En

Семинар по системной биологии 2018

Пост-релиз
В 2018 году семинар по системной биологии проходил с 13 по 18 мая в пригороде Санкт-Петербурга.

Программа семинара фокусировалась на переходе от биоинформатики к экспериментальной биологии, отдельно останавливаясь на биологических основах омиксных данных и соответствующих экспериментальных подходах для сбора данных и проверки гипотез. Рассматривались подходы к генерации полногеномных данных от экспрессии генов, РНК-, ChIP-, и экзомного секвенирования, до высокоэффективной метаболомики и интеграции данных при помощи сетевых методов.

Семинар проводился для участников из академических заведений и коммерческих компаний — всех, кто хотел узнать о подходах, используемых в математической и системной биологии, и их применениях.

Для участия в семинарах по системной биологии требуется базовое знание молекулярной биологии и работа в командной строке Linux. Тем, кто не уверен в своих знаниях, рекомендуется перед началом пройти бесплатный онлайн-курс Института биоинформатики «Введение в Linux». Отбор на семинар проходил на конкурсной основе.

Семинар проводится с 2014 года.
Ключевые даты
11 февраля
Скидка 10% за раннюю подачу заявки.
11 марта
Окончание приема заявок.
21 марта
Объявление результатов.
Формат

Пять дней интенсивных занятий с перерывами на еду и прогулки в пансионате в пригороде Санкт-Петербурга. Теоретические занятия сопровождаются практиками, на которых участники самостоятельно выполняют простые вычисления и обсуждают биологические выводы. Рабочие языки — русский и английский.

Фотографии с прошлых семинаров: 2014, 2015, 2016, 2017.

Программа | Подробная программа

  • Медицинская и популяционная генетика.
    Полногеномный поиск ассоциаций (GWAS) и экзомное секвенирование: от основ к фенотипу (BWA, PLINK, GATK, ExAC и gnomAD).

  • РНК-секвенирование.
    От основ подготовки библиотек к анализу экспрессии генов. Поиск новых биологических фенотипов по данным экспрессии генов.

  • РНК-секвенирование одиночных клеток.
    Экспериментальный дизайн, анализ данных и их интерпретация (с фокусом на данные 10X Genomics). Разбор примеров из последних публикаций.

  • Протеомика.
    Экспериментальные дизайн, получение данных и их анализ. Разбор примеров из последних публикаций.

  • Эпигенетическая регуляция и работа с данными ChIP-seq.
    Понимание данных и использование открытых ресурсов: Roadmap Epigenomics Project, Blueprint Epigenome, ENCODE.

  • Основы метаболомики.
    Введение в метаболомику, интеграция данных с помощью сетевых методов. Разбор примеров из области иммунометаболизма.

Вечерние неформальные лекции:

  • Неформальная история открытия генетических предрасположенностей.
  • От РНК к белкам и обратно.
        Спикеры
        Сергей Джуранович (PhD)
        Washington University in St.Louis
        Марко Йованович (PhD)
        Columbia University
        Максим Артемов (PhD)
        Washington University in St. Louis
        Александр Предеус (PhD)
        Bioinformatics Institute, St. Petersburg
        Никита Артемов (PhD)
        Harvard University, Massachusetts General Hospital, Broad Institute
        Алексей Сергушичев, к.т.н.
        ITMO University, JetBrains Research, Washington University in St. Louis
        Организационные взносы

        Академический 35 000 руб.
        Корпоративный 60 000 руб.

        Взнос покрывает проживание, трехразовое питание, кофе-брейки, трансфер от Санкт-Петербурга до места проведения семинара и сопутствующие материалы.

        За регистрацию до 11 февраля предоставляется скидка 10% от стоимости участия при успешном прохождении конкурсного отбора. Лучшим академическим заявкам могут быть предоставлены гранты от организаторов. Для студентов и выпускников Института биоинформатики — скидка 30%

        Приём заявок на 2018 год закрыт.
          Участники семинара 2018
          1. Абрамов Александр, ФГБУ НМИЦ Кардиологии им. Мясникова
          2. Аладьева Екатерина, Latvian Biomedical Research and Study Centre
          3. Алексеев Никита, Университет ИТМО
          4. Антышева Зоя, НИИ ФХМ
          5. Буглакова Елена, МФТИ, лаборатория геномной инженерии
          6. Валиев Иван, Сколтех
          7. Введенский Андрей, Институт Биоорганической химии
          8. Воронов Антон, НИИ Физико-Химической медицины
          9. Гайнуллина Анастасия, Университет ИТМО
          10. Гринченко Андрей, ДВФУ
          11. Евдокимов Александр, ФГБОУ ВО «ЧелГУ»
          12. Желанкин Андрей, ФГБУ ФНКЦ ФХМ ФМБА
          13. Заякин Павел, Latvian BioMedical Research & Study Centre
          14. Ильин Александр, СПбГУ
          15. Исомуродов Жавлон, Университет ИТМО
          16. Кижватов Илья, Radboud University
          17. Кизенко Алена, Институт Цитологии РАН, Лаборатория Регуляции Экспрессии Генов
          18. Котова Елена, ФГБУ ФНКЦ ФХМ ФМБА России
          19. Куанышбаев Амир, КФУ, ИФМиБ
          20. Поволоцкая Инна, Центр генетики и репродуктивной медицины «Генетико»
          21. Попова Анфиса, ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора
          22. Саблина Маргарита, Университет ИТМО
          23. Сарана Юлия, Сколтех
          24. Царев Александр, Всероссийский Институт Защиты Растений, СПбГУ
          25. Черниговская Мария, ЦАБ СПбГУ
          26. Шарова Елена, ФГБУ ФНКЦ ФХМ ФМБА России
          Мы с радостью ответим на возникшие вопросы info@bioinf.me.
          Соорганизаторы
          Партнеры программы

          Семинар по системной биологии 2018

          Previous
          Образование
          Next
          Наука
          Facebook
          Twitter
          VK
          Youtube
          © Bioinformatics Institute
          Об институте
          направления
          Мы в сети