Летняя школа
по биоинформатике 2018 | ОТЧЕТ

Задачи школы
1
Популяризация науки
Популяризация наиболее перспективных областей биоинформатики среди студентов и молодых ученых
2
Знания
Передача актуальных знаний в области биоинформатики и анализа данных для успешного профессионального старта
3
Практика
Формирование практических навыков для закрепления знаний и командная работа над реальными научными проектами
4
Междисциплинарное общение
Совместные проекты биологов, информатиков, медиков и математиков
Актуальность
Главная тема 2018 года — биоинформатика в исследованиях рака — одной из самых распространенных болезней в мире. Сейчас с помощью методов биоинформатики возможно не только выявлять изменения генома, которые способствуют возникновению разных типов рака, но и обнаруживать среди большого количества данных факторы, ускоряющие или замедляющие этот процесс.
Программа
Лекции

  • Технологии и анализ данных NGS
  • Анализ данных одиночных клеток
  • Методы вычислительной и системной биологии
  • Биоинформатические подходы в изучении геномики и транскриптомики рака
  • Мультиомика в биологии
  • Онкогеномика и персонализированная онкология
  • Протеомика и структурная биоинформатика
  • Эпигенетика
  • Популяционная генетика
  • Методы диагностики злокачественных новообразований
  • Карьера в биоинформатике
  • Молекулярное моделирование лекарств для таргетной терапии
  • Современные достижения в изучении молекулярных процессов в опухоли
Интенсивы

  • Анализ данных на языках программирования R и Python
  • Молекулярная биология и генетика
  • Алгоритмы в NGS
  • Управление вычислениями работа с пайплайнами
  • Методы MCMC в биоинформатике

Конференция

  • конкурсный отбор исследовательских работ участников
  • 6 докладов на школе
  • опубликован сборник тезисов

Решение научных задач в командах

  • 5 научных проектов, 6 междисциплинарных команд по 2-8 человек под руководством специалистов
  • команды представили результаты перед экспертами и участниками
Лекторы
Павел Яковлев
Геннадий Захаров
Андрей Афанасьев
ООО «Розалинд, yRisk
Виктория Коржова
Алексей Сергушичев
Константин Зайцев
Никита Алексеев
Илья Минкин
Павел Авдеев
Артём Кондюков
Материалы
Научные проекты
  • Сравнительный анализ LUAD и LUSC раков легких на основе данных TCGA
  • Поиск CNV/CNA в germline/somatic контекстах на примере нескольких тулов
  • Анализ экспрессии lncRNA в раковых опухолях


  • Анализ полногеномных сиквенсов дрозофилыпрезентация команды
  • Анализ клинических данных инвазивного рака молочной железы

Кураторы проектов
Константин Зайцев
Университет ИТМО
Алексей Сергушичев
Университет ИТМО
Геннадий Захаров
EPAM
Никита Алексеев
Университет ИТМО
Герман Демидов
Centre for Genomic Regulation (CRG), The Barcelona Institute of Science and Technology, Universitat Pompeu Fabra (UPF)
Юрий Барбитов
Институт биоинформатики
Школа в цифрах
6
Дней школы
>54
Часов лекций
и практик
18
Приглашённых
учёных
100
Участников, отобранных из > 450 заявок
География
30 городов, 5 стран: Россия, Белоруссия, Украина, Казахстан, США.
Публикации по итогам
Партнеры
Организатор
Институт биоинформатики
Некоммерческая организация, занимается подготовкой высококвалифицированных специалистов в области биоинформатики и популяризацией биоинформатики в России. Организовывает летнюю школу с 2013 года.
Следующая школа
Седьмая летняя школа по биоинформатике пройдёт в конце июля 2019 года в Москве. Детали будут опубликованы на bioinf.me/summer.
Контакты
По вопросам сотрудничества:
Екатерина Вяххи
k@bioinf.me
Подробная информация:
bioinf.me/summer
По другим вопросам:
summer@bioinf.me