Летняя школа по биоинформатике 2018

23–28 июля | Санкт-Петербург

Материалы школы
Программа школы 2018 году была посвящена биоинформатике в изучении рака, а также другим стремительно развивающимся биоинформатичеким похдодам и методам. Ниже мы собрали материалы по итогам школы.

Пост-релиз
Лекции

Среди приглашенных лекторов были учёные из России, а также представители биоинформатических лабораторий из университетов Европы и США.

  • Вводная лекция «Биоинформатика и жизнь» | Алла Лапидус, СПбГУ
  • «Command-line Tools for Bioinformatics» | Геннадий Захаров, EPAM
  • «The Pan-Cancer Atlas» | Герман Демидов, BIST/UPF
  • «Графовое представление генома» | Илья Минкин, PSU | слайды
  • «Карьера в биоинформатике» | Виктория Коржова, Max Planck Institute of Biochemistry
  • «Генетическая диагностика наследственных опухолевых синдромов: чему нас научила Анджелина Джоли?» | Андрей Афанасьев, yRisk | слайды
  • «Как устроен рынок биоинформатики и генетических анализов и где работать биоинформатику: компании в мире и в России» | Андрей Афанасьев, yRisk | слайды
  • «Анализ данных single cell» | Константин Зайцев, Washington University in St.Louis | слайды
  • «Основные принципы молекулярных симуляций» | Павел Яковлев, BIOCAD | слайды
  • «Занимательная протеомика» | Павел Синицын, Max Planck Institute of Biochemistry | слайды
  • «Онкогеномика и персонализированная онкология» | Михаил Пятницкий, НИИ биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича | слайды
  • «Занимательная протеомика в примерах» | Павел Синицын, Max Planck Institute of Biochemistry | слайды
  • «Мультиомика в исследованиях рака» | Константин Оконечников, German Cancer Research Center | слайды
  • «Визуализация данных для самых маленьких» | Никита Алексеев, Университет ИТМО | слайды
  • «ChiP-Seq в изучении эпигенетических механизмов» | Олег Шпынов, JetBrains Research | слайды
  • «Многосторонность и ограничения анализа одиночных клеток» | Константин Оконечников, German Cancer Research Center | слайды
    Конференция участников школы

    В рамках летней школы участники представили устные доклады о своей научной работе в ходе конференции.

    Свои биоинформатические работы презентовали шесть участников школы:

    • Взаимодействие антител с малыми заряженными антигенами, Юлия Беляева
    • Поиск мутаций у пациентов с некоронарогенными заболеваниями сердца при помощи NGS, Донат Ермакович
    • Сборка генома «спящей хирономиды» Polypedilum vanderplanki с использованием чтений платформ Illumina и Pacific Biosciences, Ольга Козлова
    • Анализ CRISPR-локусов штаммов Y. pseudotuberculosis, циркулирующих на территориях Сибири и Дальнего Востока, Надежда Перетолчина
    • Сборка и функциональная аннотация генома сидерофор-продуцирующего штамма Rhodococcus qingshengii S10, Алёна Сорокина
    • Математическое моделирование роста карциномы с учётом эпителиально- мезенхимального перехода и дифференциации клеток, Иван Красняков

    Жюри присудило приз за лучший доклад Алёне Сорокиной.
    Призами зрительских симпатий были отмечены Ольга Козлова и Иван Красняков.

    Тезисы конференции доступны по ссылке.
      Проекты

      Закрепить полученные навыки на практических занятиях можно было приняв участие в работе над проектом. Многие участники попробовали свои силы в реализации поставленной задачи, однако возможность представить свои результаты выпала только нескольким командам:

      Сравнительный анализ LUAD и LUSC раков легких на основе данных TCGA | презентация

      Александр Бойко
      Елена Картышева
      Сергей Лактионов
      Марк Селяев
      Денис Чегодаев

      Поиск CNV/CNA в germline/somatic контекстах на примере нескольких тулов | презентация

      Алан Кумаритов
      Кубовский Илья
      Алиса Родионова
      Дмитрий Никулин
      Анна Князева
      Евгений Кегелес
      Андрей Сонин
      Анастасия Петренко

      Анализ экспрессии lncRNA в раковых опухолях | презентация

      Евгения Демченко
      Алексей Крючков
      Алиса Якупова

      Анализ полногеномных сиквенсов дрозофилы

      презентация команды
      Максим Челушкин
      Елизавета Минина
      Пётр Журбенко

      презентация команды
      Алимпиев Егор
      Магнитов Михаил

      Анализ клинических данных инвазивного рака молочной железы | презентация

      Ярослав Соловьев
      Ольга Силютина
      Александр Царев

        Партнеры
        Контакты
        По всем вопросам пишите на summer@bioinf.me, но заранее ознакомьтесь с ответами на самые распространенные вопросы.