Летняя школа
по биоинформатике'16 | Отчет
по биоинформатике'16 | Отчет
Санкт-Петербург | 25 — 30 июля 2016
bioinf.me/summer
bioinf.me/summer
P R O G R A M & O R G A N I Z A T I O N
Программа 2016: Медицинская биоинформатика
Программа 2016: Медицинская биоинформатика
Институт биоинформатики
Некоммерческая организация, занимается подготовкой высококвалифицированных специалистов в области биоинформатики и популяризацией биоинформатического знания в России. Организовывает Летнюю школу по биоинформатике с 2013 года.
СПбАУ РАН
Санкт-Петербургский академический университет — научно-образовательный центр нанотехнологий РАН (Академический университет) был создан как научно-образовательный центр Физико-технического института им. А. Ф. Иоффе РАН в 1997 году в целях интеграции науки и образования в области физики и информационных технологий.
DETAILS
Задачи школы
1
Популяризация науки
Популяризация наиболее перспективных областей биоинформатики среди студентов и молодых ученых
2
Знания
Передача актуальных знаний в области медицинской и практической биоинформатики для успешного профессионального старта
3
Практика
Формирование практических навыков, необходимых в биоинформатике и командная работа над реальными научными проектами
4
Междисциплинарное общение
Совместные проекты биологов, информатиков, медиков и математиков
PROGRAM COMMITTEE
Программный комитет
Николай Вяххи
Председатель
Председатель
Институт биоинформатики
Алла Лапидус
СПбГУ
Александр Предеус
Институт биоинформатики
Вадим Назаров
ИБХ РАН, НИУ ВШЭ
Павел Добрынин
СПбГУ
Екатерина Вяххи
Институт биоинформатики,
СПбАУ РАН
СПбАУ РАН
PROCESS
Программа
Лекции
- технологии NGS: применение и обработка данных
- NGS в медицинской практике
- клиническая биоинформатика
- сборка геномов и транскриптомов
- алгоритмы в биоинформатике статистика и анализ данных
- deep learning
- геномика
- транскриптомика
- молекулярная биология
- молекулярное баркодирование
- нейробиология
- иммунология
- разработка лекарств
- метагеномика
Интенсивные практические курсы
Конференция
- машинное обучение
- молекулярная биология
- программирование на языках Python и R
- статистика
- Linux для биоинформатики
Конференция
- конкурсный отбор исследовательских работ участников
- 12 докладов
- сборник тезисов
Решение исследовательских задач в командах
- 10 проектов, 54 участника
- междисциплинарные группы под руководством опытных специалистов
- представление результатов перед участниками и экспертной комиссией
SPEAKERS
Ключевые лекторы
Алла Лапидус
СПбГУ
Дмитрий Чудаков
ИБХ РАН, CEITEC MU, Masaryk University
Елена Григоренко
СПбГУ, Baylor College of Medicine, Yale University, University of Houston
Константин Оконечников
German Cancer Research Center
Александр Предеус
Институт биоинформатики
Дмитрий Фишман
University of Tartu
Елена Сюгис
University of Tartu
MATERIALS
Материалы
PROJECTS
Научные проекты
- Поиск и классификация эндогенных ретровирусов
- Реконструкция последовательности белка с учетом вариаций
- Разработка алгоритма оценки соотношения раковых клеток к здоровым по сканам человеческой грудной ткани
- Определение транскрипционного ко-активатора на основе экспериментов ChIP-exo
- Полногеномное и экзомное секвенирование
- H+ project
- Определение аутоантител, которые могут быть использованы в диагностике заболевания Альцгеймера
- Создание алгоритма построения деревьев последовательностей генов B-клеточного рецептора с учетом гипервариабельных участков
- Поиск сепарирующих мотивов между репертуарами иммунных рецепторов
- Предсказание связывания MHC-комплексов и антигенов
CURATORS
Кураторы проектов
Александр Предеус
Институт биоинформатики
Вадим Назаров
ИБХ РАН, НИУ ВШЭ
Геннадий Захаров
EPAM
Дмитрий Фишман
University of Tartu
Елена Сюгис
University of Tartu
Михаил Райко
University of California, San Diego
Михаил Шугай
Институт биоорганической химии РАН
Павел Добрынин
СПбГУ
Школа в цифрах
6
Дней школы
53
Количество часов лекций
23
Количество ученых
100%
444 ЗАЯВКИ
100 УЧАСТНИКОВ
51%
295 БИОЛОГИ
51 УЧАСТНИКОВ
49%
149 ИНФОРМАТИКИ
49 УЧАСТНИКОВ
GEOGRAPHY
География
23 города России, Армения, Белоруссия, Великобритания, Германия, Казахстан, Норвегия, Пакистан, Польша, США, Татарстан, Украина, Чехия, Швеция, Эстония
ORGANIZATION
Организаторы и волонтеры
Екатерина Вяххи
Руководитель организационного комитета
Руководитель организационного комитета
Институт биоинформатики
Николай Вяххи
Организатор
Организатор
Институт биоинформатики
Вадим Назаров
Организатор
Организатор
ИБХ РАН, НИУ ВШЭ
Наталья Машьянова
Организатор
Организатор
Институт биоинформатики
Александра Пантелеева
Организатор
Организатор
СПбАУ РАН, Институт биоинформатики
Ярослав Баранов
Волонтер
Волонтер
Университет ИТМО
Тимофей Проданов
Волонтер
Волонтер
СПбАУ РАН
Александр Ткаченко
Волонтер
Волонтер
СПбГУ
PUBLICATIONS
Публикации
Сто студентов, аспирантов и молодых ученых со всей России, стран ближнего и дальнего зарубежья собрались на четвертую школу по биоинформатике c целью узнать о последних достижениях в биоинформатике.
Мероприятие стало самым масштабным в России в этой области. В нем приняли участие молодые ученые не только из РФ, но и из стран ближнего зарубежья. Более 20 человек получили гранты на обучение в Летней школе от спонсоров.
В этом году помимо основной программы школы и научных проектов, особое внимание уделялось интенсивным практическим занятиям, которые проводились параллельно для двух потоков в течение всей школы.
Это мероприятие проводится ежегодно с 2013 года для 100 студентов, начинающих аспирантов и молодых специалистов биологических и технических специальностей.
Также участники занимались научной работой и по другим научным тематикам. Руководителями разработок выступали ведущие мировые ученые.
В этом году в качестве главной темы программы была заявлена медицинская биоинформатика.
PARTNERS
Партнеры
CONTACTS
Контакты
По вопросам сотрудничества:
Екатерина Вяххи
k@bioinf.me
k@bioinf.me
По другим вопросам:
info@bioinf.me
info@bioinf.me