусом на данные 10X Genomics). Разбор примеров из последних публикаций.

  • Протеомика.
    Экспериментальные дизайн, получение данных и их анализ. Разбор примеров из последних публикаций.

  • Эпигенетическая регуляция и работа с данными ChIP-seq.
    Понимание данных и использование открытых ресурсов: Roadmap Epigenomics Project, Blueprint Epigenome, ENCODE.

  • Основы метаболомики.
    Введение в метаболомику, интеграция данных с помощью сетевых методов. Разбор примеров из области иммунометаболизма.

Вечерние неформальные лекции:

  • Неформальная история открытия генетических предрасположенностей.
  • От РНК к белкам и обратно.
        Спикеры
        Сергей Джуранович (PhD)
        Марко Йованович (PhD)
        Максим Артемов (PhD)
        Александр Предеус (PhD)
        Алексей Сергушичев, к.т.н.
        Организационные взносы

        Академический 35 000 руб.
        Корпоративный 60 000 руб.

        Взнос покрывает проживание, трехразовое питание, кофе-брейки, трансфер от Санкт-Петербурга до места проведения семинара и сопутствующие материалы.

        За регистрацию до 11 февраля предоставляется скидка 10% от стоимости участия при успешном прохождении конкурсного отбора. Лучшим академическим заявкам могут быть предоставлены гранты от организаторов. Для студентов и выпускников Института биоинформатики предоставляется скидка 30%

        Приём заявок на 2018 год закрыт.
          Участники семинара 2018
          1. Абрамов Александр, ФГБУ НМИЦ Кардиологии им. Мясникова
          2. Аладьева Екатерина, Latvian Biomedical Research and Study Centre
          3. Алексеев Никита, Университет ИТМО
          4. Антышева Зоя, НИИ ФХМ
          5. Буглакова Елена, МФТИ, лаборатория геномной инженерии
          6. Валиев Иван, Сколтех
          7. Введенский Андрей, Институт Биоорганической химии
          8. Воронов Антон, НИИ Физико-Химической медицины
          9. Гайнуллина Анастасия, Университет ИТМО
          10. Гринченко Андрей, ДВФУ
          11. Евдокимов Александр, ФГБОУ ВО «ЧелГУ»
          12. Желанкин Андрей, ФГБУ ФНКЦ ФХМ ФМБА
          13. Заякин Павел, Latvian BioMedical Research & Study Centre
          14. Ильин Александр, СПбГУ
          15. Исомуродов Жавлон, Университет ИТМО
          16. Кижватов Илья, Radboud University
          17. Кизенко Алена, Институт Цитологии РАН, Лаборатория Регуляции Экспрессии Генов
          18. Котова Елена, ФГБУ ФНКЦ ФХМ ФМБА России
          19. Куанышбаев Амир, КФУ, ИФМиБ
          20. Поволоцкая Инна, Центр генетики и репродуктивной медицины «Генетико»
          21. Попова Анфиса, ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора
          22. Саблина Маргарита, Университет ИТМО
          23. Сарана Юлия, Сколтех
          24. Царев Александр, Всероссийский Институт Защиты Растений, СПбГУ
          25. Черниговская Мария, ЦАБ СПбГУ
          26. Шарова Елена, ФГБУ ФНКЦ ФХМ ФМБА России
          Мы с радостью ответим на возникшие вопросы info@bioinf.me.
          Соорганизаторы
          Партнеры программы

          Семинар по системной биологии 2018