Семинар по системной биологии 2018

В 2018 году семинар по системной биологии пройдет с 13 по 18 мая в пригороде Санкт-Петербурга.

Программа семинара фокусируется на переходе от биоинформатики к экспериментальной биологии, отдельно останавливаясь на биологических основах омиксных данных и соответствующих экспериментальных подходах для сбора данных и проверки гипотез. Мы рассмотрим подходы к генерации полногеномных данных от экспрессии генов, РНК-, ChIP-, и экзомного секвенирования, до высокоэффективной метаболомики и интеграции данных при помощи сетевых методов.

Семинар проводится для участников из академических заведений и из коммерческих компаний - всех, кто хочет узнать о подходах, используемых в математической и системной биологии, и их применениях. Для участия необходимо базовое знание биологии, а также работы в командной строке Linux (рекомендуем пройти бесплатный онлайн-курс «Введение в Linux» тем, кто не уверен в своих знаниях).

Отбор на семинар проводится на конкурсной основе. Участие в семинаре платное. Лучшим академическим заявкам могут быть предоставлены гранты от организаторов.
Ключевые даты

20 декабря

Начало подачи заявок.
Скидка 10% за регистрацию до 11 февраля.
11 марта

Окончание приема заявок.
21 марта объявление результатов.
13 мая

Начало семинара
Формат

Пять дней интенсивных занятий с перерывами на еду и прогулки пройдут в пансионате в пригороде Санкт-петербурга. Теоретические занятия будут сопровождаться практическими, на которых участники смогут самостоятельно выполнить простые вычисления и обсудить биологические выводы.

Фотографии с прошлых семинаров: 2014, 2015, 2016, 2017
Рабочими языками семинара являются русский и английский.

Программа

  • Медицинская и популяционная генетика.
    Полногеномный поиск ассоциаций (GWAS) и экзомное секвенирование: от основ к фенотипу (BWA, PLINK, GATK, ExAC и gnomAD).

  • РНК-секвенирование.
    От основ подготовки библиотек к анализу экспрессии генов. Поиск новых биологических фенотипов по данным экспрессии генов.

  • РНК-секвенирование одиночных клеток.
    Экспериментальный дизайн, анализ данных и их интерпретация (с фокусом на данные 10X Genomics). Разбор примеров из последних публикаций.

  • Протеомика.
    Экспериментальные дизайн, получение данных и их анализ. Разбор примеров из последних публикаций.

  • Эпигенетическая регуляция и работа с данными ChIP-seq.
    Понимание данных и использование открытых ресурсов: Roadmap Epigenomics Project, Blueprint Epigenome, ENCODE.

  • Основы метаболомики.
    Введение в метаболомику, интеграция данных с помощью сетевых методов. Разбор примеров из области иммунометаболизма.

Вечерние неформальные лекции:

  • Неформальная история открытия генетических предрасположенностей.
  • От РНК к белкам и обратно.
  • Вызовы творчества — параллели между режиссерской работой и занятием наукой (специальный гость из Сербии).
        Спикеры
        Сергей Джуранович (PhD)
        Марко Йованович (PhD)
        Максим Артемов (PhD)
        Александр Предеус (PhD)
        Алексей Сергушичев, к.т.н.
        Организационные взносы

        Академический 35 000 руб.
        Корпоративный 60 000 руб.

        Взнос покрывает проживание, трансфер от Санкт-Петербурга до места проведения семинара, питание и сопутствующие материалы.

        За регистрацию до 11 февраля предоставляется скидка 10% от стоимости участия при успешном прохождении конкурсного отбора. Лучшим академическим заявкам могут быть предоставлены гранты от организаторов.
        Скидка 30% для студентов и выпускников Института биоинформатики.
          Соорганизаторы
          Партнеры программы
          Мы с радостью ответим на возникшие вопросы info@bioinf.me.