Семинар по системной биологии 2020
18–23 мая | Санкт-Петербург

Институт биоинформатики, Университет ИТМО и Университет Вашингтона в Сент-Луисе с 18 по 23 мая 2020 года проведут седьмой семинар по системной биологии в пригороде Санкт-Петербурга.

Программа семинара подготовлена для сотрудников академических заведений и коммерческих компаний, которые хотят разобраться в подходах, используемых в математической и системной биологии, а также научиться применять их в своей работе. Специальные темы этого года — иммунология рака и эпигенетика старения.
Ключевые даты

11 февраля

Скидка 10% за раннюю подачу заявки.
1 марта

Окончание приёма заявок.
11 марта

Объявление результатов.
Программа семинара фокусируется на переходе от биоинформатики к экспериментальной биологии. Отдельно спикеры остановятся на биологических основах омиксных данных и соответствующих экспериментальных подходах для сбора данных и проверки гипотез.

Кроме того, будут рассматриваться подходы к генерации полногеномных данных от экспрессии генов, РНК-, ChIP-, и экзомного секвенирования, до высокоэффективной метаболомики и интеграции данных при помощи сетевых методов.

Для участия требуется базовое знание молекулярной биологии и навыки работы в командной строке Linux. Тем, кто не уверен в своих знаниях, настоятельно рекомендуется пройти бесплатный онлайн-курс Института биоинформатики «Введение в Linux». Отбор на семинар проходит на конкурсной основе.

Семинар проводится с 2014 года.
Формат
Пять дней интенсивных занятий с перерывами на еду и прогулки в загородном пансионате под Санкт-Петербургом. Теоретические занятия сопровождаются практиками, на которых участники самостоятельно выполняют простые вычисления и обсуждают биологические выводы.

В программе также предусмотрены вечерние неформальные лекции и нетворкинг.
Рабочие языки русский и английский.

Фотографии прошлых лет: 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019.
        Программа
        • Медицинская и популяционная генетика.
          Полногеномный поиск ассоциаций (GWAS) и экзомное секвенирование: от основ к фенотипу (BWA, PLINK, GATK, ExAC и gnomAD).
        • РНК-секвенирование.
          От основ подготовки библиотек к анализу экспрессии генов. Поиск новых биологических фенотипов по данным экспрессии генов.
        • РНК-секвенирование одиночных клеток.
          Экспериментальный дизайн, анализ данных и их интерпретация (с фокусом на данные 10X Genomics). Разбор примеров из последних публикаций.
        • Эпигенетическая регуляция и работа с данными ChIP-seq.
          Понимание данных и использование открытых ресурсов: Roadmap Epigenomics Project, Blueprint Epigenome, ENCODE.
        • Основы метаболомики.
          Введение в метаболомику, интеграция данных с помощью сетевых методов. Разбор примеров из области иммунометаболизма.
        • Специальные темы.
          Иммунология рака и эпигенетика старения.
              Спикеры
              Максим Артемов (PhD)
              Алексей Сергушичев, к.т.н.
              Константин Зайцев
              Организационные взносы
              Размеры организационных взносов в 2020 году

              Физическим лицам — 35 000 (сотрудники государственных и коммерческих учреждений по договору оферты)
              Юридическим лицам — 60 000 (при заключении договора с организацией)

              Взнос покрывает проживание, трёхразовое питание, кофе-брейки, трансфер от Санкт-Петербурга до места проведения семинара, участие и сопутствующие материалы. Проживание организовано в просторных двухместных номерах.

              Скидки

              За регистрацию до 11 февраля предоставляется скидка 10% при успешном прохождении конкурсного отбора. Лучшим академическим заявкам могут быть предоставлены гранты от организаторов. Для студентов бакалавриата и магистратуры очной формы обучения скидка 15%. Для студентов и выпускников Института биоинформатики скидка 30%. Скидки не суммируются.

              Договор-оферта
                Участники семинара 2019
                1. Донат Ермакович, Институт Генетики и Цитологии НАН Беларуси
                2. Алексей Вяткин, МФТИ
                3. Богдан Ефименко, БФУ им. И. Канта Биоинженерия и биоинформатика
                4. Максим Челушкин, МГУ им. М.В. Ломоносова
                5. Артём Григоров, Институт биоорганической химии РАН
                6. Евгений Бражник, "БИОТРОФ"
                7. Ислам Нигметзянов, КФУ, Институт фундаментальной медицины и биологии
                8. Владимир Сухов, Университет ИТМО
                9. Антон Марков, Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук
                10. Александр Егоров, FIRC Institute of Molecular Oncology
                11. Карина Пац, Университет ИТМО
                12. Екатерина Носкова, Университет ИТМО
                13. Ольга Козлова, Казанский (Приволжский) Федеральный Университет
                14. Анастасия Туренко, СПбГУ Лаборатория "Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г. Добржанского"
                15. Элина Шнайдер, ИППИ РАН
                16. Софья Золотарёва, Лаборатория трансляционной клеточной и молекулярной биомедицины Томского государственного университета
                17. Ирина Ишина, Институт молекулярной биологии им В.А. Энгельгардта РАН
                18. Мария Атаманова, Университет ИТМО
                19. Юлия Суворова, ФИЦ Биотехнологии РАН
                20. Екатерина Змиевская, ИФМиБ КФУ
                21. Анна Маслова, РЦ Биобанк
                22. Альмира Червова, НМИЦ ДГОИ им. Д. Рогачева
                23. Виктория Фомченкова, Институт биоорганической химии РАН
                24. Анна Клепикова, ИППИ им. Харкевича
                25. Виктория Кобец, Лаборатория лесной геномики СФУ
                26. Наталья Торгашева, ИХБФМ СО РАН
                Мы с радостью ответим на возникшие вопросы info@bioinf.me.
                Организаторы
                Партнеры
                Подписаться на новости Института биоинформатики