Летняя школа
по биоинформатике

23 — 27 июля 2021| Санкт-Петербург

Материалы школы
Программа школы 2021 в году была посвящена стремительно развивающимся биоинформатическим подходам и методам
Пост-релиз по итогам школы
Лекции

Среди приглашенных лекторов были учёные из России, а также представители биоинформатических лабораторий из университетов Европы и США.

  1. История методов сборки генома от Сэнгера до Т2Т | Андрей Пржибельский, СПбГУ ЦАБ (слайды)
  2. Введение в геномную биоинформатику: основные форматы данных и работа с ними | Андрей Пржибельский, СПбГУ ЦАБ (слайды)
  3. Анализ адаптивного иммунного ответа с помощью данных иммуносеквенирования | Яна Сафонова, Johns Hopkins University (слайды)
  4. История доказательной медицины: от пророка Даниила до наших дней | Евгений Бакин, Институт биоинформатики; Оксана Станевич, НИИ Гриппа им. А.А. Смородинцева (слайды)
  5. Статистика и интуиция | Никита Алексеев, Университет ИТМО (слайды)
  6. Игра в ассоциации или как рассмотреть генетическую архитектуру сложных признаков | Юрий Барбитов, Институт биоинформатики (слайды)
  7. Генетика и здоровье | Герман Демидов, JetBrains Research / Aging Biology Foundation / Broad Institute (слайды)
  8. PanCancer Analysis of whole Genomes | Герман Демидов, JetBrains Research / Aging Biology Foundation / Broad Institute (слайды)
  9. Метагеномика — скрытое биоразнообразие и новые молекулы | Михаил Райко, СПбГУ ЦАБ (слайды)
  10. Автостопом по протеомике | Павел Синицын, Max Planck Institute of Biochemistry (слайды)
Постерная сессия участников школы

В рамках летней школы семь участников представили постерные доклады о своей научной работе:

  • Полина Борисова | Филогения Lumbrineridae (Annelida) на основе молекулярных данных
  • Мария Минаева | Using protein-protein interaction and gene networks to improve Connectivity Map
  • Алексей Мухин | Веб-сервис WebMCOT для определения совместно встречаемых ДНК мотивов в данных ChIP-Seq
  • Виктор Шаманский | Risk of mitochondrial deletions is affected by the global secondary structure of the mitochondrial genome
  • Вадим Карнаухов | HLA variants differ in binding preferences of self-peptides from proteins with specific molecular functions
  • Вадим Карнаухов | TCRen: a knowledge-based pairwise potential that accurately predicts TCR-peptide recognition
  • Виктория Федотовская | Триплетный состав общих генов митохондрий и хлоропластов растений выявляет их дифференциацию
  • Анастасия Грицева | Филогенетическая классификация и биосинтетический потенциал штамма Rhodococcus S11

Приз зрительских симпатий был вручен Марии Минаевой.

Тезисы докладов доступны по ссылке.
    Научные проекты

    В этом году все участники школы работали над различными биоинформатическими задачами:

    Улучшение модели предсказания ингибитора EGFR | презентация

    Николаев Григорий
    Аверченко Марк
    Игнатова Мария
    Минаева Мария
    Горбунова Анастасия
    Хайбулин Эльдар

    Связь структуры хроматина и последовательности ДНК | презентация

    Батуева Анна
    Лопаткина Мария
    Кобчикова Полина
    Хабиров Руслан

    Search for new active substances among the transcriptomes of various marine species | презентация

    Кушнарева Александра
    Пономарева Екатерина
    Хачатуров Владимир
    Катерина Олейникова
    Верзун Дмитрий
    Ефремова Елена

    Анализ ко-расположения рибосомальных оперонов в разных видах бактерий | презентация

    Бердичевская Анна
    Мухин Алексей
    Аррохо Эрнандес Эноэль
    Лебедев Николай
    Свиридчик Виктория

    Поиск генетических основ сложных признаков человека и взаимосвязей между ними | презентация

    Шарыш Диана
    Портная Яна
    Демичева Екатерина
    Модестов Александр
    Шаманский Виктор
    Солдатов Владислав

    Поиск общих свойств микроорганизмов из Human Gut Microbiome Helath Index | презентация

    Минина Елена
    Земляк Виктория
    Михеев Владимир
    Романов Данила
    Шляпина Виктория

    Поиск новых групп ферментов в метагеномах (Поиск гомологичных белков в открытых базах данных) | презентация

    Суханова Ксения
    Борисова Полина
    Узун Мария
    Ганчева Мария
    Драчева Ксения
    Иконников Александр

    Сравнительный анализ методов изучения протеома плазмы крови | презентация

    Смирнова Екатерина
    Мальков Данил
    Веретененко Ирина
    Луппов Даниил
    Чернова Анастасия
    Столярова Ангелина

    Изучение динамики экспрессии генов Salmonella в ответ на новобиоцин | презентация

    Федотовская Виктория
    Грицева Анастасия
    Рыбина Аня
    Постникова Ксения
    Руснак Анна

    Методы статистического моделирования для предсказания рисков по геномным данным | презентация

    Аракелян Нелли
    Калмыков Александр
    Хегай Глеб
    Зарипов Владислав
    Пак Баяр
    Карнаухов Вадим
    Каплан Владимир


    Жюри присудило первое место команде, работавшей над проектом «Поиск общих свойств микроорганизмов из Human Gut Microbiome Helath Index». Также дополнительно была отмечена команда проекта «Поиск новых групп ферментов в метагеномах».
      Партнеры
      Контакты
      По всем вопросам пишите на summer@bioinf.me, но заранее ознакомьтесь с ответами на самые распространенные вопросы.