Научные исследования

Научно-исследовательское направление Института биоинформатики занимается решением прикладных биологических и медицинских проблем
Подробности
Областью наших исследований является биоинформатика в анализе данных NGS и ее применение в системной биологии и медицине. Мы всегда рады мотивированным студентам, заинтересованным в изучении системной биологии и применении биоинформатики к геномным данным.

Текущие проекты в Институте биоинформатики посвящены двум основным темам:

1. Медицинская и популяционная генетика, биоинформатические подходы к определению генетических вариантов из данных полноэкзомного и полногеномного секвенирования.

2. Системная биология регуляции функционирования генома, анализ даных RNA-Seq и других геномных методов (таких как ChIP-Seq, DNAse-Seq) и их интеграция при помощи вероятностных и сетевых методов.

Научные семинары
В Институте биоинформатики проводятся научные семинары, на которых исследователи представляют свои работы, а также обсуждают вопросы по улучшению и доработке проекта. Семинары открыты для всех желающих, но требуют базовых заниний в области биоинформатики.
Если вы хотите принять участие в качестве докладчика, пишите Юрию Барбитову на barbitoff@bioinf.me.
Для желающих поучаствовать в качестве слушателей: можно присоединиться в Телеграм-канале, а также подписаться на рассылку.
Сотрудничество
  1. Биобанк, Научный Парк Санкт-Петербургского государственного униерситета
  2. Федеральный Северо-Западный Медицинский Исследовательский Центр им. Алмазова, группа Ренаты Дмитриевой
  3. Washington University in St Louis, Maxim Artyomov laboratory
  4. Yale University, Vishwa Deep Dixit laboratory
  5. Университет ИТМО, лаборатория алгоритмов сборки генома
Публикации
1. Catching hidden variation: systematic correction of reference minor allele annotation in clinical varian calling. Genet Med, 2017. doi: 10.1038/gim.2017.168
2. Effect of gene-lifestyle interaction on gestational diabetes risk. Oncotarget, 2017. doi: 10.18632/oncotarget.22999
3. Genome Sequencing and Comparative Analysis of Saccharomyces cerevisiae Strains of the Peterhof Genetic Collection. PLOS One, 2016, doi:10.1371/journal.pone.0154722
4. Ragout — a reference-assisted assembly tool for bacterial genomes. Bioinformatics, 2014, doi:10.1093/bioinformatics/btu280
5. C-Sibelia: an easy-to-use and highly accurate tool for bacterial genome comparison. F1000Research, 2013, doi:10.12688/f1000research.2-258.v1
Программное обеспечение
Исходный код программных продуктов, разрабатываемых и поддерживаемых научной группой в ходе текущих проектов, может быть найден на странице GitHub.

Сотрудники научного подразделения разрабатывают и поддерживают несколько программных пакетов для решения различных задач геномики и транскриптомики.

GeneQuery - веб-сервер для генерации биологических гипотез на базе транскриптомных данных. Разработан Александром Предеусом под руководством Максима Артемова, и доработана Иваном Арбузовым под руководством Александра Предеуса в ходе работы над магистерской диссертацией.

SICER 2.0 - перевоплощение алгоритма SICER для определения широких пиков в данных ChIP-Seq, в разработке принимали участие Егор Приказюк, Дмитрий Крашенинников, Игорь Бездворных и Евгений Бакин под руководством Александра Предеуса.

RMAHunter - веб-приложение для анализа и коррекции проблемы референсных минорных аллелей при анализе результатов клинического секвенирования экзома. Разработана Юрием Барбитовым и Игорем Бездворных под руководством Алексндра Предеуса.

Также одним из проектов является разработка и поддержка программного обеспечения для автоматизации анализа данных экзомного секвенирования в Биобанке СПбГУ.
    По всем вопросам обращайтесь info@bioinf.me.